В 1959 г. Н. С. Хрущеву в руки попал зарубежный журнал, где был показан рисунок стартующей из шахты американской ракеты, а в сентябре 1959 г. ракета Р-12 (КБ Янгеля) стартовала из экспериментальной шахты (разработка КБОМ, главный конструктор В. Бармин). Отныне все ракеты КБ Янгеля имели ШПУ. Во второй половине 1950-х годов самолеты-бомбардировщики были оттеснены на второй план, как и другие виды вооружений. Дальние баллистические ракеты в глазах руководства страны стали неуязвимым оружием. Многие авиационные предприятия, чтобы «остаться на плаву», стали проектировать ракеты. Больших успехов в этом достигло ОКБ-52 В. Челомея.

МБР второго поколения — это три типа ракет, разработанных в нескольких конструкторских бюро. В основу программы разработки ракетного вооружения нового поколения был положен принцип создания боевых ракетных комплексов с одиночными ракетными стартами, рассредоточенными на большой площади. МБР второго поколения имели большую точность и были оснащены системой электронной защиты. Размещение ракет в укрепленных ШПУ, расположенных на значительном удалении друг от друга, намного повысило их выживаемость. Первой из МБР второго поколения была жидкостная Р-36 (SS-9 «Scarp») с моноблочной ядерной головной частью, разработанная в КБ М. Янгеля. Р-36 предназначена для поражения важнейших стратегических объектов противника, защищенных средствами противоракетной обороны. Ракета могла оснащаться разнообразными типами головных частей, имеющих ядерные заряды различной мощности. В 1967 г. ракетный комплекс Р-36 в ШПУ был принят на вооружение. Это был комплекс с уникальными боевыми возможностями, что позволило существенно повысить боевую эффективность РВСН. Всего в период между 1966 и 1977 гг. было развернуто 288 МБР Р-36 всех типов.

Гигантская 37-метровая ракета 8К713, показанная на Красной площади 9 мая 1965 г. и получившая за рубежом обозначение SS-10, на вооружении РВСН не состояла. В дальнейшем использовалась как ракета-носитель для выведения спутников на низкие орбиты	УР-100У в шахте

В 1967 г. был принят на вооружение ракетный комплекс PC-10 (SS-11 «Sego»), созданный в ОКБ В. Челомея. Входящая в него ракета УР-100 по сравнению с другими МБР имела меньшие размеры и массу, моноблочную ядерную головную часть. Одна из блестяще решенных В. Челомеем задач — создание конструкций жидкостных баллистических ракет, размещенных в транспортно-пусковом контейнере. Это позволило провести сборку (стыковку) ступеней в заводских условиях, повысить надежность боевого дежурства, пуска и полета ракет, которые могли находиться в ШПУ в заправленном высокоэнергетическим топливом состоянии в течение многих лет. Ракета УР-100 - первая ракета, на которой были размещены средства преодоления ПРО. PC-10 (SS-11) — это самая массовая отечественная МБР (к 1972 г. было развернуто 1000 ракет разных модификаций).

В 1968 г. принимается на вооружение первый в стране ракетный комплекс РС-12 (SS-13 «Savage») с МБР РТ-2 на твердом топливе (создан в ОКБ-1 С. Королева). Впервые были разработаны смесевые твердые топлива, крупногабаритные заряды двигателей и освоена технология их изготовления; создана принципиально новая система управления; для ракетного комплекса был разработан новый тип ШПУ, обеспечивающий старт ракеты на маршевом двигателе из глухого пускового стакана («минометный старт»). С 1974 г. стала поступать на вооружение новая модификация ракеты РТ-2П, имеющая более высокую боевую эффективность и улучшенные эксплуатационные характеристики. Всего было развернуто 60 ракет РС-12 и ее модификации.