23 июля 1937 года инспектор Морских Сил, флагман 2-го ранга П.А. Смирнов (с декабря 1937 года - Нарком ВМФ) писал в докладной записке Ворошилову, что необходимо отказаться от подводной защиты системы Пульезе, которая принуждает возить лишний груз воды взамен топлива (в этой системе отсеки, входящие в конструкцию системы и заполненные топливом, должны по мере его расходования заполняться водой). "Протаскивание" системы Пульезе Смирнов расценивал как вредительство и считал необходимым этот вопрос специально расследовать.

К этому времени жестокие репрессии 1937-1938 годов практически парализовали работу судостроительной промышленности и флота. Подавляющее большинство управленцев и специалистов всех рангов были арестованы. Нехватка квалифицированных специалистов стала катастрофической. В руководстве всех уровней, включая комиссариаты (министерства) царили страх и растерянность.

Аресты и перестановки кадров приводили к тому, что должности, требующие специального образования и большого опыта, заняли люди, совершенно не соответствующие им. В июне 1937 года Сталин, вместо арестованного Р.А. Муклевича, начальником Главморпрома (то есть руководителем всей судостроительной отрасли) назначил И.Ф. Тевосяна, металлурга по образованию. Похожим принципом подбора кадров руководствовался и сам Тевосян. Начальником ЦКБС-1 он назначил аспиранта и парторга Ленинградского кораблестроительного института Дубинина, закончившего институт всего три года назад, в 1934-м. Сменился также и начальник КБ-4. Им стал инженер Я.М. Мацкин, имевший только 4-летний инженерный стаж и совсем не имевший опыта административного руководства.

На флоте дело обстояло не лучше. В течение 1937-1938 годов должность Начальника Морских Сил последовательно занимали В.М. Орлов, М.В. Викторов. П.А. Смирнов и М.П. Фриновский. Все они были арестованы и расстреляны. Смирнов был из политработников, а Фриновский до назначения служил в НКВД заместителем Ежова.

По воспоминаниям нового начальника НИВКа К.Л. Григайтиса, назначенного вместо арестованного в июле 1937 года и позже расстрелянного В.Н. Алякринского, в институте из руководящих работников остались только начальники отдела кадров, финансов и 1-го отдела. Среди сотрудников царила растерянность. В Управлении кораблестроения УВМС, в котором бывал Григайтис, творилось то же самое - растерянность и нерешительность, как и в НИВКе. А.И. Забудько. работавшая заведующей секретариатом в наркомате оборонной промышленности и референтом И.Ф. Тевосяна, вспоминала как в конце 1938 года в наркомат приехали два инженера-кораблестроителя, вернувшиеся из Италии. Они ожидали в приемной Тевосяна. Вдруг входят два человека, обыскивают их, а затем приказывают: "Идите, не оборачиваясь, до машины. При попытке к бегству будем стрелять!" Она вспоминала слова Тевосяна: "Происходит что-то непонятное. Я просто отказываюсь понимать: Я выбираю людей, а их забирают!"

Отношения между руководителями судостроения и командованием флота все более обострялись. Совещания у Сталина проходили в острых спорах кораблестроителей с моряками. Вспоминают, что при этом часто Тевосян (Начальник Главморпрома) и И.С. Исаков (флагман 1-го ранга, заместитель Наркома ВМФ) сидели спиной друг к другу. Из штаба флота Сталину постоянно шли докладные, в которых Тевосян обвинялся во вредительстве. Главморпром, видимо, отвечал тем же.

Тем не менее, работы по проектированию линкора продолжались. В ноябре 1937 года в Управление Кораблестроения УВМС был представлен третий вариант технического проекта, разработанный на основе технических заданий июля 1937 года. При том же вооружении и бронировании линкора проектное водоизмещение достигло уже 57.825 тонн.

Во время рассмотрения проекта моряки, во главе с Начальником Морских Сил М.В. Викторовым, дали резко отрицательный отзыв и потребовали доработать проект. Особенно большие претензии предъявлялись к машинно-котельной установке. Можно предполагать, что претензии были вполне обоснованны, так как трудно было представить более или менее реальные данные о проекте, не имея готового образца парового котла (они еще даже не были изготовлены и испытаны), проектов главных турбин и вспомогательных механизмов Отмечалась также чрезмерная длина гребных валов (103 метра). Недостатки по машинной установке дополнялись отсутствием проектов орудийных установок 152-мм и 100-мм артиллерии, зенитных автоматов, постов управления артиллерией и др.

При испытании в опытовом бассейне модели корабля выяснилось, что у будущего линкора на полном ходу местами будет оголяться небронированный борт до двух метров ниже кромки броневого пояса. Моряки посчитали это неприемлемым и потребовали устранить, что сделать было практически невозможно. Следует отметить, что в других странах конструкторы также сталкивались с подобным явлением, однако внимания на это не обращали.

Наиболее важными были требования изменить распределение толщин бортового и палубного бронирования, а именно - вместо главного 380-мм броневого пояса и 220-мм верхнего пояса оставить только главный пояс, увеличив его высоту с 3,7 до 6,4 метра. Систему палубного бронирования привести в соответствие с результатами последних испытаний.

Еще в 1936 году для выбора оптимального варианта горизонтального бронирования было решено провести натурные испытания. Для этого на старом пароходе, на участке верхней палубы длиной 56,8 метра и шириной 10,8 метра устроили четыре отсека с различными системами горизонтального бронирования. В начале 1937 года пароход установили на отмель в Казачьей (Соляной) балке, недалеко от Севастополя. Испытания броневых палуб проводились как бомбометанием с самолетов "ТБ-3", так и подрывом фугасных авиабомб прямо на палубе. По воспоминаниям Т.Л. Джеломанова, занимавшегося бронированием линкора "Б" в ЦКБС-1, сначала летчики никак не могли попасть в пароход. Только после приобретения в Соединенных Штатах бомбовых прицелов новейших образцов результаты улучшились и даже достигли 50%. Всего во время испытаний на пароход было сброшено свыше тысячи авиабомб весом до 500 кг включительно.