Испытатели и строевые летчики не раз попадали в режим раскачки на малых скоростях, усугублявшийся слабой управляемостью по крену (рули в поперечном канале становились нейтральными). Дефект стал причиной ряда летных происшествий, включая катастрофы. МиГ-23 В.Е. Меницкого, при взлете с полной нагрузкой, вслед за движением ручки сразу после отрыва от земли потянуло в такой крен, что от коснувшейся бетона законцовки крыла полетели искры. И все же "на пределе" летчику удалось преодолеть раскачку и уйти в набор высоты. По опыту эксплуатации первых МиГ-23 новые модификации рекомендовалось оснастить отклоняемыми носками крыла, улучшавшими срывные характеристики.

Новое крыло III редакции получило четырехсекционные носки, занимавшие по длине 2/3 передней кромки консоли. Носки крепились к крылу шомпольными соединениями и отклонялись гидроцилиндрами на 20° синхронно с закрылками. Крыло с отклоняемым носком МиГ-23Б получил даже раньше истребителя, где оно было внедрено на МиГ-23М (более тяжелой машине с возросшей нагрузкой на крыло они были необходимы в первую очередь). Установка носков положительно сказалась не только на устойчивости и управляемости самолета на малых скоростях, но и позволила сохранить приемлемые взлетно-посадочные характеристики.

Взлетные и посадочные скорости МиГ-23Б с крылом III редакции были на 20-30 км/ч ниже, чем у вдвое более легкого МиГ-21бис, самолет был проще в управлении на этих режимах, позволяя круче планировать по глиссаде. Соответственно меньшими были разбег и пробег: при полной заправке и загрузке в тонну бомб для разбега хватало 700-750 м, для пробега - 800 м.

Самолет получил оговоренное заданием бронирование кабины летчика (на первых машинах оно не устанавливалось). Испытывались различные варианты бронезащиты, включая сталь, титан, высокопрочные алюминиевые сплавы и их комбинации, сочетавшие слои различных материалов. В конечном счете выбрали сталь, технологичную и обеспечивавшую достаточную защиту от пуль стрелкового оружия и осколков. Чтобы не менять сложившуюся компоновку и конструкцию "двадцать третьего", бронеплиты вынесли наружу, "сбив" фаски по краям, придав им тем самым обтекаемую форму. Девятимиллиметровые накладные бронелисты крепились на болтах с потайной головкой и имели пластиковый подбой, слой которого защищал кабину от вторичных осколков, откалывавшихся с тыльной стороны брони. Роль локальной защиты силовой установки выполняли толстостенные литые крышки люков, на которых крепились хвостовые держатели вооружения.

Оборудование дополнила станция СПС-141, приемные антенны которой разместили в каплевидных обтекателях в нижней части фюзеляжа, прозванных "ушами", а передающая антенна находилась под пластиковым "носком" над окном лазерного дальномера. Из-за проблем с доводкой "Барьера" в комплектацию МиГ-23Б при предъявлении на испытания он не входил, однако оставался в числе оговоренной для самолета аппаратуры; объемная радиопрозрачная панель под его антенну имелась на всех самолетах. В ходе испытаний датчик углов атаки ДУА-3М, смонтированный в самом носу с целью вынесения из возмущенной зоны, перенесли на крышку люка под козырьком кабины.

На втором этапе к Государственным испытаниям подсоединился НИИ ВВС, летчики которого с одобрением приняли МиГ-23Б. Если первые истребители МиГ-23 вызывали массу нареканий и претензий, то ударный МиГ получил в целом положительную оценку. Отмечалось, что возможности КИГ позволяют выполнять взлет и посадку на меньших скоростях и углах атаки, чем у других машин, что упрощает освоение самолета летчиками - взлетно-посадочные режимы напоминают ту технику, к которой они привыкли во время обучения в училищах на тренировочных машинах. В числе достоинств назывались и продуманность бортового оборудования, облегчавшего работу летчика, высокая степень автоматизированности, весьма эффективным оценивался прицел АСП-17С. При атаке наземной цели подвижная прицельная марка автоматически отклонялась на вычисленные углы упреждения в продольном и боковом направлении, отрабатывая текущие параметры полета и указывая точку на земле, куда в данный момент упали бы бомбы или пришлась пушечная очередь или залп НАР. Точность атаки позволял повысить отличный обзор, дававший запас времени на прицеливание и устранение ошибок (у Су-17 объемистая носовая часть быстро накрывала цель, и на прицеливание оставались секунды). Вместе с тем, отмечалось, что самолет в пилотировании несколько сложнее Су-17, который прощал летчику многие ошибки и самостоятельно выходил из ряда опасных режимов.

Ударный МиГ легко разгонялся, выходя на сверхзвук, на высоте достигал скорости 1800 км/ч. У земли МиГ-23Б мог выполнять сверхзвуковой полет со скоростью до 1350 км/ч (это значение являлось предельным по скоростному напору и нагрузкам). С трехтонной бомбовой нагрузкой самолет мог выполнять полет на предельно малых высотах со скоростью до 1000 км/ч. Перегоночная дальность полета с тремя ПТБ-800 на наивыгоднейшей десятикилометровой высоте на режиме минимального расхода топлива составляла 2110 км. При определении дальности полета на малой "боевой" высоте А.В. Федотов на МиГ-23Б только с заправкой внутренних баков преодолел маршрут Жуковский - Ахтубинск на высоте 600 м, пройдя более 1000 км. Практический радиус действия МиГ-23Б с тремя ПТБ-800 и тонной бомб (две ФАБ-500М-62) на двухсотметровой высоте составлял 610 км, с трехтонной бомбовой нагрузкой (шесть ФАБ-500М-62) - 400 км.

К числу особенностей МиГ-23Б (как и других "двадцать третьих") относились специфические штопорные качества. Самолет с выходом на большие углы атаки легко сваливался и переходил во вращение, причем диапазон возможных видов штопора у МиГ-23 оказался очень широким - от простого и неустойчивого до плоского и перевернутого штопора. Обычно испытания на большие углы атаки и штопор выполняли испытатели ЛИИ, но на МиГ-23, по настоянию ведущего летчика А.В. Федотова, весь комплекс этих полетов проводили летчики ОКБ. По выражению участвовавшего в штопорных испытаниях В.Е. Меницкого, МиГ-23 в штопоре "крутился, как на блюдце", причем вывод был достаточно сложен, и самолет легко переходил из обычного штопора в перевернутый или сваливался в другую сторону. Для таких полетов МиГ-23Б оборудовался противоштопорными ракетами, позволявшими созданием обратного момента остановить вращение, но эти особенности сводили эффективность ракет к минимуму - прекратив под их воздействием штопорить, самолет тут же под тягой ракет переваливался во вращение в обратную сторону. Сваливание МиГ-23Б происходило при выходе на углы атаки 28-30°, однако, по соображениям безопасности в эксплуатации предельно допустимые углы были назначены существенно меньшими: при стреловидности крыла 72° предельный угол атаки не должен был превышать 23°, при крыле в положении 45° - не более 20° и при стреловидности 16° - не более 12°.