В 1958 году для разработки систем защиты головных частей баллистических ракет от поражения противоракетами противника на базе лаборатории, которой руководили академики Борис Введенский, Михаил Леонтович и Владимир Фок, в НИИ-108 был создан специальный сектор № 3.

В начале 1961 года НИИ-108 под руководством директора института генерала Петра Плешакова начал выполнение сразу трех экспериментальных работ под условными названиями "Верба", "Кактус" и "Крот". Требовалось дать ответ на главный вопрос: можно ли вообще защитить головные части межконтинентальных баллистических ракет от противоракет противника?

Занимаясь темой "Верба", начальник одной из лабораторий НИИ-108 Павел Погорелко разработал надувные и дипольные отражатели. Надувные отражатели представляли собой пакеты из тонкой пленки, на которую наносился тончайший слой металла. На земле пакеты складывались в коробочки. Сотни таких пакетов размещались в головной части ракеты. В космосе пакеты раскрывались, принимали различные формы, в том числе, форму боеголовки и, разлетевшись на десятки километров в разные стороны, заслоняли собой от радаров противника основную цель.

Эту же роль играли дипольные отражатели - небольшие куски проволоки, также предварительно укладывавшиеся в головную часть ракеты. В нужный момент, в космосе, до полумиллиона диполей разбрасывались вокруг боеголовки, образуя сплошное металлическое облако. Надувные и дипольные отражатели "прикрывали" боеголовку от излучения радиолокаторов на внеатмосферном участке траектории и в верхних слоях атмосферы.

Тему "Кактус" разрабатывал начальник сектора института Виктор Школьников (после него работу продолжил Алексей Данилов). Школьников и Данилов предложили использовать для защиты радиопоглощающие материалы. На боеголовку ракеты конструкторы надели "чехол", обладающий поглощающими свойствами. Энергию радиоволн радара этот чехол превращал в тепловую энергию, делая боеголовку почти невидимой. Эффективная поверхность рассеивания снижалась в десять и более раз.

В рамках темы "Крот" руководитель работ Виталий Герасименко и технический руководитель проекта Юрий Спиридонов создали миниатюрный космический аппарат - станцию активных помех. На земле ракета комплектовалась станцией активных шумовых помех. В космосе станция отделялась от ракеты и летела в отдалении от боевого блока, создавая помехи и подавляя радары противоракетной обороны противника.

Испытания проходили в 1962 и 1963 годах. Сначала на стендах, затем на полигоне были произведены пуски головных частей, оснащенных средствами защиты. В конце шестьдесят третьего года в комплексной научно-исследовательской работе "Купол", научным руководителем которой был Николай Алексеев, были обобщены результаты летных испытаний по темам "Верба", "Кактус", "Крот", а также проведены системные исследования, позволившие впервые сделать вывод о принципиальной возможности защиты ракет с помощью средств радиоэлектронного подавления.

С 1965 по 1988 год это направление в институте вел главный конструктор комплексов, лауреат Государственной премии СССР Виталий Герасименко. В 1988 году главным конструктором комплексов средств преодоления ПРО был назначен заместитель генерального конструктора института Юрий Спиридонов. Заместителем главного конструктора и научным руководителем работ с 1963 года является Николай Пономарев.

Коллективом НИИ-108 под руководством директора института Юрия Мажорова и руководителя работ Виталия Герасименко совместно с КБ "Южное", НПО машиностроения и Московским институтом теплотехники были разработаны комплексы средств преодоления ПРО "Лист", "Пальма", "Береза", "Каштан", "Магнолия", "Лавр", "Вяз", "Кипарис" и другие. Сотрудниками института Юрием Банниковым, Игорем Легким и Геннадием Бородиным были разработаны так называемые тяжелые ложные цели (ТЛЦ). В отличие от легких ложных целей, они не сгорали при входе в плотные слои атмосферы, а выдерживая высокую температуру, "прикрывали" боевые блоки почти до самой земли.

