Между тем, известный процесс продолжался. Ровно через год 12 самолетов Су-17М3Р были переданы в 381-й ОРАП 73-й воздушной армии на аэродром Чимкент, три МиГ-25РБ и два МиГ-25РУ — в 39-й ОРАП 73-й воздушной армии на аэродром Балхаш. С другой стороны, из 827-го ОРАП 5-й воздушной армии (аэродром Лиманское) было получено десять самолетов Су-17М4Р.

С августа 1991 г. по ноябрь 1993 г. 1046 ЦПЛС РА находился в составе частей центрального подчинения.

3 ноября 1992 г. 1046-му Центру была поставлена задача: отправить в зону чрезвычайного положения Осетино-Ингушского конфликта оперативную группу в составе четырех экипажей на самолетах Су-24MP и необходимых специалистов для обеспечения выполнения ими задач по воздушной разведке. С 6 ноября по 2 декабря 1992 г. летные экипажи группы выполнили 33 вылета с оперативного аэродрома Моздок. В процессе вылетов на разведку в район населенных пунктов Владикавказ, Грозный, Беспан, Малгобек, Балта, Джайрах, Краснооктябрьское, Мужичи, Верхний Апхун отслеживалась методом воздушного фотографирования и визуального наблюдения обстановка в районах Осетино-Ингушского конфликта.

1 ноября 1993 г. 1046-й гв. ЦПЛС РА на основании директивы ГШ ВВС снова преобразован в 47-й ОГРАП трехэскадрильного состава, имея на вооружении 1-й эскадрильи самолеты Су-24МР, а 2-й и 3-й эскадрилий — самолеты МиГ-25РБ. Полк вошел в состав 16-й воздушной армии Московского военного округа. Разведчики Су-17М4Р были сняты с вооружения под флагом недостаточной безопасности полетов на однодвигательных самолетах, хотя отношение к Су-17-м, как в ударном, так и в разведывательном вариантах, до сих пор у тех, кто на них летал, самое теплое.

Начиная с марта 1994 г. экипажи полка выполняли специальные и боевые задания в районах региональных конфликтов на территории России и стран СНГ. С 12 по 28 марта 1994 г. два экипажа Су-24МР выполнили семь вылетов на воздушную разведку в интересах командования коллективных миротворческих сил в Республике Таджикистан. С 20 по 24 сентября, и с 8 по 14 октября на МиГ-25РБ с аэродрома Моздок было выполнено 14 вылетов на воздушную разведку Чечни, а также по границе России и Грузии. С 1 по 26 декабря с аэродрома Моздок на МиГ-25РБ было выполнено восемь вылетов на воздушную разведку над районами Чечни.

С 3 по 25 декабря с аэродрома Моздок над Чечней работали четыре экипажа Су-24МР. В интересах вышестоящих штабов напечатано 6000 фотоснимков, изготовлено 45 фотосхем. В этих полетах самолеты постоянно подвергались огневому воздействию со стороны незаконных вооруженных формирований. Некоторые экипажи имели в своих самолетах пробоины от стрелкового оружия.

С 16 по 30 марта 1995 г. пара самолетов Су-24МР выполнили с аэродрома Какайды (Узбекистан) 18 полетов на воздушную разведку в интересах командования миротворческих сил в Таджикистане.

Экипажи Су-24МР в период с 22 марта по 10 апреля 1995 г. вновь выполнили восемь вылетов на воздушную разведку и контроль результатов ударов авиации над территорией Чеченской Республики, а затем с 12 мая по 31 октября 1995 г. летчики полка на трех самолетах МиГ-25РБ совершили еще 88 вылетов на воздушную разведку. Часть офицеров и прапорщиков этой группы награждена орденами и медалями.

В 1996 г., несмотря на сложности с поставками топлива, полк поддерживал в боеготовом состоянии экипажи основного боевого расчета, за год проведено 2 ЛТУ эскадрилий и одного ЛТУ полка, при этом ЛТУ 1-й эскадрильи в сентябре проходило с перебазированием на оперативный аэродром Бутурлиновка. С 26 августа по 1 сентября проводилось ЛТУ полка с перебазированием шести самолетов МиГ-25РБ и восьми самолетов Су-24МР на оперативный аэродром и выполнение задач по ведению воздушной разведки на новом оперативном направлении. Кроме того в течение года выполнено 27 полетов на обеспечение КШУ и КШТ вышестоящих штабов. Летчики, летающие на МиГ-25, выполняли задачи по перегонке самолетов МиГ-25 из Липецка в Мончегорск.

С 15 марта 1998 г. в связи с расформированием 16-й ВА полк введен в состав 105-й САД и с этого момента перестал именоваться отдельным. 1 мая 1998 г. в связи с проводимыми в ВС РФ ОШМ (организационно-штатными мероприятиями, а попросту — сокращением) полк переформирован вместе с 871-м ИАП (г. Смоленск) и получил наименование 47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский Дважды Краснознаменный ордена Суворова авиационный полк с передачей Боевого Знамени, почетного наименования, орденов и других наград (два Вымпела МО СССР), а также исторического формуляра 871-го ИАП.

871-й истребительный авиационный полк был сформирован в январе 1940 г. как 149-й иап в г. Пушкин Ленинградской области. Полк принимал участие в советско-финской войне. Весной 1941 г. одним из первых в ВВС был перевооружен истребителями МиГ-3. В Великой Отечественной войне полк принимал участие с первого до последнего дня. На вооружении в тот период состояли истребители МиГ-3, ЛаГГ-3, Як-9. В послевоенный период на вооружении полка состояли истребители Як-9 и реактивные МиГ-15, МиГ-19, МиГ-21, МиГ-23, МиГ-29 и Су-27.

С 1 августа 1998 г. в связи с ОШМ в полку расформирована 3-я АЭ на самолетах МиГ-25РБ.

С 5 сентября 1999 г. по 28 февраля 2000 г. оперативная группа полка тремя самолетами МиГ-25РБ принимала участие в составе Оперативной группировки войск на Северном Кавказе в контртеррористической операции на территории ЧР. За это время в группе произошло пять смен личного состава. В работе группы в общей сложности принимали участие около 80 человек. За этот период летчики выполнили 108 боевых вылетов на воздушную разведку. Все летчики группы награждены боевыми орденами, а многие из специалистов ИАС и АФС — медалями. А всего с 1992 по 2000 гг. в различных горячих точках СНГ экипажами полка выполнено 302 боевых вылета.

Заход на посадку. Аэродром Шаталово