В странах Восточной Европы контроль со стороны наблюдателей НАТО позволял им отслеживать всякое перемещение техники, состав сил и нахождение каждой машины, учитывая даже их номера. Процесс распада блока социалистических стран завершился роспуском их военной организации (Варшавского Договора) 31 марта 1991 года. Еще до официального подписания документов началась подготовка к выводу войск.

В июне 1990 года Венгрию покинул 88-й апиб. Посетивший полк Министр Обороны Д.Т. Язов объявил, что заслуженную часть и самолеты, которым грозит уничтожение по Договору, решили спасти, прибегнув к маневру: из ВВС полк передавался в морскую авиацию, под ограничения не подпадавшую, для чего он перебазировался на Кольский полуостров, на аэродром Оленья. Попутно этим достигалось усиление фланговой группировки на Севере, армейская часть которой также подлежала ограничению. В АВМФ полк на МиГ-27 оказался единственным, получив, в порядке исключения, наименование отдельный морской апиб (омапиб). Все остальные части этого рода морской авиации летали на Су-17 и Су-24 и, как устоялось с войны, именовались морскими штурмовыми авиаполками (мшап). Су-17 разных модификаций были оснащены отдельные полки авиации Тихоокеанского, Северного и Балтийского флота.

В 88-м полку тогда насчитывались 31 боевой МиГ-27Д и 9 "спарок". Прибыв на новое место, они оказались на совершенно неподготовленном аэродроме. В Оленьей базировались ракетоносцы Ту-22М3 Северного флота, и для гостей не нашлось ни свободных стоянок, ни средств обслуживания. Первый год службы самолеты полка провели на краю аэродромной рулежки, потом своими силами стали обустраивать стоянки и строить помещения.

1-й гв.апиб убыл из Кунмадораша в СССР в апреле 1991 года. К выводу в нем насчитывались 32 МиГ-27Д и 8 МиГ-23УБ. Расформировывая часть, ее номер и гвардейский титул сохранили, присвоив 707-му инструкторскому авиаполку 1080-го центра в Лебяжьем, который стал именоваться 1-м гв. иапиб и имел МиГ-27 в двух эскадрильях.

Приметы перестройки: корреспондент местных новостей расспрашивает летчика МиГ-27 о его чувствах перед полетом	Еще одна примета перестройки

В Европе особому контролю подвергалась наиболее мощная группировка ЗГВ, тем более что дело полным ходом шло к объединению Германии. В соответствии с межправительственным договором, уже в 1991 году предстояло сократить численный состав и количество техники ЗГВ на четверть, в 1992 и 1993 годах вывести еще по 30% и полностью завершить вывод войск к 31 декабря 1994 года. Однако события понеслись вскачь: с распадом СССР само понятие "Группа Советских войск" утратило смысл, и принадлежность армий оставалась неясной даже самим военным, которым приходилось довольствоваться зыбкой подчиненностью Совету СНГ. Вопрос решился Указом президента РФ от 4 марта 1992 года о переходе под юрисдикцию России прежних советских воинских контингентов за рубежом. Соответственно изменились и маршруты вывода войск - конечными пунктами большинства частей авиагруппировки 16-й ВА стали российские аэродромы. Уже к 24 июня 1991 года с территории Германии в Советский Союз вывезли все запасы ядерных боеприпасов, придав ЗГВ безъядерный статус.

МиГ-27, составлявшие основу ударных сил 16-й ВА, выводились из Германии последними. Боевая учеба в ЗГВ продолжалась, хотя и со значительно меньшей интенсивностью - полигоны и базы по плану передавались германской стороне, к тому же начинал ощущаться недостаток топлива и прочего снабжения, в первую очередь шедшего на обеспечение вывода войск. Чтобы не "беспокоить" местное население, плановые ночные полеты были практически свернуты, а на полигоны "бросали" только практические бомбы П-50-75 и П-50Ш. Последний в 16-й ВА МиГ-27 был потерян 6 мая 1991 года, когда самолет 19-го апиб при выполнении как раз одного из редких ночных полетов разбился у г. Ротгентин. Летчику пришлось катапультироваться.

911-й апиб, прибывший в ЗГВ позже других, ушел первым: сокращая зону пребывания советских войск, 22 июня 1992 года полк перебазировался из Бранда в Финстервальде, а оттуда через две недели, 6 июля 1992 года, все его самолеты (27 МиГ-27 и 8 МиГ-23УБ) вылетели домой, в Лиду. Со второй волной вывода, 22 марта 1993 года, из Гроссенхайна отправились на восток 28  МиГ-27 и 8 МиГ-23УБ 296-го апиб. Все самолеты были сданы на базу хранения Чибеньки под Оренбургом. В тот же день 559-й апиб, насчитывавший столько же машин, вылетел, держа курс на аэродром Морозовск на Кубани. Последними через день вывели в Россию 30 МиГ-27 и 7 МиГ-23УБ 19-го гв. апиб.