Авиационно-истребительная 54-ая бригада ПВО, Ленинград. 1939 г.

После последнего боя с японцами 3 августа 1938 года в самолете Благовещенского насчитали 30 пробоин, 11 пуль сплющились о бронеспинку его И-16. Пробитый мотор остановился. Летчик спланировал, но так как шасси не выпустилось, он посадил истребитель на «брюхо».

Через несколько дней поступил приказ о возвращении в Москву. Домой А.С. Благовещенский приехал с высшим китайским боевым орденом, а вскоре, 14 ноября 1938 года, получил звание Героя Советского Союза и Золотую Звезду за № 099.

После Возвращения из Китая Алексей продолжает работать летчиком-испытателем, заканчивает курсы усовершенствования командного состава ВВС при Академии Генерального штаба. В 1939-1940 годах участвует в советско-финской войне, командует 54-ой истребительной авиабригадой, которая защищала Ленинград.

Весть о нападении гитлеровской Германии застала А.С. Благовещенского на Дальнем Востоке, где он был заместителем Командующего ВВС Дальневосточного фронта. В первые дни войны подал рапорт о переводе в действующую армию, но только в октябре 1942 ему разрешили сформировать 2-й истребительный авиакорпус резерва Верховного Главного Командования, а в ноябре корпус уже получил боевое крещение при наступательных Велико-Лужской и Ржевской операциях.

Затем последовали операции на главных направлениях удара: прорыв блокады Ленинграда на Волховском фронте, прикрытия в районе Воронежа в составе Степного фронта, в Курской битве, на Орловском и Брянском направлениях, Минско-Неманского наступления, Сандомирско-Одерского плацдарма с выходом на взятие Берлина.

В составе корпуса прошла свой боевой путь знаменитая эскадрилья «Монгольский Арат», в которой воевали четыре Героя Советского Союза.

Благовещенский — Командир 2-го истребительного корпуса, 1942 г.

Командование корпуса не мешало Благовещенскому всегда первым осваивать новые самолеты и переучивать летный состав. Для перехвата самолетов противника он и командир 1-го авиакорпуса Белецкий начали использовать на своих командных пунктах наземные радиолокационные станции, которые вскоре стали неотъемлемым элементом КП всех корпусов. Благовещенский относился к тем командирам, которые сами вылетали на выполнение различных боевых задач. Сам он не разлучался со своей личной радиостанцией Р-399. В любое время суток его позывной «Сатурн-2» и приятный голос радистки Иры Угловой знали все летчики, штабы и радисты корпуса. Но перед самым штурмом Берлина трагедия случилась не в воздухе, а на земле. При подготовке аэродрома Алексей Сергеевич и его сопровождающие подорвались на мине и были тяжело ранены. Несмотря на замену командира, корпус продолжал «благовещенскую» традицию при штурме Берлина. К знаменам, водруженным над Рейхстагом, 1 мая в 12 часов 25 минут лучшие летчики из гвардейских полков корпуса опустили два алых полотнища с надписями «Победа». К этому победному полету можно добавить 23585 боевых вылетов, 1100 воздушных боев, 1308 уничтоженных самолетов противника. Воюя в составе корпуса, 30 летчиков получили звание Героя, а успехи корпуса 19 раз отмечались приказами Верховного Главнокомандования.

Необыкновенная воля Благовещенского, его закаленный спортом организм опровергли мрачные заключения врачей. Уже в сентябре 1945 года командир 2-го авиакорпуса получил новое назначение на должность начальника Высшей офицерской школы Воздушного боя в город Люберцы, где за два года помог подготовить более 300 пилотов экстра-класса без единого ЧП.

После перевода школы в Таганрог, служил помощником командующего 7-й Воздушной армии, на которую возлагалась задача охраны южных рубежей государства, руководил оказанием воздушной помощи жителям Ашхабада, пострадавшим во время катастрофического землетрясения 5 октября 1948 г.

Строевая служба, выгодная с точки зрения карьеры военного, Благовещенского не удовлетворяла, и он вновь добивается перевода в научно-испытательный институт в подмосковном Чкаловске, знакомый ему еще с 1937 года. В марте 1952 года он становится во главе организации. Рекордсмен мира, военный штурман-испытатель В.К. Муравьев так описал приход нового начальника: «...Энергично внедрялась новая реактивная техника, а в ГК НИИ ВВС проводились активные испытания вертолетов, военно-транспортных самолетов, амфибий, скоростных боевых машин и многое другое. Началась атака на звуковой барьер, и генерал-лейтенант Благовещенский стал ее непосредственным участником...». Многим запомнились эпизоды испытания мобильной стартовой установки новых истребителей МиГ-19 (СМ-30). Одним из немногих, кому довелось совершать «нулевой» старт, был Алексей Сергеевич.

За освоение уникальных методов испытаний самолетов в 1957 году впервые в институте звание Героя Советского Союза сразу было присвоено восемнадцати летчикам. Восемь испытательных полетов нового лайнера Ту-104 под руководством Алексея Сергеевича помогли в 1955 году успешно пройти государственные испытания и вывести машину на международные трассы.