4 мая 1990 г. выполнил первый полет опытный истребитель «Грипен» 39-2. В конце декабря того же года начались полеты опытного самолета 39-4, оснащенного полным комплексом авионики, но без РЛС. В конце марте 1991 г. приступили к летным испытаниям самолета 39-3 с установленной РЛС. Наконец, в конце октября 1991 г. полетел опытный самолет 39-5, который по составу оборудования и систем максимально соответствовал серийному истребителю. Испытания показали, что сопротивление самолета оказалось на 10% ниже расчетного, а взлетно-посадочные характеристики превзошли запланированные.
К концу 1991 г. фирма SAAB объявила, что все проблемы с авионикой и ее ПО решены. В связи с этим командование ВВС решило, что истребитель «Грипен» может быть принят на вооружение, поскольку во время испытаний многие расчетные характеристики были улучшены. В июне 1992 г. было дано разрешение на создание двухместного самолета JAS 38В. Тогда же между фирмой SAAB и FMV был подписан контракт на производство второй партии истребителей. В сентябре 1992 г. два опытных самолета «Грипен» дебютировали на авиационно-космической выставке в Фарнборо.
В начале марта 1993 г. к четырем опытным самолетам (39-2, 39-3, 39-4 и 39-5) присоединился первый серийный истребитель 39-101. В начале июня 1993 г. второй серийный истребитель 39-102 был передан FMV для эксплуатационных испытаний. Испытания всех самолетов шли нормально до 18 августа 1993 г. В тот день в Стокгольме проводился «Водный фестиваль», в котором принял участие истребитель «Грипен» 39-102. При выполнении «бочки» на малой высоте Л. Рэдестрём потерял управление и через 6 с самолет вошел в опасный срыв. Летчик был вынужден катапультироваться, а самолет упал в центр небольшого островка на озере, расположенном практически в центре Стокгольма. Несмотря на взрыв и последующий пожар никто из зрителей праздника не пострадал.
Специалисты фирмы SAAB позднее сообщили, что авария произошла из-за чрезмерно высокого коэффициента усиления команд на ручке управления при одновременном быстром ее перемещении летчиком. Полеты всех истребителей вновь были прерваны и возобновились в самом конце декабря 1993 г., когда все проблемы с ЭДСУ были решены. Фирме SAAB пришлось заново заниматься составлением ПО для бортовых компьютеров. В каналы ЭДСУ ввели фильтры, ограничивающие темп нарастания самовозбуждающихся колебаний, и другие новшества, которые позволили преодолеть все проблемы.
Опытные машины со второй по пятую
В течение 1994 г. продолжались летные и эксплуатационные испытания самолетов. К 1996 г. опытные и первые серийные истребители «Грипен» выполнили свыше 2000 полетов, успешно прошли испытания на отработку сброса УР класса воздух - воздух и воздух - поверхность. Выполнялись испытания по выходу из штопора и полеты на больших углах атаки. Несмотря на то, что исходная версия ПО позволяла достигать угол атаки 28°, в реальности он был ограничен 20°. После доработки ПО на опытном самолете «Грипен» 39-2 проводились испытания с целью достижения больших углов атаки. В конце концов их удалось довести почти до 50°. Фирма SAAB планировала довести угол атаки до 110°, но сведений, подтверждающих достижение такого угла нет.
Фирма SAAB провела большой объем статических и усталостных испытаний планера самолета. Из 400 различных случаев нагружений наиболее тщательно исследовались 33. Все они успешно прошли испытания со 150%-ными и 200%-ными нагрузками до появления первых трещин. Усталостные испытания проходили в течение пяти лет. В ряде случаев некоторые детали конструкции предварительно повреждались. На всех серийных истребителях «Грипен» установлены пять датчиков, которые отслеживают состояние планера в зависимости от нагрузки. Под особым контролем находятся узлы соединения, изготовленные из различных материалов. Одни датчик находится в центре масс и измеряет перегрузки. Другие находятся в передних лонжеронах крыла и в месте стыка вертикального оперения с фюзеляжем; они служат для определения изгибающих моментов. В заднем лонжероне крыла находится датчик, измеряющий полную нагрузку на крыло. Датчики на ПГО меряют изгибающие моменты.
В 1999 г. опытные самолеты 39-2 и 39-4 были сняты с летных испытаний и переданы в авиационный музей в Мальмслётте. Фирма SAAB до сих пор продолжает использовать оставшиеся опытные самолеты 39-3 и 39-5 для экспериментальной отработки новых технических решений; она также периодически арендует у ВВС Швеции серийные истребители для испытательных полетов.
В 1982 г. на программу разработки истребителя «Грипен» планировалось затратить 25.7 млрд. шведских крон. К 1991 г. за счет инфляции эта сумма возросла до 48.5 млрд. крон. В 1994 г. стоимость программы НИОКР сотавила 15 млрд. крон, а серийного производства 204 самолетов - 48 млрд. крон.
Первый истребитель JAS 39A «Грипен» ВВС Швеции получили в ноябре 1994 г.