В кампании 1898 года Практической эскадрой (четыре броненосца, минный крейсер, восемь миноносцев) командовал вице-адмирал С.О. Макаров. Единственный из флагманов российского флота, он стремился направить боевую подготовку на решение тактических задач, приближенных к реальной обстановке морского сражения. При этом С.О. Макаров опирался на «Рассуждения по вопросам морской тактики», распространенные им на кораблях. В ходе эскадренных учений отрабатывались дневные и ночные атаки миноносцев с их отражением, артиллерийские стрельбы по пирамидальным щитам, по парусным лайбам (дистанция 7-11 кбт, по два боевых выстрела из крупных орудий), по береговым укреплениям. Используя специальные учебные зарядные отделения, броненосцы стреляли минами Уайтхеда друг в друга. Проверка организации борьбы за живучесть сопровождалась фактическим наливом воды водонепроницаемые отделения ¹⁰⁰.

Каждое учебно-боевое упражнение командующий предварял приказом с постановкой задач и личным инструктажем командиров, а заканчивал критическим разбором. Интенсивные учения в сложной обстановке неизбежно приводили к повреждениям кораблей и их техники. С.О. Макаров не делал из этого проблемы и лично руководил исправлением миноносца «116», пробитого миной, и миноносца «110», который во время ночной атаки протаранил броненосец «Адмирал Ушаков». Оба корабля остались с эскадрой. Не получил взыскания и командир миноносца «110» лейтенант К.К. Юрасовский, стремившийся выпустить мину с кратчайшей дистанции.

В кампании 1899 года Учебной эскадрой (три броненосца, шесть миноносцев) командовал вице-адмирал В.П. Мессер, который не увлекался разработкой тактических правил, но весьма обстоятельно подошел к порученной ему проверке нового двухфлажного Свода морских эволюции. Однако командующий не имел полноценных отрядов крейсеров и эскадренных миноносцев и так и не смог испытать Свод в полном объеме. «Результаты более чем ничтожны» - честно докладывал В.П. Мессер управляющему министерством ¹⁰¹.

С 1900 года самым многочисленным соединением в летнем плавании на Балтике стал Учебно-артиллерийский отряд. Например, в кампании 1902 года он насчитывал семь броненосцев, два броненосных крейсера, минный крейсер, четыре миноносца и 4700 офицеров и матросов. Главным содержанием боевой подготовки отряда оставалась ежедневная однообразная отработка уроков стрельбы для комендоров. С 1902 года для стволиковых стрельб вместо 37-мм. начали применять стволы 47-мм пушек, что позволило увеличить дистанцию до 10-12 кбт. Но эти стрельбы, так же как и стрельбы боевыми зарядами и снарядами, проводились в обстановке далекой от возможных боевых условий. Так, командующие отрядом контр-адмиралы З.П. Рожественский (1900-1902 годы) и Д.Г. Фелькерзам (1903 год) предпочитали стрелять из крупных орудий по земляным сооружениям на острове Карлос. Хотя эти стрельбы проводились с дистанций 25-32 кбт - сравнительно больших для иностранных флотов - они не давали реальной картины управления огнем, так как корректура велась по хорошо заметным столбам дыма и пыли, а не по всплескам, типичным при стрельбе при стрельбе по морским целям.

Тактические учения на Учебно-артиллерийском отряде были редкостью. В 1901 году он участвовал в «соединенных маневрах сухопутных войск и флота», а в следующем году - в маневрах на Ревельском рейде в присутствии Николая II и его гостя - германского императора Вильгельма II. Первые маневры свелись к перевозке и высадке войск 23-й пехотной дивизии, усиленной судовым десантом (766 человек). Вторые явно носили показной характер и вызвали не совсем оправданные восторги отечественной и иностранной прессы по поводу точности стрельбы.

Чисто учебные задачи решались и в ежегодных плаваниях в Атлантику старых крейсеров «Генерал-Адмирал» и «Герцог Эдинбургский». Они служили хорошей школой морской выучки для офицеров, матросов и будущих строевых квартирмейстеров.

Единственный на Балтике быстроходный крейсер «Светлана» использовался в качестве яхты генерал-адмирала. Летом 1899 года «Светлана» под командованием капитана 1-го ранга К.Д. Нилова с великим князем Владимиром Александровичем на борту совершила поход в Архангельск и обратно. По пути крейсер посетил Екатерининскую гавань в Кольском заливе, где был основан порт Александровск (ныне - Полярный).

В августе-сентябре 1899 года официальный визит в Данию совершил броненосец береговой охраны «Генерал-адмирал Апраксин» под командованием капитана 1-го ранга В.В. Линдестрема. 13 ноября 1899 года на переходе из Кронштадта в Либаву этот броненосец в ненастную погоду выскочил на каменистую отмель у о. Гогланд в Финском заливе. Тяжелая авария, которая едва не привела к гибели корабля, явилась следствием не только ошибочных расчетов командира и штурмана (лейтенант П.П. Дурново), но и несовершенства средств кораблевождения того времени, а также слабого навигационного и оперативного оборудования театра. Последним возмутился даже Николай II, обративший внимание П.П. Тыртова на отсутствие телеграфа в «главнейших пунктах» Финского залива. Слабость аварийно-спасательных средств флота привела к тому, что работы по снятию броненосца затянулись до апреля 1900 года. Зато в достижении конечного успеха важную роль сыграли ледокол «Ермак» и радиосвязь, которые помогли спасти броненосец и отчасти подмоченную репутацию Морского ведомства. Ремонт "Апраксина" завершился в 1901 году.

В конце августа 1901 года крейсера «Светлана» и «Варяг» сопровождали императорскую яхту «Штандарт» с Николаем II, приглашенным на маневры германского флота в Данцигской бухте. В маневрах участвовали четырнадцать броненосцев - эскадренных и береговой обороны - не считая крейсеров и миноносцев. Флаг-капитан императора А.Ф. Гейден отметил хорошее состояние кораблей, четкие организацию, маневрирование и меткую стрельбу германского флота ¹⁰² - потенциального противника русских на Балтике. Зато в следующем году Вильгельм II и его адмиралы - Генрих Прусский и А. Тирпиц, наблюдая маневры на Ревельском рейде, с удовольствием отметили отсутствие у российского флота боевой эскадры. Хотя двум императорам в Ревеле были представлены новейшие броненосцы «Ретвизан» и «Победа», более крупные, чем любой корабль германского флота, было ясно, что они вскоре уйдут на Дальний Восток. Вильгельм II сознательно возбуждал дальневосточные амбиции своего дальнего родственника - российского императора, которого льстиво называл «Адмиралом Тихого океана».

В июне 1902 года броненосец «Победа» посетил Портсмут, где намечался традиционный парад флота, посвященный коронации английского короля Эдуарда VII.

Из визитов иностранных кораблей в Россию наиболее примечательным было посещение в 1901 году Кронштадта французской эскадрой под командованием адмирала Жерве.

В 1898 году, несмотря на отсутствие плана операций Балтийского флота на случай войны с Германией, было принято решение использовать Либаву в качестве передового пункта базирования новых крупных кораблей флота. В целях повышения боеготовности, по примеру Черноморского флота, зимой эти корабли находились в состоянии вооруженного резерва. 12-часовая готовность к выходу в море обеспечивалась постоянным пребыванием на борту одной трети команды.

Броненосец «Fuji»