В действительности начальник Постоянной эскадры и главные командиры портов получали указания от морского министра, а все оперативные вопросы - на эскадре и в портах курировал начальник Морского командующего департамента.

В состав собственно морского министерства входили департаменты: военный (уставной), общих дел, личного состава, вооружения, медицинский, хозяйственный и судейский. А также, помимо них, главные управления: кораблестроения, военно-морского образования и гидрографическое.

В начале ХХ-го века и во время русско-японской войны морским министром был вице-адмирал Ямамото, последовательный сторонник наращивания морской мощи Японии. Вице-министром состоял контр-адмирал Сайто, один из самых молодых и энергичных флагманов.

Все корабли японского флота были приписаны к четырем главным военным портам - Сасебо, Йокосука, Куре и Майдзуру - и к трем малым портам - Оминато, Такесики (острова Цусима) и Макун (Пескадорские острова). Главные порты к 1904 году защищались сильными приморскими укреплениями. Как военная база они имели следующие производственные возможности (24):
Сасебо - казенное адмиралтейство (3558 рабочих), морской арсенал (693 рабочих), 4 сухих дока, в том числе 2 - для броненосцев.
Йокосука - казенное адмиралтейство (6445 рабочих, строились крейсера и миноносцы), морской арсенал (789 рабочих), 4 сухих дока.
Куре - казенное адмиралтейство (5815 рабочих, строились крейсера и миноносцы), орудийный завод (7513 рабочих), 2 сухих дока, в том числе 1 - для броненосцев.
Майдзуру - казенное адмиралтейство, морской арсенал, 3 сухих дока, в том числе 2 - для больших броненосцев и 1 - для миноносцев.

В Оминато и Такесики имелись небольшие плавучие доки, последний порт представлял собой станцию для миноносцев.

Все военные порты имели склады необходимых запасов и вооружения.

Важное место в системе базирования флота занимали крупные коммерческие порты - Осака, Иокогама, Нагасаки, Хиросима, Кобе, Моджи и другие. Во многих из них имелись частные судостроительные заводы и доки, и в том числе восемь коммерческих доков длиной более 400 футов (около 122 метров) каждый могли принимать броненосцы и крейсеры, еще семнадцать - длиной менее 400 футов - малые крейсеры, канонерские лодки и миноносцы. Таким образом, японский флот опирался на развитую систему базирования и материального обеспечения, расположенную на сравнительно ограниченной территории Японских островов. При этом он сохранял зависимость от импорта орудий крупного калибра (12 дюймов), целого ряда систем, устройств, боевых и технических средств, а главное - крупных кораблей в целом.

Броненосцы, крейсеры и миноносцы в военных портах содержались с сокращенными экипажами, но в высокой степени технической готовности, если при этом не находились в ремонте. Непрерывно состояла в кампании и совершала плавания только особая Постоянная эскадра. Начиная с 1900 года (после прихода в Японию из Англии «Асамы» и «Токивы»), Постоянная эскадра обычно состояла из 1-3 броненосцев 1-го класса, 1-3 броненосных крейсеров и 8-10 крейсеров 2-го и 3-го классов, а также авизо и истребителей. В ее состав периодически включались отряды миноносцев, Командовал эскадрой старший флагман (вице-адмирал), в помощь которому назначали двух контр-адмиралов. Один из последних, как правило, с отрядом учебных крейсеров совершал ежегодное пятимесячное плавание с кандидатами в офицеры (мидшипменами). Еще несколько малых крейсеров и лодок назначались учебными для артиллерийской, минной и машинной школ. Большие корабли эскадры временами заменялись на новые, прибывающие из Англии, и становились в резерв в своих портах.

Обычно через один-два года менялись и флагманы.

