В следующем году испытания проходили машины второй и третьей серий, укомплектованные уже электрическим автопилотом АП-25 и немецкой радиокомандной системой.
На этом этапе летной отработки выявилась недостаточная стойкость бортового оборудования ракеты к вибрациям, что привело к доработке автопилота с переходом от релейного режима работы интерцепторов к пропорциональному с линейной зависимостью угла отклонения органов управления от величины управляющего сигнала.
Испытывавшиеся в августе - ноябре 1951 года ракеты четвертой серии наконец оснастили отечественной командной радиоаппаратурой "КРУ-Щука". После ряда неудачных пусков доработки обеспечили работоспособность новой аппаратуры.
Улучшилось и организационное обеспечение работ. В соответствии с Постановлением от 15 декабря 1951 года № 5119-2226 КБ-2 объединили с заводом № 67 и преобразовали в Государственный союзный научно-исследовательский институт № 642 (ГС НИИ-642). С новой организации сняли большую часть серийных заказов, а работы по небольшим неуправляемым реактивным снарядам вместе с соответствующими специалистами передали в другую ракетную организацию Минсельхозмаша - НИИ-1.
В 1952 году на морском полигоне в районе Феодосии начались совместные испытания заводской партии ракет. По результатам первого этапа, в ходе которого было проведено 15 пусков с самолета-носителя Ту-2 с высот 2000...5000 м на дальности от 12 до 30 км, вероятность поражения корабля-цели была определена в 0,65, при этом около четверти попаданий приходилось на подводную часть борта.
После доработки ракет для применения с Ил-28 - на ракете изменили переднюю часть корпуса, угол поперечного V хвостового оперения уменьшили с 40 до 35 град, одновременно увеличив его площадь - при 14 пусках второго этапа, выполненных в октябре-декабре с реактивного носителя, вероятность поражения цели понизилась до 0,51 для малых дальностей и 0,57 для дальностей от 15 до 30км с поражением подводной части борта только в одной пятой попаданий.
Постановлением от 23 сентября 1954 года № 2003-924 "Щука-А" была запущена в серию для проведения войсковых испытаний. Ранее в соответствии с Распоряжением Совета Министров от 6 апреля 1954г № 3572, было решено переоборудовать в носители "Щук" 12 Ил-28, а также испытать на полигоне во Владимировке 20 "Щук-А" по наземным целям, имея в виду перспективу оснащения ракет обычной фугасной боевой частью весом до 900 кг.
В целом работы по основному противокорабельному варианту "Щуки-А" были успешно завершены к июлю 1955 года. Но разработка более сложной "Щуки-Б" к этому времени еще не вышла из полосы неудач.
Создание летательного аппарата не было связано с особыми трудностями - в 1951 году начались успешные летные испытания РАМТ-1400Б с упрощенным автономным управлением. К сожалению, разработчик радиолокационного визира - НИИ-885 был перегружен работами по баллистическим ракетам и не смог выделить достаточные силы на создание аппаратуры для "Щуки". Дважды - в 1948 и в 1952 годах - испытания на самолетах двух различных экспериментальных образцов аппаратуры показали их неработоспособность. По предложению военных был осуществлен переход на вариант ракеты с полноценной активной радиолокационной головкой самонаведения (АРЛГСН) взамен радиолокационного визира. Постановлением от 27 декабря 1953 г № 3256-121 работы по АРЛГСН, получившей название "РГ-Щука" были поручены организации, выделившейся из НИИ-885.
Отделившись от самолета, летящего на высоте от 2 до 10 км, ракета должна была планировать под углом 20...30 град к горизонту. Начиная с высоты 600 м включался радиовысотомер и ракета выходила в горизонтальный полет на высоте 60 м, после чего включался ЖРД, обеспечивающий достижение скорости до 1030 км/ч. На удалении 10...20 км от цели включалась АРЛГСН, осуществляя поиск и захват цели с последующим самонаведением на цель в упрежденную точку в горизонтальной плоскости. Наведение в вертикальной плоскости проводилось только начиная с удаления до цели 750м и обеспечивало приводнение ракеты на удалении около 60 м от борта цели. При ударе ракеты о воду подрывался единственный пироболт крепления боевой части, она отделялась и совершала маневр для поражения подводной части борта корабля.
