Транспортные самолёты входили в состав отдельных транспортных полков и эскадрилий. В авиационных дивизиях и отдельных полках имелись эскадрильи и звенья лёгких самолётов По-2, УТ-2, Як-12. Они применялись для обеспечения боевой подготовки, тренировки лётного состава, доставки представителей на полигоны, поиска прошедших дистанцию торпед и других целей. Задачи, решаемые боевыми частями, всё более усложнялись, естественно усложнялись требования к обеспечению. Принятым в 1977 г. Наставлением по боевому применению авиации ВМФ был введён термин "части специального назначения". К ним стали причислять ЛА различного назначения: военно-транспортные; буксировщики мишеней; спасательные; самолеты радиоэлектронной борьбы; ретрансляторы, воздушные командные пункты; противоминные и некоторые другие.

Поршневые военно-транспортные самолёты постепенно заменялись турбовинтовыми Ан-8 и Ан-12 (1961), Ан-24 (1962-1963), Ан-26 (1971-1972). Самолёты по-прежнему входили в состав транспортных полков (по одному на каждом флоте). В авиационных дивизиях и отдельных полках по штату полагался самолёт Ан-24 (Ан-26) или, в крайнем случае, Ан-2 для обеспечения их повседневной деятельности. Несколько позже для обучения штурманов и выполнения межфлотских перевозок каждой мрад были приданы самолёты Ту-104Ш, эксплуатировавшиеся до 1982 г. Самолёты Ан-12 и вертолёты Ми-6, которые также состояли в штатах мрад, предназначались для доставки ракет и боеприпасов. В 1980 г. их передали в транспортные полки. Самолёты Ту-104 и Ан-12 обеспечивали межфлотские маневры частей и тактических групп самолётов МРА и ПЛА

В авиации СФ числились два Ту-114 для зарубежных перевозок, связанных с обеспечением подразделений и групп личного состава ВМФ, находящихся на боевой службе в удалённых районах. При необходимости они доставляли на ТОФ группы офицеров главного штаба ВМФ. В 1978 г. на смену устаревшим Ту-114 поступили Ил-62 и Ил-62М, объединённые в отдельную эскадрилью в 33-м центре в Николаеве. Последствия такого не очень продуманного решения выявились в полной мере, когда Украина самолёты прихватила и стала использовать их для коммерческих перевозок.

С 1964 г. в отдельных оплвп имелись вертолёты Ми-6, а затем Ми-8.

После настоятельных обращений командования ВМФ к ВВС удалось получить несколько самолётов Ту-134 и Ту-154, которые использовались не только для внутрифлотских перевозок. С 1989 г. стали поступать самолёты Ан-72 с двумя ТРДД типа Д-36.

Это первый транспортный самолёт укороченного взлёта и посадки, что обеспечивается мощной механизацией крыла и повышенной тяговооружённостью. Особенность аэродинамической схемы - размещение двигателей над поверхностью крыла.

На военно-транспортные самолёты приходится весь объём необходимых перевозок. Какие только задачи не приходилось выполнять транспортникам. Это санитарные рейсы и полёты на спасение людей, оказавшихся в трудной ситуации, дежурство в готовности оказать помощь экипажам приземлившихся спускаемых аппаратов, учебные полёты на десантирование морских пехотинцев, тренировки боевых пловцов, доставка дальневосточных даров руководству и т.п.

Большинство полётов выполняются над морем. Североморские транспортники любят вспоминать уже ставшие далёкими годы, когда в конце 40-х годов возникла угроза войны. Командование НАТО готовило план воздушного вторжения через Северный Ледовитый океан. К этому времени промышленность только приступила к производству самолётов Ту-4, но при всём желании они не доставали до Америки. Чтобы организовать промежуточный аэродром, и создать истребительный заслон, было решено построить в арктической зоне ледовый аэродром. Необходимое оборудование доставляли экипажи транспортной авиации на стареньких Ли-2, но, несмотря на все трудности, задачу транспортный полк выполнил. И только спустя годы, по мере разрядки обстановки, надобность в таких аэродромах отпала

После чернобыльской катастрофы несколько экипажей "западных" флотов работали в зоне радиоактивного заражения.

Транспортный полк ВВС СФ не остался в стороне от кровавых бакинских событий 1990 г. В Баку экипажи доставляли военные грузы и должны были возвращаться порожняком. Но когда толпа азербайджанцев обстреляла в море баржу с беженцами - семьями российских военнослужащих, которой так и не дали покинуть район конфликта, командир эскадрильи подполковник П. Макута, не дожидаясь решения командования, на свой страх и риск погрузил на самолёт женщин и детей. Бандиты на взлёте обстреляли самолёт. Впоследствии на эвакуацию беженцев бросили все силы, но морские лётчики оказались первыми. Экипажами морской авиации было эвакуировано около 3000 человек военнослужащих и членов их семей.