После гибели первого командующего Тихоокеанским флотом вице-адмирала С.О. Макарова и назначения его преемником вице-адмирала Н.И. Скрыдлова - 17 апреля 1904 года - все корабли на Дальнем Востоке были сведены в 1-ю эскадру флота Тихого океана под командованием вице-адмирала П.А. Безобразова. Одновременно на Балтике началось формирование 2-й эскадры флота Тихого океана, командующим которой назначили контр-адмирала З.П. Рожественского. Однако стройная на первый взгляд организация управления флотом была искажена последствиями неудачного хода боевых действий. Так, ни Н.И. Скрыдлов, ни П.А. Безобразов не смогли попасть в осажденный Порт-Артур и оказались во Владивостоке, где к этому времени было всего три больших корабля. Главнокомандующий всеми морскими и сухопутными силами на Дальнем Востоке (наместник) которому в оперативном отношении подчинялся командующий флотом, на практике непосредственно руководил эскадрой в Порт-Артуре, «временно» вверенной контр-адмиралу В.К. Витгефту.
Руководство командующего флотом 2-й эскадрой Тихого океана было чисто условным, так как ее снаряжением на Балтике ведал вице-адмирал А.А. Бирилев, а план действий разрабатывал лично З.П. Рожественский, за которым сохранялся также пост начальника ГМШ.
27 сентября 1904 года должность командующего 1-й эскадрой была упразднена, а в конце года - с гибелью броненосцев в Порт-Артуре - «сократили» и командующего флотом в Тихом океане. 8 мая 1905 года, с приближением 2-й эскадры к театру военных действий Николаем II был вновь назначен командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал А.А. Бирилев. Но он добрался до Владивостока после Цусимской катастрофы, когда командовать стало нечем, и вскоре был отозван в Санкт-Петербург.
Таким образом, организационные преобразования военного времени явно запаздывали и не всегда соответствовали обстановке. Импровизации сказались и на службе штабов. Оперативные функции получили слабое развитие и во многом зависели от личности начальника военно-морского отдела. Состоявший на этой должности при С.О. Макарове капитан 2-го ранга великий князь Кирилл Владимирович не успел (или не смог) проявить себя в планировании морских операций. Гораздо успешнее в этой области работал в штабе Н.И. Скрыдлова капитан 2-го ранга Н.Л. Кладо, но плоды его работы в основном остались на бумаге из-за отсутствия в распоряжении командующего сколько-нибудь значительных сил флота. В то же время 2-я эскадра Тихого океана, фактически целый флот с огромным плавучим тылом, получила штаб весьма скромного состава. Так, его возглавлял не начальник штаба, а всего лишь флаг-капитан, не являвшийся первым заместителем командующего эскадрой. Штатной должности начальника военно-морского отдела не было, а исполнявший ее флагманский штурман капитан 2-го ранга В.И. Семенов сознавал себя пассажиром, только догадываясь об оперативных планах З.П. Рожественского. Роль штабов, имевших при всех младших флагманах - начальниках отрядов обеих Тихоокеанских эскадр - сводилась, как правило, к руководству по отдельным специальностям и передаче распоряжений адмирала подчиненным командирам.
Стремление к единообразию боевой подготовки выразилось в появлении общефлотских руководящих документов. Среди них «Инструкция для изготовления корабля к бою», подготовленная в ГМШ в апреле 1900 года. «Инструкция» включала три раздела, посвященные мобилизации, приготовлению корабля к бою перед выходом в море и боевой тревоге. Работа особой комиссии по комплектации офицерами судов флота (1900-1901 годы) положила начало разработке типовых судовых расписаний, отвечавших новому уровню развития техники. В 1904 году были утверждены очередные «Правила для составления судовых расписаний», которые впервые дополнялись «образцовыми» расписаниями для строившихся серийно броненосцев «Князь Суворов», крейсеров «Олег» и «Жемчуг» 96. В этих правилах исчезли многие архаизмы переходного периода, которые предусматривали участие машинистов и кочегаров в абордажном бою и многочисленные стрелковые партии для поражения противника из ружей и пистолетов.
В 1901 году учреждаются два переходящих императорских приза для кораблей эскадры Тихого океана и Черноморского флота за лучшую стрельбу из орудий. 21 приз был установлен для поощрения командиров и инструкторов Учебно-артиллерийского отряда.
Вместе с тем, на боевой подготовке всё больше сказывались последствия длительного мирного времени и применение цензовой системы прохождения службы офицерами. Частые перемещения командиров и судовых офицеров, приоритет очередности назначений и последовательности производства в чины над личными качествами и способностями порождали боязнь ответственности за возможные происшествия и условности в отработке боевых упражнений. Большинство флагманов также следовало сложившимся обычаям, а «творчество» отдельных из них противоречило тенденциям развития военно-морского дела. Случалось, что «цензовые» командиры, не уверенные ни в себе, ни в подчиненных, обозначая положенные выстрелы минами Уайтхеда, просто выбрасывали за борт их боевые винты 97.
В боевой подготовке преобладали рейдовые учения, на которых сложные боевые упражнения отрабатывались по многочисленным отдельным элементам. После войны капитан 2-го ранга В.И. Семенов писал, что пресловутая «ведомость 286 учений» имела «огромное значение в превращении осмысленных занятий в механическое отбывание номеров» 98.
Чередование флагманов и командиров - следствие «цензовой» системы - при отсутствии единства тактических взглядов и недостатков организации не позволяло создать морской и тактической школы, подобной школам М.П. Лазарева или Г.Н. Бутакова. Балтийский флот постепенно превратился в депо для снабжения кораблей на Дальний Восток и в собрание учебных отрядов. Новые броненосцы и крейсера плавали на Балтике почти исключительно в отдельных отрядах судов, назначенных для испытаний. Несмотря на слабое противодействие адмирала П.П. Тыртова, с каждым годом всё больше боевых единиц зачислялось в учебные отряды - артиллерийский, минный, морского корпуса, которые вскоре стали доминировать над Практической эскадрой. Кампания 1898 года стала для нее последней: в следующем году эскадру переименовали в Учебную, а в 1900 году - преобразовали в Учебно-практический отряд 99, реальную боевую силу которого представляли миноносцы. В кампании 1903 года, с пополнением флота эскадренными миноносцами типа «Сокол» это соединение получило наименование Практический отряд обороны побережья Балтийского моря. Соединенные оборонительные отряды уже во время войны - летом 1904 года - непродолжительное время плавали под флагом главного командира Балтийского флота.
Броненосец «Yashima»
