После Цусимской катастрофы Николай II был вынужден «уволить» Алексея Александровича от «управления Флотом и Морским ведомством». В высочайшем рескрипте от 4 июня 1905 года это снятие с должности было завуалировано личной просьбой, «искренней благодарностью», сохранением чинов и званий. Фальшивый тон рескрипта был вскоре пародирован в ходившем по Петербургу остром сатирическим рескрипте («самиздат») на имя балерины Е.Л. Баллета, которая «в продолжении 14 лет несла на себе всю тяжесть генерал-адмиральского тела возлюбленного дяди Нашего». В этой пародии содержался и намек на то, что туалеты и бриллианты своей подруги генерал-адмирал не стеснялся оплачивать из «отпускавшихся на флот средств». Но официальная и просто открытая печать по вполне понятным причинам, воздерживалась от любой критики «дяди Нашего», который скоропостижно скончался в Париже в 1908 году.

Управляющий Морским министерством, адмирал Павел Петрович Тыртов (1836-1903) - опытный моряк, который начал карьеру еще во время Крымской войны 1853-1856 годов, блестяще окончил Морской кадетский корпус и командовал многими кораблями, а в 1891-1893 годах эскадрой Тихого океана. Умер почти за год до начала войны с Японией, но своей деятельностью на посту Управляющего министерством заложил те принципы строительства и дислокации Флота, которые роковым образом сказались в ходе боевых действий.

Управляющий Морским министерством, адмирал Федор Карлович Авелан (1839-1915) - также опытный моряк, в 1878-1890 годах командовал пятью кораблями 1-2-го рангов, в 1893-1894 годах начальник эскадры Средиземного моря, сыгравшей большую роль в русско-французском сближении. В 1896-1903 годах - начальник Главного морского штаба. Имел солидную представительную внешность, пользовался уважением генерал-адмирала и императора, поддерживал С.О. Макарова, с которым его связывали дружеские отношения. На высших должностях, однако, не проявил должных компетентности и самостоятельности, действуя в рамках ранее утвержденных, иногда коллегиальных решений. Испытывал влияние более и волевых энергичных флагманов (С.О. Макаров, В.П. Верховский, З.П. Рожественский). Во время войны фактически оказался в тени и обнаружил неспособность положительно влиять на действия Флота. После Цусимы уволен от должности.

Наместник императора на Дальнем Востоке и главнокомандующий всеми вооруженными силами, действующими против Японии, адмирал Евгений Иванович Алексеев (1843-1916) - в обществе считался внебрачным сыном наследника престола Александра Николаевича - впоследствии императора Александра II, следовательно, братом генерал-адмирала и дядей Николая II. Воспитанник Морского кадетского корпуса, получил несколько чинов «за отличие», командовал крейсерами «Африка» (с 1878 года) «Адмирал Корнилов», участник нескольких дальних, в том числе кругосветного, плаваний, был военно-морским агентом во Франции. В 1895-1897 годах - начальник эскадры Тихого океана. С 1899 года в должности главного начальника и командующего войсками Квантунской области и Морскими силами Тихого океана (с 1903 года - наместника, а с 1904 года - и главнокомандующего) фактически являлся «первым лицом» во всех событиях на Дальнем Востоке. Лично руководил действиями Армии и Флота в войне с Китаем 1900-1901 годов. Его заслуги в этой войне, в частности, были отмечены золотой саблей с надписью «Таку, Тянь-Цзынь, Пекин 1900 г.»

Отмечался здравым смыслом и волевым характером, стоял на страже интересов императора и России, престиж которой ставил очень высоко. С должным подозрением и недоверием относился к германской морской политике и внимательно следил за военными приготовлениями Японии.

Образ жизни и манеры поведения Е.И. Алексеева на Дальнем Востоке напоминали европейский двор средней руки. С подчиненными, правда не со всеми, держался высокомерно, мог вспылить и накричать (многие командиры его боялись), а иногда и припомнить «проступки» против его особы. Старался иногда избавиться от «слишком самостоятельных» (Я.А. Гильтебрант), и нес моральную ответственность за назначение накануне войны начальником эскадры бесцветного О.В. Старка, во всем послушного его воле. В то же время, был против учреждения наместничества, и еще до войны просил о назначении полномочных командующих армии и флотом на Дальнем Востоке. Реально оценивал угрозу внезапного нападения японцев и был сторонником упреждающего удара, но при этом оказался ограниченным в средствах и полномочиях, а потом и дезориентированным Петербургом (Николай II, генерал-адмирал, министр иностранных дел). Во время войны проявил стремление вмешиваться в распоряжения ближайших подчиненных и на этой почве несколько конфликтовал с любившими самостоятельность генералом от инфантерии А.Н. Куропаткиным и вице-адмиралом С.О. Макаровым. Однако он же и поддерживал все достаточно обоснованные планы и предложения последних.

Некоторое время после гибели С.О. Макарова лично командовал флотом, правда, в море не выходил, ожидая окончания исправления половины (трех из шести) своих линейных кораблей. Отъезд Е.И. Алексеева из Порт-Артура, по мнению очевидцев, напоминал бегство. Однако, следует признать, что, как главнокомандующий он поступил мудро, не желая оставаться без связи в осажденной крепости. Настойчиво требовал от А.Н. Куропаткина и контр-адмирала В.К. Витгефта, которому вверил судьбу флота в Порт-Артуре, активных действий против японцев. Оба командующих, к сожалению, не оказались на высоте положения, и упустили представлявшиеся им возможности. После наступившего кризиса в войне выехал в Санкт-Петербург, и был отмечен в числе очень немногих участников войны, орденом Св. Георгия 3-й степени. В 1905 году назначен членом Государственного Совета.

Известно, что Николай II очень высоко ценил Е.И. Алексеева даже после окончания войны, хотя адмирал стал объектом критики в печати, а в советской историографии был объявлен одним из главных виновников поражения.

Адмирал Павел Петрович Тыртов	Адмирал Евгений Иванович Алексеев	Вице-адмирал Степан Осипович Макаров