На ходе строительства сказывалось и переменчивость решений государственного руководства. Уже после начала подготовки производства пр. 659 на амурском заводе в конце 1957 г. решили передать это задание северодвинскому заводу, но вскоре заказ вернули на Дальний Восток. Головная лодка К-43 (заводской №140) была заложена 20 декабря 1958 г. Менее чем через полтора года, 12 мая 1960 г., она всплыла в доке завода. Этому предшествовало принятое в мае 1959 г. партийно-правительственное постановление о сокращении срока строительства головной лодки на год. Для того чтобы выполнить волю руководства, заводское начальство уже в сентябре перевело корабль на достроечную базу предприятия в бухте Павловского, абсолютно не подготовленную к проведению сложных работ. Даже простейшие устройства приходилось заказывать в Комсомольске или на заводах в европейской части страны и доставлять на самолетах. Объекты «социальной сферы» также почти отсутствовали. Только к зиме была построена рабочая столовая, в которой за неимением поварих и официанток работали девушки-малярши.

К концу 1960 г. удалось закончить ходовые испытания лодки, но подписание приемного акта затянулось до июня следующего года. Пришлось основательно доводить элементы ракетного комплекса. В частности, потребовалось изменить конструкцию газоотводных выгородок, так как в первоначальном варианте струи двигателей расположенных в носу лодки ракет били в воздухозаборники размещенных позади них готовящихся к старту изделий и заглушали их уже запущенные турбореактивные двигатели.

Подводная лодка пр. 659.

По схеме размещения механизированных контейнеров с крылатыми ракетами атомоходы пр.659 в надстройке увеличенной высоты стали предшественниками подводных лодок пр. 651 и пр. 675 с противокорабельными ракетами П-6, на которых также пришлось уделить особое внимание проблеме заглушения турбореактивного двигателя при старте предшествующей ракеты залпа.

В строй К-43 вступила 28 июня 1961 г., показав на испытаниях скорость подводного хода 26 узлов, что превысило заданное значение.

По сравнению с торпедной лодкой пр. 627А водоизмещение нового корабля возросло почти на 600 т, достигнув 3700 т, длина увеличилась незначительно, с 107,3 до 111,2 м, в отличие от ширины, достигшей 9,2 м вместо 7,9 м и осадки, составившей 6,9 м в сравнении с 5,7 м у атомного первенца.

Организацию строительства первой серийной лодки дополнительно осложнило вмешательство крупнейшего организатора оборонных отраслей промышленности послевоенного времени — Дмитрия Федоровича Устинова. В 1960 г. он посетил Комсомольск и поставил перед судостроителями задачу сократить на год срок строительства и этой лодки. В результате подводная лодка К-59 (заводской номер 141) вступила в строй всего на полгода позже головной, 16 декабря 1961 г., К-66 (№142) — 30 июля 1962 г., К-122 (№143) — 30 сентября 1962 г., К-151 (№144) — 28 июля 1963 г.

Трудности строительства, а позднее и далеко не восторженное отношение военных к стратегическим крылатым ракетам, соответствующим образом сказывались на плановой численности серии. Так, постановлением от 25 июля 1956 г. предусматривалось строительство в 1956— 1960 гг. четырех АПЛ пр. 659 и еще двух после 1960 г. При подготовке программы на семилетку стало ясно, что до 1960 г. не удастся построить ни одной подобной АПЛ, поэтому в 1959—1965 гг. запланировали постройку восьми кораблей пр. 659. В связи с разработкой пр. 675, способного нести не только П-5, но и противокорабельные П-6, объем строительства пр. 659 в соответствии с постановлением от 30 мая 1960 г. сократили до шести единиц, а постановлением от 21 июня 1961 г. — до пяти. Шестую лодку, К-30 (заводской №145), уже заложенную в начале 1961 г., разобрали на стапеле в 1962 г.

Но и для достроенных лодок продолжительность службы в соответствии с первоначальным назначением оказалась на редкость короткой. В 1965 г. было принято решение о снятии с вооружения комплекса П-5, которое было поэтапно реализовано в период 1965—1968 гг. Учитывая максимальную унификацию с пр. 627 и стремление разместить достаточный боекомплект ракет лодки пр. 659 не располагали модернизационным потенциалом, достаточным для переоснащения на комплекс П-6.

Новый пр. 675 первоначально представлял собой всего лишь модификацию пр. 659, дооборудованного под применение П-6. Дополнительная пара контейнеров на пр. 675 была предложена конструкторами в инициативном порядке.

Продольный разрез подводной лодки пр. 659 с крылатыми ракетами П-5.