Преемственность боевой подготовки Постоянной эскадры и создание в ней школы боевой и морской выучки обеспечивалась оперативным руководством и контролем начальника Командующего департамента. Этот важнейший пост занимал Юко Ито (1843-1914), самурай из клана Сацума, победитель китайцев при Ялу (1894) и Вей-Хай-Вее (1895). Влияние Ито было тем более велико, что, кроме военных заслуг и энергии, за ним оставалось старшинство в японском флоте, практически все командиры и флагманы были его подчиненными в японо-китайскую войну 1894-1895 годов. Помощником Ито был «интеллигентный и способный» контр-адмирал Идзюин. Именно Идзюину в 1902 году было поручено вести из Японии в Англию отряд в составе броненосного крейсера «Асама» (флаг) и крейсера 2-го класса «Такасаго» для участия в военно-морском параде на Спитхедском рейде по случаю коронации Эдуарда VII. На крейсера были назначены наиболее знатные офицеры, «цвет японской молодежи», сменившие менее родовитых самураев. Это был единственный поход японцев в Европу в начале ХХ-го столетия. Вообще же японские моряки к 1904 году имели меньшую практику дальних океанских плаваний, чем английские, французские или российские. Пристально следящие за кораблями новоявленной морской державы, европейские наблюдатели отметили, что у берегов Ирландии оба японских крейсера при сильном приливном течении проскочили назначенные им бочки и опасно приблизились к берегу, рискуя серьезной аварией (25). Но в целом плавание прошло благополучно и ноябре 1902 года Идзюин привел отряд обратно в Японию.

Постоянная эскадра совершала походы исключительно между японскими портами, иногда посещая порты Китая, Кореи и России. Стоянки в портах и на рейдах чередовались с .эскадренным маневрированием и межбазовыми переходами. В отработке артиллерийской стрельбы и применения минного оружия японцы, вооруженные английским оружием, следовали и английским принципам. В частности, большое внимание было уделено скорости стрельбы из орудий крупного и среднего калибров. Критерием попадания служило количество попаданий из одного орудия в единицу времени. В то же время, японские моряки, сберегая от расстрела ценные 203-мм и 305-мм пушки, в основном проводили стволиковые стрельбы. При состязательной стрельбе на нескольких кораблях собирались комендоры с других броненосцев и крейсеров и из учебных отрядов.

Дистанции на призовых стрельбах, как и в английском флоте, не превышали 12-15 кбт. Много внимания уделялось ночным минным атакам, которые производились отрядами миноносцев. Перед Японией не стояло проблемы стратегического сосредоточения сил: корабли базировались поблизости, и весь флот мог легко сосредоточиться для совместных действий. Однако ограниченный состав Постоянной эскадры, определяемый финансовыми возможностями, затруднял отработку сложного эскадренного маневрирования.

Другой проблемой стала высокая аварийность, которая, была вызвана несоответствием выучки командиров и экипажей качественному и количественному росту флота, а также массовости и интенсивности боевой подготовки и плаваний. Привыкшие к прибрежным плаваниям на примитивных судах, японцы столкнулись со сложностями управления кораблями и техникой в условиях штормовой зимней погоды и совместного маневрирования.

Аварии и гибель судов, имевшие место в истории каждого флота, не обошли японский и в 90-х годах XIX-го века. Так, в 1892 году в штормовом Внутреннем японском море погиб со всей командой новейший 750-тонный минный крейсер (авизо) «Тисима» (26). За несколько лет до этого во время перехода из Франции в Японию погиб только что построенный крейсер «Унеби».

Однако в начале 1900-х годов, в связи со спешкой подготовки тысяч моряков нового флота, аварии стали массовыми.

В 1900 году, 29 июля, разбился на камнях недавно пришедший с завода «Ярроу» истребитель «Ницзи» (345 т). Его незадачливый командир капитан-лейтенант Аракава получил три месяца тюрьмы (27). В том же году сели на камни судно береговой обороны «Кацураги» и истребитель «Оборо», которому потребовался двухмесячный ремонт. В июне 19021 года столкнулись между собой сразу три миноносца, а потом еще два, из которых один - «9» - получил тяжелые повреждения. Почти одновременно минный крейсер «Тихайя» столкнулся с истребителем «Акебоно», на котором три человека умерли от ожогов паром из разорванного главного паропровода.