Слабым звеном дальневосточных портов были кадры мастеровых, значительную часть которых по решению Морского министерства составляли местные китайцы. Хотя во Владивостоке имелось 1080, а в Порт-Артуре - даже 1473 портовых рабочих, они оказались не в состоянии проводить ремонт боевых повреждений. Во время войны инженеров и мастеровых пришлось доставлять из европейской России, в том числе с Балтийского завода. Одновременно усиливалось оборудование и пополнялись запасы портов, а также укреплялась их приморская и сухопутная оборона. К лету 1905 года средства Владивостокского порта достигли большого развития, а его крепостные сооружения защищались многочисленным гарнизоном. Все это оказалось невозможным для главной базы - Порт-Артура, который с мая 1904 года был отрезан противником и не смог в полной мере обеспечивать потребности флота.

На Дальнем Востоке также не было оборудовано опорных пунктов на побережье, которые могли бы служить для временной стоянки кораблей и отрядов. Порт Дальний совершенно не имел береговой обороны, а после его захвата противником сослужил хорошую службу только японским армии и флоту, став их базой снабжения. Во время войны русские не смогли воспользоваться для морских операций такими выгодными пунктами, как заливы Посьет, Владимир и Ольга в Приморье, Корсаковский пост на Сахалине и острова Эллиот в Желтом море. Таким образом, подготовка театра военных действий на Дальнем Востоке явно не отвечала требованиям обстановки.

В развитии организации флота наблюдались тенденция к расширению береговых элементов и углубление их противоречий с реальными потребностями плавающих кораблей и соединений. В 1900 году в Балтийском флоте добавили два новых флотских экипажа (19-й и 20-й), которые комплектовали экипажи броненосцев «Победа» и «Цесаревич», крейсеров «Богатырь», «Новик» и «Боярин» и других кораблей. Через два года для команд миноносцев Тихоокеанской эскадры в Порт-Артуре был сформирован Квантунский флотский экипаж.

Двадцать флотских экипажей Балтийского флота распределялись между Кронштадтом (основная часть), Санкт-Петербургом и Либавой. Между тем, формально принадлежащие им корабли годами находились в Средиземном море или в Тихом океане. Неудобства такого положения сказывалось на многочисленной эскадре Тихого океана, комплектования которой по-прежнему связывалось с береговыми частями Балтийского моря. Сохранение развитых береговых структур становилось совершенно бессмысленным в условиях, когда экипажи броненосцев и крейсеров круглый год размещались на своих кораблях.

Тем не менее, штатное расписание чинов флота, определяемое потребностями ненужной экипажной структуры флотских дивизий, препятствовало совершенствованию боевой организации флота. Необходимость этого совершенствования вызывалась сложившейся уже дифференциацией корабельного состава. Корабли различных классов, имеющие свою специфику, нуждались в подразделении на отряды с постоянными начальниками, которые в мирное время отвечали за боевую подготовку, а в военное - водили эти отряды в бой.

Нельзя сказать, что необходимость новой организации совершенно не сознавалась в Морском министерстве. Так, в марте-апреле 1901 года этим важным вопросом занималась специальная «Комиссия для определения судового состава эскадр в тактическом отношении и для распределения судов флота по классам и разрядам согласно их боевого значения» ⁹⁵. Председателем комиссии был вице-адмирал И.М. Диков, в ее работе участвовали начальник ГМШ вице-адмирал Ф.К. Авелан, вице-адмирал Ф.В. Дубасов, контр-адмиралы Н.Н. Ломен, Н.А. Реунов, капитаны 1-го ранга А.М. Доможиров, А.А. Вирениус, А.М. Абаза, капитан 2-го ранга А.Г. Витте и капитан Н.Л. Кладо. Комиссия пришла к выводу, что флот должен подразделяться на эскадры, каждая из которых состоит из восьми эскадренных броненосцев, четырех броненосных и восьми бронепалубных крейсеров и шестнадцати эскадренных миноносцев. Эскадра, в свою очередь, включала две дивизии, а дивизия - две бригады. Бригада признавалась тактической единицей, способной вести самостоятельные действия (два броненосца, броненосный и два бронепалубных крейсера и четыре эскадренных миноносца). Для удобства управления в бою эскадра делилась на отряды броненосцев, крейсеров и миноносцев, на нее назначались пять флагманов-командующих и по два старших и младших флагмана на дивизию. Командующий флотом, состоящим из двух и более эскадр, поднимал флаг на отдельном корабле. Весь корабельный состав в зависимости от предназначения подразделялся на десять классов, а по степени боеготовности - на три разряда. Последнее было необходимым для обеспечения однородности состава отрядов в эскадре. Устаревшие корабли, канонерские лодки и малые миноносцы объединялись в отдельные отряды под командованием постоянных начальников.

Предложения комиссии отвечали широкому уровню того времени и могли послужить основной для создания единой организации флота, подчинявшей ее тактическим требованиям. Однако в полном объеме они реализованы не были. Если подразделение эскадры на отряды и отделения по классам кораблей, в силу сложившихся правил, еще существовало на практике, то новая система назначения постоянных флагманов и командиров отрядов требовала изменения береговой структуры и увеличения штатов. Такое изменение казалось слишком радикальным и было произведено позднее с упразднением экипажной организации. Интересно, что мнение комиссии по составу эскадр почти без изменений принималось для выборки кораблестроительных программ накануне Первой мировой войны.

Отсутствие элементов постоянной боевой организации отрицательно сказалось на 2-й эскадре Тихого океана. Ее подразделение во многом противоречило принципам, выработанным комиссией И.М. Дикова - в один и тот же отряд попали корабли разных отрядов, не подходящие по скорости хода и боевым качествам, отряд миноносцев не имел своего начальника, а отделения миноносцев возглавлялись старшими из командиров. Давление сложившихся представлений о строгом соблюдении старшинства офицеров при отсутствии штатных начальников также помешало создать целесообразные организационные формы и вызывало трения между командирами. Эти несообразности особенно ярко выглядели на фоне организации японского Соединенного флота, который еще до войны был подразделен на три эскадры, каждая эскадра состояла из боевых отрядов кораблей одного класса и отрядов миноносцев во главе с соответствующими отрядными начальниками.

Запоздалое создание флота Тихого океана (9 февраля 1904 года), конечно, не могло повысить реальную мощь морских сил России на Дальнем Востоке, но позволяло улучшить организацию управления. Командующему флотом полностью подчинялись оба военных порта, он получил и полноценный штаб флота во главе с контр-адмиралом. Впервые в состав штаба вошли начальники военно-морского и военного (по предложению С.О. Макарова) отделов. Первый специально занимался оперативными вопросами боевых действий на море, а второй - взаимодействием с армейским командованием. 10 мая 1904 года также впервые была учреждена должность главного командира флота и портов и начальника морской обороны Балтийского моря, на ней был назначен вице-адмирал А.А. Бирилев.

Броненосец «Asahi»