Старейшей и наиболее мощной проектной организацией в области подводного кораблестроения является ЦКБ-18, (ныне — ЦКБ морской техники «Рубин»), ведущее свою столетнюю родословную от Отдела подводного плавания чертежной Балтийского завода и выделившееся в самостоятельное ЦКБ-18 в 1938 г. В последние десятилетия его конструкторы в основном разрабатывали крупные подводные атомоходы — носители баллистических и крылатых ракет.
В 1947 г. на территории Германии было сформировано так называемое «Бюро Антипина», основной задачей которого являлся сбор документации и материальной части по немецким подводным лодкам, оснащенным «турбиной Вальтера» — двигательной установке, работающей на перекиси водорода, а также по самой турбине, способной работать без доступа атмосферного воздуха. По возвращении в СССР эта организация в 1948 г. была преобразована в СКБ-143, разработавшее несколько проектов подобных подводных лодок. Один из них был реализован в металле и испытан. К середине 1950-х гг. СКБ-143 в особо секретном порядке было поручено создание первой советской атомной подводной лодки. В 1960-е гг. организацию переименовали в Специальное проектно-монтажное бюро машиностроения (СПМБМ), разрабатывающее торпедные (многоцелевые) атомные подводные лодки.
Как известно, И.В. Сталин уделял особое внимание разработке и строительству крупных артиллерийских кораблей. В 1948 г. для проектирования линкоров было организовано специальное ЦКБ-Л, в следующем году переименованное в ЦКБ-16. К концу 1940-х гг. ЦКБ-17 подготовило эскизный проект тяжелого (фактически — линейного) крейсера с артиллерией 305-мм калибра, существенно превосходящей орудия находящихся в строю советских линкоров. Для рабочего конструирования этого корабля документацию передали в ЦКБ-16. После смерти Сталина работы по тяжелому крейсеру прекратились, а оставшийся без дела мощный конструкторский коллектив переключили на дизель-электрические лодки, вооруженные баллистическими ракетами. На протяжении нескольких лет велись и исследования по переоборудованию построенных легких крейсеров в ракетоносцы. С конца 1950-х гг. основной задачей ЦКБ-16 (с середины 1960-х гг. — ЦПБ «Волна») стало создание сверхскоростной атомной подводной лодки, впервые в мире изготовленной из титановых сплавов, вооруженной крылатыми ракетами малой дальности с подводным стартом. При ее испытаниях в начале 1970-х гг. был достигнут доныне не превзойденный мировой рекорд скорости движения под водой — около 45 узлов (63 км/ч).
В 1972 г. СПМБМ и ЦПБ «Волна» объединили в СПМБМ «Малахит», специализирующееся, в основном, на многоцелевых атомных подводных лодках. После 1991 г. ФГУП СПМБМ «Малахит» получило более осмысленную расшифровку — Санкт-Петербургское морское бюро машиностроения.
В 1954 г. при расположенном поблизости от г. Горького заводе №112 («Красное Сормово») было организовано СКБ-112 для конструкторского сопровождения и дальнейшего совершенствования разработанной ЦКБ-18 средней дизельной подводной лодки пр. 613, строившейся в то время на четырех заводах с ежегодным вводом в строй флота десятков единиц. В дальнейшем СКБ-112 действовало самостоятельно, разработав в 1960-е гг. атомную подводную лодку ограниченного водоизмещения, вооруженную крылатыми ракетами малой дальности с подводным стартом, а в начале 1980-х гг. — первый многоцелевой атомоход третьего поколения. В середине 1960-х гг. СКБ-112 переименовали в СКБ «Судопроект», а с 1974 г. — в ЦКБ «Лазурит».
Рассматривая заводы-строители, отметим, что крупнейшие из вступивших в строй кораблей советского флота строились, как правило, на стапелях, сооруженных еще в начале XX века для линкоров-дредноутов царского флота. Исключение составляет только единственный советский авианосец с самолетами трамплинного взлета и горизонтальной посадки, строительство которого потребовало коренной реконструкции возведенного в начале XX века николаевского Черноморского судостроительного завода, в разные годы известного как завод №444, он же Завод им. И.И. Носенко, он же Николаевский завод им. Марти, он же «Завод Наваль».
