Когда в августе Номура сообщил о намерении президента Рузвельта "принять все меры" для защиты интересов Америки, адмирал Ямамото наполовину закончил подготовку к начальному наступлению. Он отправил оперативное соединение, предназначенное для нападения на флот, находившийся в Пирл-Харбор, в залив Хитокапу для осуществления окончательных маневров. 11-е авиационное соединение, наилучшее соединение японского военного флота, базирующееся на суше, в задачу которого входила ликвидация английских и американских воздушных сил в западной части Тихого океана, готовых к нападению на японские морские соединения, проводило маневры со своих баз в Индо-Китае и на острове Формоза. 2-й флот с небольшими авианосцами, линкорами, крейсерами, эсминцами и подводными лодками был подготовлен для эскортирования и оказания поддержки силам вторжения, собранным в Японии, Индо-Китае и острове Формоза для оккупации южного района залеганий. Адмирал Ямамото оставил наиболее мощные линкоры, несколько крейсеров, эсминцев и небольших авианосцев под своим непосредственным командованием во Внутренем море для поддержания связи между соединениями, предназначенными для развертывания колонны на Гонолулу и Сингапур.

Адмирал Ямамото представлял собой яркую фигуру, но в течении первых трех месяцев он был исключительно осмотрительным главнокомандующим. И несмотря на поражение у острова Мидуэй и неудачи у Соломоновых островов он до конца сохранил доверие народа, флота и своего непосредственного начальника адмирала Нагано. Нагано принял предложение Ямамото в отношении увеличения периметра завоеванных территорий, хотя и он и его штаб сомневались в мудрости такого расширения. После смерти Ямамото на пост главнокомандующего Нагано выбрал адмирала Кога, но по словам адмирала Фукудоме, начальника штаба адмирала Кога, Ямамото, как боевой офицер, превосходил всех других адмиралов. Фукудоме заявил: "Был лишь один Ямамото". Весьма вероятно, что адмиралы Ямамото, Кога и Тоеда, командовавшие комбинированным флотом в аналогичном порядке, представляли собой флагманских офицеров, подготовленных для командования флотом. Фукудоме, хорошо знавший всех их, дал им оценку в таком же порядке, выбрав сначала Ямамото, а затем Кога командующим флотом, адмирал Нагано подтвердил мнение Фукудоме.

Императорский генеральный штаб предписал флоту выполнение двух задач: уничтожение американских английских и голландских воздушных и морских сил в Тихом океане и оказание поддержки армии в оккупировании южного района залеганий. Ямамото была предоставлена полная свобода действий в развитии и осуществлении морских операций. Его план проведения первой компании был логичен, прост и легко понимаем. Точно также, как Того извлек пользу из разделения русского флота, так и Ямамото полностью воспользовался благоприятным для него разделением американского флота. Как и Того он полностью взаимодействовал с министерством иностранных дел. продлившим переговоры с Соединенными Штатами до тех пор, пока он не подготовился к нанесению удара по флоту в Пирл-Харбор. По плану он должен был уничтожить или нейтрализовать американский флот в Пирл-Харбор на время, которое ему потребуется для уничтожения американских, английских и голландских вооруженных сил в западной части Тихого океана, а также для оккупации южного района залеганий и ряда стратегических районов, необходимых для обороны. Вторая фаза войны предполагалась оборонительной. В стратегических районах должны были быть созданы и укреплены долговременные базы для флота и авиации. В третьей фазе войны морские и воздушные силы, действующие с этих "долговременных" баз должны были перехватить и уничтожить любое соединение противника, которое попытается вторгнутся в западную часть Тихого океана. В течении всех этих фаз должна была быть использована любая возможность для уничтожения вооруженных сил противника.

План включал также территориальные экспансии но, главным образом, он был направлен на уничтожение морских и воздушных сил противника, чтобы этим самым ослабить его волю к продолжению войны. Преемник Ямамото адмирал Кога также придерживался необходимости нанесения удара по американскому флоту; согласно его первоначальному намеренью морские операции должны были проводиться в районе, в котором самолеты, базирующиеся на суше, смогли бы компенсировать превосходство американцев в надводных кораблях и авианосных самолетах. Но ни Ямамото, ни Кога не могли препятствовать запросам командующих местной армией и флотом относительно посылки подкреплений из соединений флота для оказания поддержки в обороне различных менее важных районов, и они отводили флоты, пытаясь удержать острова, которые были захвачены для создания барьера против американского флота. Вместо того, чтобы придерживаться своего плана относительно сокращения американского флота посредством изматывания его до такой степени, что его можно будет атаковать, японцы измотали свой флот в незначительных сражениях. Первоначальный план Японии не был успешным, так как американская промышленность своевременно возмещала уничтоженные корабли, но если бы они следовали этому плану, война затянулась бы, что создало бы благоприятные условия для победы.

Планы и операции, проведенные Ямамото в первой компании, не оставляли желать ничего лучшего. В его объединенный флот входили наземные и авианосные самолеты; в мирное время его надводные, подводные и воздушные корабли действовали совместно. Для подготовки их к особому заданию ему было дано десять месяцев. Японская администрация признала его инициативу и он сам определял место и время атаки. Его прекрасно подготовленные соединения осуществили эти планы по намеченному графику, неся при этом незначительные потери. Первоначальные успехи Того в 1904 году были невелики по сравнению с ударами, нанесенными Ямамото, который в течении трех месяцев уничтожил американские, английские и голландские силы, мешавшие его продвижению, и захватил территории, для возвращения которых более крупным союзным соединениям потребовалось три года. Только время и пространство могли поглотить первые удары Ямамото и только лишь лучший американский флот с приданными ему вооруженными силами смог остановить их продвижение.

Стратегические решения Ямамото, принятые им после первой компании, длившейся три месяца, невозможно сравнить с решениями Того. Проблемы, решаемые Ямамото, были намного сложнее. Ему противостояли адмиралы Кинг, Нимиц, Спруэнс и Хэлси, в то время как единственным энергичным противником Того был русский адмирал Макаров, убитый в первом же сражении. Американских адмиралов поддерживала высокоразвитая промышленность. Кингу предстояло сражаться с немецкими подводными лодками и с японским флотом, но он знал, что в его распоряжении будут почти неограниченные морские резервы. Единственным шансом Ямамото на возможную победу была опрометчивость операций, предпринимаемых Кингом. Но до победы, одержанной у острова Мидуэй, стратегий Кинга была исключительно консервативной. Впоследствии он осуществил вторжение на Соломоновы острова. С этого времени его нажим на Ямамото и его преемников никогда не ослабевал. Каждая победа американцев облегчала последующие победы, а поражение Японии становилось все более очевидным.