Тяжелые потери понес парк учебно-тренировочных самолетов: были уничтожены все 26 реактивных УТС G-2 «Галеб» из 172-й авиационной бригады, несмотря на то, что они находились в скальных укрытиях аэродрома Глубовчи. В число потерь попали шесть «Супер Галебов» пилотажной группы «Летающие звезды».

В первый день войны все транспортные Ан-26 на малой высоте перелетели в международный аэропорт Белграда, где оставались до окончания конфликта. 26 марта один Ан-26 выполнил рейс из Батайницы в Голубовчи, подробности полета не известны до сих пор, но весь экипаж самолета получил высшие награды Югославии. Всего за период операции «Союзническая сила» транспортные самолеты ВВС Югославии выполнили 19 полетов с общим налетом 5 ч 40 мин. Четыре самолета, один Ан-26 (по другим данным — три, два в Нише и один в Батайнице) и три Ан-2 (Ан-2 принадлежали аэроклубу в Лешковаче), были уничтожены авиацией НАТО на аэродромах.

В 1999 г. Запад объявил о фактическом уничтожении югославских ВВС, но «слухи о смерти больного оказались сильно преувеличенными». Зато инфраструктура основных аэродромов базирования действительно пострадала очень серьезно. Резко сократились возможности по ремонту самолетов — авиация НАТО полностью разрушила авиаремонтный завод Мома Станоевич в Батайнице. На этом АРЗ, в частности, выполнялся ремонт самолетов Ан-26. Количество пригодных к полетам самолетов и вертолетов не превышало 25-30% от «бумажной» численности послевоенных ВВС Югославии. Авиация НАТО разрушила отлично оборудованные и многочисленные укрытия и ангары, из-за чего большинство самолетов и вертолетов стояло на открытых стоянках. Белград не исключал возобновления налетов авиации НАТО, поэтому в кратчайший срок были отремонтированы ВПП на авиабазах Батайница и Ладевчи. Летная подготовка возобновилась уже через три месяца после окончания налетов «демократической» авиации. Первые после окончания войны полеты с базы Ладевчи истребители-бомбардировщики «Орао» выполнили 11 мая 2000 г. Менее чем через год ВВС Югославии вновь находились в состоянии боеготовности. В воздушном пространстве узкого коридора, который соединял Сербию с Черногорией периодически стали «демонстрировать флаг» истребители МиГ-29, выполнявшие полеты с подвешенными ракетами Р-27 и Р-60. На авиабазе Голубовчи 2 августа 2000 г. состоялось авиашоу, в котором приняла участие пилотажная группа «Летающие звезды», правда, «звезды» летали на обычных камуфлированных «Галебах». В октябре 2000 г. летчики МиГ-21-х выполнили практические пуски ракет Р-60. Состояние повышенной боеготовности поддерживалось до 5 октября 2000 г., когда Слободана Милошевича отстранили от власти.

Тем не менее эффект от воздушной операции НАТО в долговременной перспективе сказался самым негативным образом. Из-за нехватки запасных частей и невозможности ремонта аэродромы превращались в «железные ряды», в которых самолеты доживали (догнивали) свой век — очень знакомая ситуация... В относительно короткий срок были восстановлены лишь ангары на авиабазах Батайница и Ладевичи, однако их использовали не для стоянки самолетов, а для проведения регламентных и ремонтных работ — по-русски это называется ТЭЧ. Ощущалась острейшая нехватка керосина, потребность в авиационном топливе в 2003 г. была удовлетворена всего на 20% от количества, необходимого для поддержания минимального уровня боеготовности. Весной 2004 г. были прекращены полеты пяти уцелевших после войны самолетов МиГ-29 (четыре боевых, одна спарка). Переговоры о ремонте и продлении ресурса МиГов велись с представителями 121-го АРЗ (Кубинка), но заинтересованные стороны тогда не сошлись в цене. Сдвиг в положительную сторону все-таки наметился. В 2002—2004 гг. прошли ремонт десять истребителей МиГ-21, на двух МиГ-21бис были установлены контейнеры с аэрофотоаппаратами Vinten (такими АФА оснащены разведчики IJ-22); разведчики МиГ-21Р с контейнерами Vinten сняли с вооружения по выработке ресурса планеров. Начались летные испытания легкого ударного самолета G-4M «Супер Галеб». До 1992 г. было построено 85 самолетов G-4 «Галеб» для ВВС Югославии и шесть — для Мьянмы. По Дейтонским соглашениям югославским ВВС разрешалось иметь в своем составе 28 вооруженных самолетов G-4, еще три «Галеба» в конце 1990-х — начале 2000-х гг. использовались в качестве буксировщиков мишеней.

Вертолет OH-58D над сбитым МиГ-29 ВВС Югославии