D-3801 с французскими опознавательными знаками из музея de l'Air в Ле Бурже

К началу второй мировой войны на вооружении французских ВВС находилось 573 истребителя M.S.406C-1, основная часть которых была сосредоточена в двенадцати авиагруппах, остальные — в учебных центрах и резерве. Начальный период войны характеризовался полной пассивностью сухопутных сил на фронте в Эльзасе и Лотарингии, однако в воздухе боевые действия велись достаточно активно. "Мораны", составлявшие 55% воевавших здесь французских истребителей (135 из 255), сопровождали разведчиков, штурмовали германские аэродромы, вели воздушные бои. Первая победа на M.S.406C-1 была одержана в начале сентября, а 21 сентября на базу не вернулся "моран" сержанта Баэза из авиагруппы GC 1/3, ставший первой потерянной машиной такого типа. Сбил его капитан 53-й истребительной эскадры люфтваффе Вернер Мельдерс (1). Всего в ходе "странной войны" пилоты "моранов" вывели из строя около 80 германских самолетов, потеряв четырнадцать своих машин, еще четыре оказались серьезно повреждены.

10 мая 1940 г. германские войска начали широкомасштабное наступление на Западном фронте. На этот момент французские ВВС имели 19 оснащенных "моранами" авиагрупп. Из них 14 находились в Европе, 4 базировались в Северной Африке и одна — в Ливане (2). Из размещенных в Европе авиагрупп четыре перевооружались на более современные истребители. Помимо этого, для защиты отдельных промышленных объектов были организованы так называемые "легкие оборонительные эскадрильи", насчитывающие от трех до семи самолетов различных типов (с легкой руки французских пилотов названные "звеньями для защиты заводских труб"). Ряд этих эскадрилий имел на вооружении M.S.406C-1, а одна даже несколько M.S.405.

Первые воздушные бои в полной мере показали слабые стороны M.S.406C-1. По сравнению с немецким Bf-109E — гораздо меньшая (на 50—80 км/ч) максимальная скорость, худшая скороподъемность, менее эффективное вооружение и прицел. Превосходство "морана" в горизонтальном маневре не могло компенсировать эти недостатки. И все же французские летчики, отчаянно сражаясь на своих "четыреста шестых", добивались порой блестящих результатов. Так, 13 мая шесть "моранов" из GC II/2 под командованием майора Бертруиза в течение 20 секунд сбили шесть Bf-110. 8 июня девять "моранов" из GC 1/2 сбили без потерь одиннадцать самолетов противника. В тот же день капитан Биллям, пилот этой же авиагруппы. в бою с "мессершмиттами" за 15 секунд сбил три вражеские машины. Последнюю победу во французской кампании также одержал пилот "морана" из GC 1/2, сбив 24 июня корректировщик Hs-126. В боях на Сомме и Сене "мораны" из GC 1/7 использовались в качестве штурмовиков. Из-за плотного зенитного огня группа потеряла двенадцать самолетов и семь пилотов.

Вместе с французами в воздушных боях на Западе приняли участие польские и чехословацкие летчики. Потерпев поражение, Польша в значительной мере сумела сохранить летный персонал, эвакуировав его через территорию Румынии во Францию. В составе французских ВВС польские пилоты смогли сесть в кабины специально предназначенных для них "моранов" (3), из которых сформировали группу "Монпелье", а также одну боевую и одну учебную эскадрильи. Всего примерно на 150 M.S.406C-1 летало около 110 польских летчиков. В боях за Францию они сбили 38 вражеских самолетов, потеряв пять своих. Правда, по ошибке был сбит один французский самолет — палубный бомбардировщик Vought V-156F. Самым результативным летчиком стал капрал 6-го звена группы "Монпелье" Е. Новакевич, за которым числится 3 и 5/6 сбитых и 1/2 поврежденных самолетов противника (4).

Чехословацкие летчики прорвались во Францию после мюнхенских событий и также вошли в состав различных частей ее ВВС. Как минимум 91 из них летал на "моранах", и 7, увы, погибло. Они одержали не менее 24 побед в воздухе и уничтожили три танка противника (5).

Всего в мае-июне 1940 г. "мораны" французских ВВС одержали 189 подтвержденных и 91 предположительную победу (6). Наиболее результативными частями стали: GC 1/2 — 24 и 7 побед соответственно, GC III/1 — 30 и 4, GC  III/3 — 25 и 8. Лучшие асы: капитан Биллям (GC 1/2) — 8 подтвержденных и 1 предположительная победа, сержант Ля Нижен — 8 подтвержденных и адьютант Ганьяр — 7 подтвержденных и 2 предположительных (оба GC 1II/1). В воздухе было потеряно 150 "моранов" и 75 летчиков (7). Кроме того, 300 "четыреста шестых" погибло на аэродромах под бомбами, в летных происшествиях, либо было брошено при отступлении. На момент капитуляции Франции (25 июня 1940 г.) в строю оставалось 203 истребителя М5.406С-1. Они входили в состав семи авиагрупп: трех во Франции (GC 1/2, GC II/6 и GC  III/1), трех в Северной Африке (GC 1/9, GC I/10 и GC III/5) и одной в Ливане (GC 1/7). Остальные части, поначалу оснащенные "моранами", в ходе боев получили другие типы истребителей.

После капитуляции Франции коллаборационистское правительство в Виши сняло M.S.406C-1 с вооружения почти всех частей, кроме GC 1/7. Самолеты были направлены в авиашколы и на Мадагаскар, где в январе 1941 г. из них сформировали эскадрилью ЕС 2/565 (27 машин).