Опыт действий на море в испано-американской войне 1898 года обобщался в работе капитана 2-го ранга А.А. Ливена «Американская экспедиция» (1899 год). В 1898-1899 годах Военно-морским отделом ГМШ были изданы обзоры развития и состояния ряда иностранных флотов под общим названием «Сборник военно-морских сведений об иностранных государствах». Среди них особенно актуальным являлся том, посвященный японскому флоту и составленный по донесениям морского агента в Японии лейтенантом А.А. Струмилло. Лейтенант А.А. Струмилло с разрешения вице-адмирала П.П. Тыртова писал очерк современного состояния Российского Флота, опубликованный в 1898 году во всемирно известном британском ежегоднике Брассея 91
Возросший интерес к Российскому Флоту, занимавшему третье место в мире, показывало и внимание, которое уделил ему английский военно-морской эксперт и писатель Ф. Джейн, дважды посетивший Россию. Результатом явилось появление в Англии его труда под названием «Русский императорский флот, его прошлое, настоящие и будущее» (1904 год) - фактически первой систематизированной истории российского флота.
Талантливым исследователем военно-морской администрации проявил себя капитан 2-го ранга А.Г. Витте, который проследил эволюцию организации управления флотом в сравнении с иностранными флотами. Работа А.Г. Витте вышла в свет уже после гибели автора - флагманского интенданта штаба 2-й эскадры Тихого океана, разделившего судьбу экипажа броненосца «Бородино» в Цусимском сражении 92.
В 1898 году были созданы сразу два новых портовых управления - в Порт-Артуре и в Либаве - Порт императора Александра III. Оба их отнесли к портам 2-го разряда. В 1901 году в Либаве были окончены два больших сухих дока - Императрицы Марии и Императрицы Александры - размерами 183 × 25,9 × 9,14 метров каждый. Через год там завершили сооружение аванпорта, бассейна и канала. Рядом на берегу располагались здания администрации, казарм и мастерских. Работы же по углублению аванпорта и благоустройству территории не были окончены и к 1904 году. В мастерских не хватало станков, а главное - хорошей организации и квалифицированных кадров. Тем не менее Порт Александра III стал местом сбора 2-й эскадры Тихого океана, а в декабре 1904 -январе 1905 годов снарядил для похода отдельный отряд судов контр-адмирала Н.И. Небогатова. Впервые в истории Балтийский флот отправился в море в середине зимы, что было бы невозможно при отсутствии незамерзающего порта.
Для защиты Либавы Военным министерством строилась крепость, приморский фронт которой вооружался береговыми батареями с орудиями калибров 280, 254 и 152 мм, а также 229-мм и 280-мм мортирами. Дальность стрельбы пушечных батарей составляла от 60 (254 мм) до 74 (280 мм) кбт: По мнению артиллерийского отделения МТК батареи не могли предотвратить бомбардировку порта германским флотом, новые орудия которого обладали большей дальнобойностью. Для повышения устойчивости приморского фронта генерал-майор А.С. Кротков в январе 1903 года предложил построить позади волнолома 305-мм башенные батареи 93. Это радикальное решение позволяло не только уравнять мощь береговой и корабельной артиллерии (по калибру орудий), но и обеспечить береговым батареям определенные преимущества в борьбе с флотом противника. Предложение А.С. Кроткова было реализовано далеко не сразу, но оно предвосхищало одно из главных направлений в развитии береговой артиллерии вплоть до второй мировой войны.
Несмотря на сооружение Либавы, Кронштадт продолжал сохранять значение главной базы и самого надежного опорного пункта флота. Именно в Кронштадском порту в 1904 году снаряжалась многочисленная 2-я эскадра Тихого океана. Оборудование порта пополнилось «нефтяной станцией» для заправки кораблей мазутом, но в целом оно оставляло желать лучшего, и не позволяло выполнять многие работы. Архаичные сооружения порта, страдавшего хаотичной планировкой, нуждались в реконструкции. Для защиты подступов к Кронштадту на южном берегу Финского залива Инженерное ведомство соорудило новые форты («Красная Горка», «Серая Лошадь») с 280-мм, 254-мм и 152-мм орудиями.
На Черном море Севастополь в 1900 году был преобразован в главный военный порт, став местопребыванием главного командира Черноморского флота. Таким образом, были окончательно ликвидированы последствия Крымской войны и подтверждено уже сложившееся базирование основных сил флота на Севастополь, географическое положение которого позволяло вести активные действия на всем Черноморском театре. Николаевский порт 2-го разряда сохранил значение тыловой и главной судостроительной базы.
Значительно хуже обстояло дело с системой базирования флота на Дальнем Востоке 94. Оборудование мастерских Владивостокского порта к 1904 году было окончено не более, чем наполовину. Второй сухой док только строился. На складах имелось 57 тысяч тонн кардифского угля, запасы которого могли пополняться только за счет импорта морским путем. Расположение батарей приморского фронта Владивостокской крепости (восемь рот крепостной артиллерии) не гарантировало порт от обстрела с моря. Береговые орудия были устаревших систем, а укреплениям сухопутного фронта было далеко до готовности.
В Порт-Артуре к началу войны успели углубить Восточный и Западный бассейны, которые могли вместить всю эскадру. Однако проход на внешний рейд оставался мелководным и позволял выводить броненосцы только во время полной воды. Ширина ворот большого дока (175,5 × 23,5 × 10,5 метров) не допускала ввода эскадренных броненосцев, лишенных, таким образом, возможности исправлять повреждения подводной части. Строился новый сухой док, но он не мог быть окончен в ходе войны. Зато старый китайский док для миноносцев находился в заброшенном состоянии. В порту имелось 125 тысяч тонн кардифа и более 84 тысячи тонн мягкого угля, что обеспечивало потребности флота в первые месяцы активных действий. Однако на портовых складах не хватало половины крупнокалиберных (305-мм и 254-мм) и 60% 152-мм снарядов второго боевого комплекта эскадры. Строительство Порт-Артурской крепости было не закончено. Готовность приморского фронта составляла 67%, на его батареях были установлены 108 орудий, из них только пять 254-мм пушек (батарея «Электрический утес») и отчасти 152-мм орудия Канэ были пригодны для боя с современными броненосцами.
Броненосец «Сисой Великий» Май 1902 года