Как уже говорилось, разработку "Листа" для Р-36 вело руководимое Янгелем ОКБ-586 в Днепропетровске. НИИ-108, возглавляемый Петром Плешаковым (после перехода Плешакова в министерство радиопромышленности институт возглавил Николай Емохонов) также принимал участие в работе. В институте темой непосредственно занимался Николай Пономарев. Серийное производство "Листа" было развернуто на Южном машиностроительном заводе.

Серийное производство ракеты Р-36 развернуто в декабре 1965 года на Южном машиностроительном заводе под руководством директора завода Александра Макарова. Летно-конструкторские испытания ракеты были завершены в мае 1966 года. 7 ноября 1967 года ракета была показана на параде в Москве.

Для строительства ШПУ ОС МБР Р-36 было выбрано шесть новых позиционных районов. По данным РВСН, 5 ноября 1966 года неподалеку от города Ужур Красноярского края первые ракетные комплексы Р-36 поставлены на боевое дежурство. 21 июля 1967 года новый боевой ракетный комплекс был принят на вооружение в ШПУ одиночного старта.

В 1978 году Р-36 снята с вооружения.

В 1967 году под руководством Михаила Янгеля на основе МБР Р-36 была разработана двухступенчатая космическая ракета-носитель "Циклон-2А" 11К67. С 1967 года по 1969 год было произведено восемь пусков этой ракеты. Созданы также космические ракеты-носители "Циклон-2" 11К69 и "Циклон-3" 11К68.

Р-36. 8К67 [SS-9. Scarp]

P-36 - двухступенчатая межконтинентальная баллистическая ракета для ШПУ ОС. Разработана в КБ "Южное" под руководством Михаила Янгеля. Проектирование начато 16 апреля 1962 года Первый пуск с наземного старта на полигоне Байконур проведен 28 сентября 1963 года (аварийный пуск). Первый успешный испытательный пуск с наземного старта состоялся 3 декабря 1963 года. Первый пуск из групповой ШПУ проведен 14 января 1965 года. Первый пуск из ШПУ ОС - 27 апреля 1965 года. Испытания завершены в мае 1966 года. Комплекс поставлен на боевое дежурство 5 ноября 1966 года. Комплекс принят на вооружение 21 июля 1967 года. Первая ступень оснащена маршевым двигателем РД-251 (8Д723), состоящим из трех двухкамерных модулей РД-250, а также рулевым двигателем РД-68М с четырьмя поворотными камерами сгорания. Вторая ступень оснащена двухкамерным маршевым двигателем РД-252 и четырехкамерным рулевым ЖРД РД-69М. Маршевые двигатели разработаны в КБ Энергомаш под руководством Валентина Глушко. Компоненты топлива - НДМГ и азотный тетраоксид (AT). ШПУ ОС разработана в ЦКБ-34 под руководством Евгения Рудяка. Способ старта - газодинамический. Наземный стартовый комплекс создан в КБТМ под руководством Владимира Петрова и Всеволода Соловьева. Стационарный установщик разработан в ЦКБ тяжелого машиностроения под руководством Николая Кривошеина. Система заправки спроектирована в КБТХМ. Система прицеливания разработана под руководством главного конструктора Киевского завода "Арсенал" Сергея Парнякова. Автономная СУ спроектирована НИИ-692 под руководством Владимира Сергеева. Гироскопические командные приборы созданы в НИИ-944 под руководством Виктора Кузнецова. Комплекс бортового электрооборудования разработан под руководством Николая Лидоренко. Комплекс средств преодоления ПРО разработан в КБ "Южное" и в НИИ-108 под руководством Николая Пономарева. Ракета имеет моноблочную ядерную отделяемую в полете головную часть.

Серийное производство ракет и двигателей развернуто на Государственном союзном заводе № 586 в Днепропетровске в декабре 1965 года.