В декабре 1998 г. на заводе фирмы «Дассо Авиасьон» в Бордо-Мериньяке состоялась церемония передачи представителям ВВС Франции первого серийного истребителя «Ра-фаль» в двухместном варианте В (В301). В июле 1999 г. французские ВМС получили первый палубный самолет «Рафаль» М. Эти самолеты и последующие шесть истребителей предназначались для эксплуатационных испытаний. В серийном производстве были задействованы четыре завода фирмы «Дассо Авиасьон»: сборка фюзеляжей осуществляется в Аржантейе, крыла — в Мартиньясе, вертикального оперения - в Биаррице, а общая сборка - в Бордо-Мериньяке.
Первоначально предполагалось для ВВС построить 250 истребителей, затем это количество было сокращено до 234 (95 одноместных и 139 двухместных). Такая пропорция была основана на опыте эксплуатации двухместных истребителей Mirage 2000N и D. Командование ВМС сначала хотело приобрести 86 одноместных истребителей «Рафаль» М, однако сокращения в военном бюджете заставили уменьшить закупки до 60 самолетов (25 одноместных и 35 двухместных). Предполагалось, что двухместный палубный начнет летать в 2005 г., а поставляться в 2007 г. Однако из-за сокращений военных расходов его принятие на вооружение перенесли 2009 г. Поставки всех 294 истребителей «Рафаль» должны завершиться к 2020 г.
С целью уменьшения затрат на НИОКР и закупки, а также снижения технического риска Министерство обороны Франции и «Дассо Авиасьон» разработали поэтапный подход к поставкам самолетов. Первые три истребителя для ВВС (одноместный С101 и двухместные В301 и В302) и 10 палубных самолетов (M1 - М10) были построены в соответствии со стандартом F1. Это означает, что истребители могли использоваться только в качестве перехватчиков и в состав их вооружения входили УР класса воздух - воздух MICA ЕМ с радиолокационным самонаведением и К550 Magic 2.
Истребители «Рафаль» В301, В302 и M1 в дальнейшем были переданы в испытательный центр в Истре, где они использовались для подготовки самолетов к переходу на стандарт F2. Самолеты, соответствующие стандарту F2, могли уже нести тактические КР SCALP EG и КАБ, оснащенные комплектом наведения AASM, т. е. их уже можно было использовать для ударных операций. Истребители стандарта F2 получили пассивную систему OSF и систему распределения тактической информации Link 16, а в РЛС RBE2 был введен режим работы по наземным целям. В память бортового компьютера внесли цифровую базу данных с трехмерными изображениями местности, что позволяло совершать полет на малой высоте в режиме огибания земных препятствий. Вместо ракет Magic 2 самолеты стали получать ракеты MICA IR с тепловизионной ГСН. Палубный истребитель «Рафаль» М стандарта F2 оснастили подвесным устройством для передачи топлива на другие самолеты. В конце января 2001 г. был подписан контракт на поставку 48 истребителей стандарта F2 (33 для ВВС и 15 для ВМС). Первый самолет был поставлен в 2004 г.
Сейчас на вооружение уже должны поступать истребители, соответствующие стандарту F3 (198 самолетов «Рафаль» В и С и 35 палубных истребителей «Рафаль» М). Изготовленные по этому стандарту самолеты будут полностью многоцелевыми. Кроме борьбы с воздушными и наземными целями истребители смогут выполнять противокорабельные операции (с помощью ПКР «Экзосет» или ANF), вести разведку (для этого будет использоваться подвесной контейнер RECO-NG) и использоваться в качестве самолетов-заправщиков. В состав вооружения самолетов стандарта F3 войдет ядерная ракета класса воздух - поверхность ASMP-A.
В целях унификации истребительного парка, все истребители, построенные по стандартам F1 и F2, со временем будут модернизированы в вариант F3. В перспективе ожидается появление истребителя стандарта F4, который будет наиболее совершенным среди самолетов семейства «Рафаль». В состав его вооружения войдет УР класса воздух -воздух «Метеор», на нем будут использоваться РЛС RBE2-AA с АФАР, двигатели М88-3 и КТБ.
В декабре 2000 г. на вооружение ВМС Франции стали поступать истребители «Рафаль» М стандарта F1, предназначенные для обеспечения ПВО авианосной группировки. В июне 2004 г. первая эскадрилья 12F (военно-морская база в Ландивизо) достигла степени полной оперативной готовности.
