Общее расположение ПЛ проекта 629А: 1 — торпедные аппараты; 2 — VIII отсек, кормовой торпедный; 3 — аварийный буй; 4 — входной люк; 5 — VII отсек, электромоторный; 6 — VI отсек (дизельный); 7 — выгородка управления дизелями; 8 — V отсек (жилой и аккумуляторный); 9 — устройство газоотвода РДП; 10 — ракетные шахты; 11 — подъемно-мачтовое устройство «Альбатрос»; 12 — подъемно-мачтовая рамочная антенна; 13 — подъемно-мачтовое устройство «ВАН»; 14 — выдвижная шахта РДП; 15 — зенитный перископ; 16 — перископ «Сегмент-8»; 17—прочная рубка; 18 — гальюн; 19 — II отсек, жилой аккумуляторный; 20 — I отсек, носовой торпедный; 21 — носовой горизонтальный руль; 22 — торпедные аппараты; 23 — акустические системы станций «Свияга» и «Свет»; 24 — акустическая система станции МГ-10; 25 — гидроакустическая станция «Арктика-М»; 26 — трюмный пост; 27— аккумуляторная батарея; 28 — центральный пост; 29 — III отсек центрального поста; 30 — IV отсек, ракетный; 31 —дизель 37Д; 32— средний гребной электродвигатель ПГ-102; 33 — электродвигатель экономического хода ПГ-104; 34 — гребной вал; 35 — гребной винт; 36— вертикальный руль.

Установка нового ракетного комплекса совмещалась с модернизационными мероприятиями, реализацией ранее принятых по проекту 629 решений и средним ремонтом. Работы велись практически по всему кораблю и вкратце заключались в следующем:
-  ремонт: освидетельствование и ремонт всей донно-забортной арматуры, механизмов, устройств, электрооборудования, баллонов ВВД в соответствии с типовыми ремонтными ведомостями и заявкой личного состава;
-   модернизация: установка по чертежам проекта 629 ШПС МГ-10, станций МГ-17, МГ-23, ГИ-102, ГИ-114, новых средств радиосвязи и радиоразведки, в том числе антенно-фидерных устройств К-650У («Ива-У») и К-651, замена РЛС «Флаг» на «Альбатрос», внедрение унифицированных аварийно-спасательных устройств (расширенных комингс-площадок, выгородок АСУ, аварийно-спасательного буя с РССУ-1, станции МГС-29) и т.д.;
- переоборудование: полная замена содержимого ракетного и части III отсека, замена НК «Плутон-1» с АНП «Лира» на «Сигма-629А» с АНП «Сегмент-8», замена АБ 46СУ на 48СМ, установка системы водяного охлаждения АБ и системы механического перемешивания электролита, использование газоанализаторов на водород ТП116М, переделка верхней части прочного корпуса на всем протяжении ракетного отсека, установка новых стаканов под ракетные шахты, новых шахт с ПУ СМ-87-1, опор в районе верхнего среза шахт для пристыковки погрузчика ракет ПС-31П, полная замена конструкций прочных междубортных цистерн в районе ракетного отсека с формированием новых прочных цистерн, переделка ЦБП с установкой в ней датчиков уровней воды и быстродействующего клапана вентиляции с дистанционно управляемым приводом для использования ее в качестве цистерны одержания при стрельбе ракетами, замена конструкций ограждения выдвижных устройств, прочных рубок и шахт, перекладка твердою балласта, установка нового оборудования внутри прочного корпуса, прокладка новых трасс электрокабелей и т.д.

Завод №893 (г. Северодвинск) начал работы первым, однако сдача переоборудованной им подводной лодки задерживалась, Виной тому стали задержки с поставками, сложная кооперация (все детали прочного корпуса, стаканы шахт и другие поковки поставлял завод №199). Все это не позволило сдать корабль, как планировалось, в 1966 г. Тем более что переоборудование К-88 не обошлось без ЧП.

Работы по замене конструкций прочных междубортных цистерн в районе IV отсека выполнялись в самом начале 1966 г. в сильные холода. Корабль стоял на открытом стапеле. Когда стали испытывать цистерны, оказалось, что все швы приварки прочных бракет (скобок) и переборок цистерн к прочному корпусу имеют трещины. Пришлось полностью срезать все прочные конструкции на всей длине отсека (12 м), изготовить их заново, зачистить корни срезанных с некоторым отстоянием от прочного корпуса конструкций заподлицо с прочным корпусом. И тут обнаружилось самое страшное: трещины по всем швам распространяются и в прочный корпус.

Общий вид ПЛ проекта 629А.

Общий вид ПЛ проекта 629А с установленным в кормовой части выпускным буксируемым устройством «Параван».