Кроме указанных основных вариантов, Ан-12 имел ряд модификаций специального назначения.

Ан-12УД/УД-3 (1960 г.) - вариант увеличенной дальности с двумя/тремя дополнительными топливными баками (по 4000 л) в грузовой кабине.

Ан-12ПЛ (1961 г.) Полярный, лыжный вариант с неубираемым лыжным шасси и подогревом лыж воздухом при их примерзании для страгивания самолета с места. Построено 2 экз.

Ан-12Т (1961 г.) - топливовоз, предназначался для перевозки авиационных, автомобильных и ракетных топлив и окислителей в емкостях, установленных в грузовой кабине.

Ан-12БМ (1962 г.) - вариант Ан-12Б для исследования возможности дальней радиосвязи через спутник «Молния-1». В кабине сопровождающих размещены 4 оператора аппаратуры связи. Переоборудован 1 самолет.

Ан-12БК (1963 г.) - поисково-спасательный вариант с аппаратурой «Исток-Голубь» пеленгования работающих аварийных УКВ-радиостанций.

Ан-12Б-И (1964 г.) - вариант Ан-12Б со станцией индивидуального радиоэлектронного противодействия «Фасоль». Построено 7 экз.

АН-12БП (1968-1969 гг.) - разведчики степени радиоактивного заражения атмосферы.

Ан-12ПП шауляйского полка с опознавательными знаками ВВС Сирии

Ан-12БКВ (1969 г.) - бомбардировщик и постановщик мин, оснащен стационарным транспортером для сброса 12 т бомб.

Ан-12Б «Кубрик» (1969 г.) - самолет с комплексом аппаратуры для исследования инфракрасного излучения надводных, наземных и воздушных целей и испытания объектов инфракрасной техники.

Ан-12ПС (1969 г.) - авиационно-морской поисково-спасательный комплекс на базе Ан-12Б. Предназначен для поиска и эвакуации приводнившихся космонавтов, а также людей, терпящих бедствие на море. Самолет доставляет и десантирует в акваторию спасения спецкатер типа 03473 с командой спасателей из трех человек.

Ан-12БШ и  Ан-12БКШ (1970 г.) - учебно-штурманские варианты Ан-12Б и Ан-12БК для группового обучения (10 рабочих мест в грузовой кабине) курсантов-штурманов ВТА.

Ан-12БЛ (1970 г.) - экспериментальный самолет на базе Ан-12Б, оснащенный с целью снижения потерь при преодолении ПВО противника противорадиолокационным ракетным комплексом Х-28.

АН-12БК-ИС (1970 г.) - Ан-12БК, оборудованный средствами индивидуальной радиотехнической защиты «Фасоль» и «Сирень» в четырех контейнерах на внешней подвеске. Переоборудовано 45 экз.

Ан-12ПП (1970 г.) - вариант Ан-12Б/12БК - постановщик помех групповой защиты. Оснащен автоматическими станциями прицельных и прицельно-заградительных активных и пассивных помех радиотехническим средствам наведения ракет противника. Оборудован специальными радиопоглощающими устройствами биологической защиты экипажа от излучений. Построено 27 экз.

«Демобилизованный» Ан-12ПП выполняет гражданские перевозки	Самолет Ан-12БЛ с противорадиолокационными ракетами Х-28
Заправка истребителей МиГ-19 с топливозаправщика Ан-12БКТ	Y-8A - китайский вариант Ан-12