Компоновочно ракета больше напоминала не "Щуку-А", а первоначальный проект - в носовой части за радиопрозрачным обтекателем размещалась аппаратура наведения, а под ней устанавливалась боевая часть.
Еще в 1953 году были испытаны 5 экспериментальных ракет без АРЛГСН, но с радиовысотомером, успешно выходившие в горизонтальный полет на высоте 30 м.
Однако экспериментальные пуски 9 ракет (включая 5 ракет с АРЛГСН), проведенные с 17 марта по 20 июля 1954 года показали, что в условиях трех-четырехбалльного волнения моря при сближении на дальность менее 2...3 км происходит срыв сопровождения цели в аппаратуре АРЛГСН -сигнал от цели - транспорта "Очаков" забивается отражением от волн
Наряду с доработкой АРЛГСН на последующей заводской партии ракет для обеспечения более благоприятных условий работы взрывателей была перекомпонована передняя часть корпуса "Щуки-Б" - длина сократилась на 700 мм. Для обеспечения требуемой дальности в 30 км пришлось доработать ЖРД.
Следующая серия испытаний уже доработанных ракет прошла в апреле - августе 1955 года неудачно - ни одна из 6 ракет не достигла цели. После доработки рулевых машинок и радиовысотомера в конце года выполнили три успешных пуска, но вскоре все работы по "Щукам" были прекращены.
Начиналась эра сверхзвуковой авиации и выпуск носителей "Щук" - фронтовых бомбардировщиков Ил-28 был прекращен. Состоявшие на вооружении Дальней авиации и Авиации ВМФ Ту-16 оснащались ракетами КС существенно большей дальности. Перспективные Ту-98 должны были летать намного быстрее "Щуки", что ставило под вопрос прочность дозвуковых ракет на внешней подвеске, а для внутреннего размещения на носителе они никогда не предназначались. Да и в целом во второй половине пятидесятых годов изначально предназначенная для Ту-2 дозвуковая прямокрылая ракета смотрелась явным анахронизмом.
В соответствии с Постановлением от 3 февраля 1956 года № 175-104 было решено не принимать на вооружение РАМТ-1400А, прекратить разработку РАМТ-1400Б, а переоснащение Ил-28 в носители ограничить двумя самолетами. Мотивировалось это решение прекращением производства Ил-28.
Подводя итог работам по авиационным "Щукам" можно отметить, что из-за новизны и сложности задачи создания одной из первых управляемых ракет отечественной конструкции, недостаточной готовности к ее решению как головной организации, так и соисполнителей по системе управления, разработка затянулась и подошла к завершению уже при полном моральном устаревании разрабатываемого образца. В этом беда, а не вина М.В. Орлова и его коллег. Еще раньше неудачей завершилась работа коллектива P.M. Бисновата по ракете "Шторм", а успех коллективов Сергея Лаврентьевича Берия и Артема Ивановича Микояна в создании КС ("Кометы"), в значительной мере объясняется концентрацией достаточных сил и средств, предоставленных в их распоряжение по вполне понятным субъективным обстоятельствам.
Однако, не обеспечив своевременное создание авиационного оружия, разработка "Щук" сформировала работоспособный и опытный коллектив М.В. Орлова, кооперацию предприятий-разработчиков, которые к моменту прекращения работ по авиационным ракетам успели приступить к разработке противокорабельной ракеты - по терминологии тех лет - "самолета-снаряда" для вооружения эсминцев.
Еще 2 июля 1953 года Министр сельскохозяйственного машиностроения предложил Заместителю Председателя Совета Министров СССР Булганину включить в план опытно-конструкторских работ на 1953-1954 год исследование возможности создания самолета-снаряда для стрельбы с корабля по кораблю на базе РАМТ-1400Б. Для обеспечения старта с корабельной пусковой установки ракету предлагалось оснастить стартовым пороховым двигателем разработки КБ-2 завода №81 МАП (главный конструктор Картуков), а для достижения заявленной дальности 40 км применить в качестве маршевого двигателя новый ЖРД или прямоточный двигатель разработки коллективов Бондарюка или Микулина.