Новая система должна была обеспечить перехват целей с эффективной поверхностью рассеяния (ЭПР), соответствующей фронтовому бомбардировщику Ил-28, летящих со скоростями до 3500 км/ч на высотах от 5 до 35 км, на удалении до 150 км. Аналогичные цели со скоростями до 2000 км/ч должны были поражаться на дальностях 180-200 км. Для высокоскоростных объектов с ЭПР, соответствующей истребителю МиГ-19 (близкой к крылатым ракетам «Блю Стил» и «Хаунд Дог»), рубеж перехвата устанавливался на удалении 80-100 км. Вероятность поражения целей должна была составлять 0,7-0,8 на всех рубежах. Таким образом, по уровню заданных тактико-технических характеристик создаваемая одноканальная перевозимая система, в основном, не уступала разрабатывавшейся в это же время стационарной системе «Даль».
В соответствии с Постановлением, к разработке зенитной ракетной системы дальнего действия были привлечены многие организации и предприятия страны. Были определены головные организации по системе в целом и по наземным радиотехническим средствам огневого комплекса - КБ-1 ГКРЭ, и по зенитной управляемой ракете, первое время имевшей обозначение В-200 - ОКБ-2 ГКАТ. Генеральными конструкторами системы в целом и ракеты были назначены, соответственно, А.А. Расплетин и ПД. Грушин
Кроме КБ-1, к работам по системе наведения привлекли ряд других предприятий и институтов. Разработчиком головки самонаведения ракеты был определен ЦНИИ-108 ГКРЭ (впоследствии ЦНИРТИ). НИИ-160 осуществлял работы по электровакуумным приборам, предназначенным для комплекса наведения и средств системы, НИИ-101 и НИИ-5 отвечали за сопряжение средств управления и огневых средств со средствами оповещения и целеуказания. ОКБ-567 и ЦНИИ-11 должны были обеспечить создание телеметрической аппаратуры и контрольно-измерительных средств для обеспечения испытаний.
Оценив объем работ и возможные сложности с «увязкой» работающих в замкнутом контуре управления аппаратуры ракеты и наземных средств наведения при их проектировании несколькими организациями, с января 1960 г. разработку аппаратуры самонаведения ракеты взяло на себя КБ-1, отстранив ЦНИИ-108, из которого в начале 1959 г. в КБ-1 была переведена лаборатория Б.Ф. Высоцкого, занимавшаяся также и разработкой самолетных РЛС. При общем руководстве А.А. Расплетина работами по системе в целом, главным конструктором по головке самонаведения (ГСН) назначили Б.Ф. Высоцкого, по автопилоту - П.М. Кириллова.
Образованную в СКБ лабораторию Б.Ф. Высоцкого для разработки антенны ГСН возглавили Е.Г. Зелкин и Е.Н. Егоров. Гиростабилизатор антенны создавался в СКБ П.М. Кириллова. Вопросы наведения ракеты на цель решались под руководством В.К. Крапивина и Ю.В. Афонина.
Для общей организации работ в КБ-1 были образованы ведущий тематический отдел по системе С-200 под руководством Б.В. Бункина, а позже - лаборатория по разработке радиолокатора подсвета целей под руководством К.С, Альперовича. Аппаратура управления пусковыми установками и находящимися на них ракетами создавалась в лаборатории под руководством А.Г. Басистова, на которую дополнительно возлагалось курирование работ по сопряжению ГСН и пусковой установки.
Задания на разработку силовой установки ракеты, части бортовых систем, заправочного оборудования после определения окончательного облика ракеты были сформированы ОКБ-2 ГКАТ и выданы соответствующим разработчикам. К созданию стартовых двигателей ЗУР было подключено КБ-2 завода №81, возглавляемое Главным конструктором И.И. Картуковым. Заряды для стартовых двигателей разрабатывал НИИ-130 (г. Пермь). Маршевый жидкостный ракетный двигатель и бортовой гидроэлектрический агрегат питания на конкурсной основе разрабатывали московское ОКБ-165 (Главный конструктор А.М. Люлька) совместно с ОКБ-1 (Главный конструктор Л.С. Душкин) и ленинградское ОКБ-466 (Главный конструктор А.С. Мевиус).
Радиовзрыватели и комбинированный взрыватель ракеты создавались НИИ-504 совместно с НИИ-48 и Государственным оптическим институтом (ГОИ, Ленинград). НИИ-22 проектировал предохранительно-исполнительный механизм (ПИМ), а работы по боевым частям велись НИИ-6 и ГСКБ-47. Одновременно задавалась разработка специальной боевой части ракеты, которая должна была вестись организацией соответствующего ведомства. Разработка стартовой автоматики задавалась ОКБ завода №476. Проблема разработки материалов и отработки технологии создания радиопрозрачного обтекателя ракеты была возложена на ВИАМ. ЛИИ должен был создать и развернуть систему полетных измерений с учетом имевшихся РЛС и кинотеодолитов на площадках «18», «21», «22», «35» полигона у озера Балхаш, а также обеспечить привлечение других средств траекторных измерений, уже развернутых в обеспечение испытаний, как системы «Даль», так и экспериментальной противоракетной системы ПРО «А».
Проектирование наземного оборудования стартовой и технической позиций было возложено на ленинградское ЦКБ-34 (будущее КБСМ ГКОТ). Заправочное оборудование, средства транспортировки и хранения компонентов топлива разрабатывались московским ГСКБ (будущее КБТХМ). На самых ранних этапах работ, исходя из принятых массогабаритных характеристик и конструктивных особенностей ракеты, было разработано техническое задание на проектирование пусковой установки, заряжающих и транспортных машин.
Более глубокая проработка КБ-1 заданной Постановлением 1958 г. системы С-200 показала, что технические решения предложенного в ней построения с применением комбинированной схемы наведения ракеты - с командным наведением и самонаведением на конечном участке слишком сложны для реализации в установленные сроки. В конце 1958 г. КБ-1 был разработан и представлен в отвечающее за зенитное ракетное вооружение 4-е Главное управление Министерства обороны не предусмотренный директивными документами аванпроект зенитной ракетной системы с построением в двух вариантах: одноканальная система С-200 с комбинированным наведением ракет с дальностью действия 150 км, заданная Постановлением 1958 г., с двумя типами ракет и пятиканальная система С-200А с когерентным радиолокатором непрерывного излучения и ракетами с полуактивными головками самонаведения с предстартовым захватом цели.
«Осенью уже было согласовано ТТЗ на систему С-200, - вспоминает ветеран 4 Главного Управления Министерства обороны Михаил Лазаревич Бородулин, - и Заказчик ожидал эскизный проект системы. Однако в конце 1958 г. в 4 ГУ МО поступил не предусматривавшийся ранее аванпроект, состоящий из двух частей.
В первой части рассматривалась заданная постановлением 1958 г. одноканальная передвижная система с раздельным сопровождением цели и ракеты различными локаторами, аналогичная не продвинувшейся далее бумажной стадии системе С-175, но отличавшаяся применением не командного, а комбинированного метода наведения ракеты на цель. Вначале осуществлялось командное наведение, а на конечном этапе - полуактивное самонаведение. При этом захват цели головкой самонаведения производился с участием оператора. Для этого сигнал от цели с головки самонаведения передавался на землю.