Спешно проведенные испытания показали, что в руках опытного летчика А6М8 имеет ряд преимуществ даже перед «Хеллкетом». Однако принятое решение о серийном производстве нового самолета не могло быть выполнено из-за разгрома авиазаводов Японии американскими бомбардировщиками В-29. Такая же судьба постигла и преемника А6М -палубный истребитель А7М, который мог бы более-менее конкурировать с «Корсарами» и «Хеллкэтами».
А6М строился в Японии многими фирмами. Мицубиси выпустила 3879 машин, Накадзима - 6570. Строили А6М морской арсенал в Йокосуке, фирма Тачикава и ряд других. 21-й морской арсенал в Сасебо и фирма Хитачи переоборудовали А6М2 в двухместный учебный самолет А6М2-К и выпустили серию в 279 машин. Аналогичную работу провел в августе 1944 года арсенал в Омуре, построивший 7 учебных А6М5-К.
Нехватка поплавковых потребителей с хорошими летными данными привела к созданию A6M2-N, который можно было применять в качестве патрульного самолета и для прикрытия десантных операций на островах Тихого океана. Работу по переоборудованию А6М2 в поплавковый вариант выполнила фирма Накадзима. На ее заводе в Коизуми было построено 327 машин этого типа, получивших у союзников кодовое имя «Руфь». Этот самолет имел увеличенный киль, подфюзеляжный аэродинамический гребень, топливный бак в центральном поплавке. Вооружение его было аналогично А6М2.
Были выпущены единичные экземпляры под неофициальным обозначением A6M5d-C. Они предназначались для перехвата американских В-29, и, поскольку последние имели больший рабочий потолок, то на A6M5d-C за кабиной установили дополнительную 20-мм пушку. Ее ствол выступал с левой части фюзеляжа и был направлен под углом вверх. Уже после войны группа энтузиастов из Австралии обнаружила в море на малой глубине остатки «Зеро», который удалось поднять и восстановить. Самое удивительное заключается в том, что этот двухместный вариант не был серийным образцом, а являл собой переделку, проведенную силами какой-то авиаремонтной части. Скорее всего, это был скоростной курьерский самолет для перевозки высшего командного состава. Сколько было таких «самоделок», остается загадкой и по сей день.
Поплавковый вариант A6M2-N
Учебный А6М2-К, используемый в качестве буксировщика мишеней
А6М5с, оснащенный бронестеклами, после капитуляции Японии на авиабазе Омура