В начале 1860 г. в обратный путь отправился отряд судов под командованием капитана 1 ранга А.А. Попова, в составе корветов "Новик" и "Рында" и клипера "Пластун". Пройдя Магелланов пролив отряд зашел в Монтевидео. Здесь с 22 апреля по 5 мая "Пластун" был подвергнут килеванию для устранения течи. 18 августа отряд находился в Балтийском море. Около 5 часов вечера к востоку от о. Готланд (Швеция) в расстоянии 17½ миль на SO от маяка Фаре на клипере произошел взрыв и он быстро затонул. Спущенными с корветов гребными судами были спасены три офицера, корабельный лекарь и 31 человек нижних чинов. Погибли командующий клипером, 5 офицеров, вольнонаемный механик и 69 человек нижних чинов. Следственная комиссия, назначенная для выяснения причин гибели клипера, определила, что взрыв произошел во время работ в крюйт-камере. Причин взрыва, ввиду смерти всех находящихся в тот момент в крюйт-камере, установить не удалось, несмотря на проведенные комиссией опыты. Комиссия вскрыла ряд грубейших нарушений правил хранения боезапаса. По показаниям спасшихся офицеров и кондуктора, "... в крюйт-камере, вместе с зарядами, хранились 24-х фунт. гранаты, ракеты, шрапнелева картечь и в выходе крюйт-камеры ... ударные трубки ...". По словам кондуктора одно время в проход крюйт-камеры были поставлены бомбы для 60-ти фунт. орудия, причем так высоко, что закрыли крюйт-камерный фонарь, а потом от качки завалили дверь. В Хокодатэ по приказанию старшего офицера гранаты из бомбовых погребов были перенесены в крюйт-камеру, а погреба заняли кают-компанейскими вещами. Перед приходом клипера в Кронштадт приказано было перенести из крюйт-камеры в кают-компанию ящики с гранатами. Когда эта работа была закончена, последовало распоряжение "... передвинуть все ящики с порохом и привести крюйт-камеру в надлежащий вид, очистив ее от пыли и нечистоты ...". Через полчаса, по показаниям вахтенного офицера, произошел взрыв.

На клипере не было командира, так как капитан-лейтенант Мацкевич много болел и был списан еще до ухода клипера в Кронштадт; должность командующего клипером исполнял бывший старший офицер лейт. бар. Дистерло. Комиссия отметила также неудовлетворительное состояние дисциплины на клипере и случаи превышения власти командующим клипером. 3 сентября 1860 г. "Пластун" был исключен из списка судов флота.

15 января 1861 г. из Шанхая в Кронштадт вышел отряд в составе корветов "Воевода", "Боярин" и клипера "Джигит" под командованием бывшего командира "Джигита", а ныне командира корвета "Воевода" капитан-лейтенант барона Г.Г. Майделя. Отряд шел по маршруту Шанхай - Сингапур - Батавия - Зондский пролив - мыс Доброй Надежды - Азорские острова - Портсмут - Копенгаген - Кронштадт, куда благополучно прибыл 14 августа того же года.

26 октября 1861 г. из судов эскадры у берегов Китая отправились в обратный путь корвет "Гридень" и клипер "Стрелок" (командир капитан-лейтенант Г.Х. Эгершельд), а 31 октября из Шанхая ушел клипер "Опричник" под командованием капитан-лейтенант П.А. Селиванова. "Гридень" и "Стрелок" летом 1862 г. пришли в Кронштадт, а об "Опричнике" последним известием было, что он 28 ноября 1861 г. ушел из Батавии (ныне Джакарта, Индонезия). Когда прошли все возможные сроки прибытия его в очередной порт, Морское министерство начало поиски пропавшего клипера, запросив морских агентов в других странах. Последним клипер видел шкипер одного из голландских судов 31 ноября на выходе из Зондского пролива. Шкипер другого судна, выдержавшего в конце декабря жестокий шторм в Индийском океане примерно в 22° ю.ш. и 67,5° в.д., видел вдали судно, вооруженное барком, которое под глухо зарифленными парусами шло курсом, ведшим его, по расчетам шкипера, прямо в центр урагана. Был ли это "Опричник"? В тот шторм погибло около 7 судов. Никто и никогда не откроет тайну клипера. Ее унес с собой в пучину океана экипаж. По официальной версии Морского министерства клипер "Опричник" погиб в ночь с 25 на 26 декабря 1861 г., попав в центр жесточайшего урагана примерно на полпути между Зондским проливом и мысом Доброй Надежды. Пропавший без вести клипер из списков судов флота исключили 7 апреля 1863 г. В Кронштадте в Летнем саду поставлен памятник клиперу "Опричник" и его экипажу: у подножия скалы надломленный символ надежды - якорь, а над нею склоненный андреевский флаг.

Последними в середине июля 1863 г. возвратились в Кронштадт клиперы "Наездник" и "Разбойник". В дальнейшем все четыре клипера предполагалось тимберовать¹⁴. Однако это намерение не было осуществлено, вероятнее всего по причине хронических финансовых трудностей Морского ведомства, осложненных в данном случае развертыванием броненосного судостроения. 16 июля 1866 г. приказом по Морскому министерству "... клипера "Наездник", "Разбойник", "Джигит" и "Стрелок" по неблагонадежности к плаванию отчисляются к Кронштадтскому порту ...".

3 января 1867 г. из списка судов флота был исключен клипер "Разбойник", а 2 июля 1869 г. на маневрах броненосной эскадры на Транзундском рейде буксируемой миной был взорван корпус клипера "Наездник", а огнем броненосцев расстрелян корпус клипера "Джигит". Из списка судов флота оба корабля были исключены 21 августа 1869 г. Последний из клиперов - "Стрелок" - продолжительное время использовали в качестве блокшива. Из списков судов флота его исключили 4 ноября 1878 г.

¹⁴   Тимберовка - в деревянном судостроении вид ремонта, при проведении которого, вследствие значительных повреждений корпуса судна, произошедших от долговременной службы его, замене подлежит не менее половины принципиальных частей корпуса, креплений и связей, а также предметов, служащих для управления судном, всего рангоута, такелажа и парусов. Тимберовка производится в доке либо на эллинге.