Указанные обстоятельства с началом войны не замедлили негативно сказаться на эффективности боевых действий авиации.

Собственно говоря, насколько несовершенной была оргструктура ВВС КА в начальный период войны, ровно настолько неэффективными оказались система управления силами авиации и авиационная поддержка наземных войск.

Действительно, переход авиационных штабов с одних штатов на другие проходил именно в первые месяцы войны. Принимаемые в спешке изменения в расстановке людей в штабах, ликвидация целых звеньев в цепи управления и создание новых мешали слаженности в работе органов управления, не давали возможность накопить опыт. Поэтому работа большинства авиационных штабов характеризовалась низкой оперативностью и плохим знанием обстановки генералами и офицерами. Тогда как именно от степени "организованности работы в штабах" зависело качество планирования и организация боевых действий.

Отсутствие у большинства офицерского состава штабов навыков работы с информацией, умения классифицировать информацию и боевые задачи на важные и второстепенные, сообразуясь с текущей наземной и воздушной обстановкой, приводило к тому, что соединениям и частям ставились не только нереальные боевые задачи, но и совершенно не те задачи, решение которых требовалось боевой обстановкой.

Поскольку подготовка боевых документов велась, как правило, в условиях острого дефицита времени и высокой степени неопределенности в отношении действий противника, то планирование боевых действий осуществлялось в спешке, на короткий срок и носило весьма общий характер. Реальные боевые возможности подчиненных частей и соединений учитывались штабами далеко не всегда. Зачастую штабы ставили подчиненным частям по несколько боевых задач одновременно без всякого расчета, наперед зная, что они полностью выполнены не будут. При этом времени на подготовку выделялось совершенно недостаточно, в результате подготовка экипажей к выполнению боевых задач оставляла желать лучшего. Вопросам организации управления и взаимодействия в боевых документах должного внимания не уделялось.

Ряд командиров соединений со своими штабами и даже командующие ВВС фронтов вместо управления подчиненными частями пытались управлять действиями отдельных групп самолетов и экипажей, полностью устраняя командиров полков от непосредственного управления своими починенными, лишая их инициативы и одновременно с этим снимая с них всякую ответственность за организацию боевых действий.

Положение усугублялось крайне неудовлетворительным состоянием системы связи штабов с подчиненными частями и соединениями и вышестоящими штабами.

Дело в том, что пункты управления авиационных объединений (командный пункт ВВС фронтов, тыловой пункт управления ВВС) в условиях оборонительных боев создавались (в соответствии с довоенными взглядами) в 70-80 км от линии фронта, КП авиационных соединений и КП ВВС армий создавались, либо в районах базирования, либо рядом с армейскими пунктами управления. Все они соединялись главным образом линиями проводной связи, легко уязвимыми от ударов с воздуха, действий диверсантов и т.д. В тоже время стоявшие на вооружении радиосвязные средства, дефицит которых с началом боевых действий углубился еще более, были далеки от совершенства и постоянно отказывали, да и, что греха таить, не все командиры могли организовать их правильное использование, как в своих штабах, так и в подчиненных частях.

Существовавшие в мирное время роты связи авиадивизий незадолго до войны были расформированы и вместо них стали создаваться роты связи авиационных баз, но последние, так и не успев организовать свою работу, были быстро ликвидированы. Имевшиеся же к началу войны роты связи при батальонах аэродромного обслуживания могли обеспечить связь только внутри полков, а, будучи разбитыми и растерявшими имущество связи в первые дни войны, были не в состоянии обеспечить даже полки внутренней связью, не говоря уже о каком-либо выделении средств связи в распоряжение штаба дивизии.

То есть, с началом войны в ВВС КА не оказалось штатной единицы связи, которая могла бы обеспечить штабу авиадивизии оперативное управление подчиненными частями.

Так, в докладе начальника штаба ВВС Западного фронта полковника С.А. Худякова от 27.07.41 г. отмечалось, что с имеющимся в наличие имуществом в ротах связи обеспечить связью авиационные части и соединения совершенно невозможно: "...Резервов средств связи нет и маневрировать нечем". Командующий ВВС Резервного фронта генерал-майор авиации Е.М. Николаенко, докладывая командующему фронтом Г.К. Жукову (рапорт от 05.08.41 г.) о вступлении в должность, указывал, что: "До сего времени армии и роты связи авиадивизий не имеют штатного обеспечения положенного имущества связи. 24 армия совершенно не имеет роты связи. 12-я авиадивизия: 4 полка этой дивизии обеспечиваются одной ротой связи, укомплектованной имуществом на 15-20%. Такое же положение и в 38-й дивизии. Перегруженность узла связи фронта приводит к тому, что организовать непрерывное управление подчиненными штабами ВВС фронта и авиадивизий возможности нет..."

Практически полное отсутствие радиосвязи с наземными частями вынуждало группы штурмовиков из-за боязни ударить по своим войскам в условиях быстроменяющейся наземной обстановки наносить бомбоштурмовые удары по противнику не на линии боевого соприкосновения, где это было особенно необходимо, а за ней - на удалении 5-6 км по второстепенным целям.

В тех случаях, когда авиационные штабы заблаговременно получали распоряжения и планы боевых действий от общевойскового командования, то в большинстве случаев задачи авиации определялись в них совершенно неконкретно или в самом общем виде: "прочесать лес", "проштурмовать дорогу", "всеми штурмовиками вылетать и бить врага в районе..." и т.п. Что объяснялось слабым знанием и пониманием большей частью общевойсковых командиров боевых возможностей авиации и решаемых ею задач.

Посылаемые же от авиационных частей и соединений в штабы стрелковых дивизий делегаты связи (пилоты и штурманы, оставшиеся без машин), не имея связи со своими КП, могли оказать общевойсковому командованию лишь помощь в обозначении линии фронта и в грамотном составлении заявок на применение авиации. Но, так как продолжительность прохождения заявки по инстанциям до авиачастей была порядка 8-12 часов, то о тесном взаимодействии авиации и пехоты говорить не приходится - заявки выполнялись тогда, когда нужды в авиационном ударе уже не было.

Даже, когда удары штурмовиков наносились в нужном месте и своевременно, общевойсковые командиры далеко не всегда в полном объеме могли воспользоваться результатами удара авиации вследствие несогласованности в действиях: переход в атаку наземных частей затягивался после удара штурмовиков на час и более, давая противнику возможность прийти в себя и т.д.

К сожалению, понимание практической важности совместного планирования боевых действий наземных и авиационных частей и соединений пришло к советским командирам только через год войны. Первые упоминания в архивных документах об участии авиационных представителей в планировании боевых действий наземных соединений отмечается с осени 1942 г.

В авиационных штабах отсутствовали навыки и понимание необходимости повседневного обеспечения скрытого управления авиачастями и соединениями. В авиаполках зачастую даже не было таблиц позывных летного состава, имелся большой некомплект шифровальщиков.

В связи с отсутствием регламентирующих документов по скрытому управлению довольно часто имели место случаи постановки боевых задач по радио открытым текстом.

Так, 3 июля 1941 г. была передана незашифрованная радиограмма следующего содержания: "Всем соединениям ВВС Западного фронта немедленно всеми силами эшелонированными группами уничтожить танки и переправы в районе Бобруйск, Павлов, Тагорский". (Видимо, Таюрский? прим. ВВС)