В ночь на 17 июля в районе Portolago миноносцы ТА-17 и ТА-14, действовавшие против британских «comandos», были сильно повреждены взрывами на минах. При этом у ТА-17 пострадала кормовая часть, а у ТА-14 - носовая часть. Оба миноносца остались на плаву, но из-за необходимости длительного ремонта надолго, а в реальности - полностью вышли из строя.
После этого, единственным действовавшим миноносцем из всей флотилии остался ТА-19. На еще одном миноносце - ТА-18 - заканчивался ремонт, но он все еще не был боеспособен.
Вскоре ТА-19 под флагом Начальника флотилиях: двумя катерами-тральщиками типа R-Booten, ушел в направлении острова Родос. Однако еще в районе острова Kos они были атакованы 8 бомбардировщиками «Beaufighter». TA-19 получил четыре сквозных пробоины в бортах из-за близких взрывов авиабомб, а также ряд иных повреждений. Корабль потерял боеспособность и также полностью вышел из строя. Он должен был вернуться в Грецию, но 9 августа 1944 года в 17 часов в районе острова Самос миноносец был добит торпедами греческой подводной лодки «Pipinos», которой командовал капитан-лейтенант Loundras.
Потери в составе флотилии оказались невосполнимы. До начала сентября 1944 года удалось ввести в боевое состояние только миноносец ТА-18, который и стал единственным действующим кораблем 9-й флотилии. Именно он 1 сентября и встретил 6-й военный год.
15 сентября последовала новая потеря. Миноносец ТА-14, поврежденный ранее взрывом мины, в районе Salamis'a был вторично тяжело поврежден авиабомбами. Корабль, которым командовал капитан-лейтенант Денш (Kptlt. Hermann Densch), загорелся и затонул на мелководье в гавани. Во время атаки погибли 6 человек из состава экипажа.
Еще 27 августа 1944 года в Венеции был получен приказ о подготовке и проведении минно-заградительной операции в районе островов Эгейского моря, у которых действовали британские и американские корабли. Предполагалось провести несколько минных постановок на быстроходных кораблях. Выбраны для этого были три только что принятых в состав немецких морских сил на Средиземном море миноносца ТА-37 (бывший итальянский «Gladio»; командир - Oblt zur See Winkelmann), ТА-38 (бывший итальянский «Spada»; командир - Lt zur See Scheller) и ТА-39 (бывший итальянский «Daga»; командир Kptlt Werner Lange). Операция получила кодовое обозначение «Odysseus».
Эти миноносцы после капитуляции Италии были зачислены в состав немецких морских сил, достроены и в начале 1944 года введены в боевой состав 1-й эскортной флотилии (1.Geleit Flottille), действовавшей на Адриатике. Однако в боевых действиях миноносцы практически не участвовали, занимаясь выполнением программы боевой подготовки и. заканчивая достроечные работы и устраняя недоделки. К началу сентября они были полностью укомплектованы снабжением и подготовлены к переходу в порты Эгейского моря. После выполнения основной задачи корабли должны были восполнить потери в 9-й флотилии, составив ее ядро. Однако, как оказалось, флотилию пришлось организовывать практически заново.
Операция «Odysseus» началась 19 сентября выходом всех трех миноносцев, вместе с прикрепленным к ним катером S-151, из Триеста в Полу. Туда они прибыли на следующий день примерно в 06.40 утра. Начальник отряда рассчитывал в тот же вечер выйти дальше, надеясь ночью обогнуть южную часть Далматинского побережья.
Утром 21 сентября шедшие на скорости в 24 узла миноносцы были впервые атакованы самолетами противника. Зенитный огонь и умелое маневрирование помогли успешно избежать повреждений. Около 07.00 утра ТА-38 прибыл в Risan, в то время как ТА-39 ушел в Kotor, а ТА-37 бросил якорь в Perast'e в бухте Cattaro. Тем же вечером, 22 сентября начался прорыв через Отрантский пролив.
Ранним утром 23 сентября с немецких миноносцев обнаружили первый вражеский эсминец. Немедленно он был атакован торпедами и обстрелян из орудий. По всей видимости, атака была безуспешной, но, тем не менее, заставила противника отойти. Дальше переход прошел вполне удачно. Миноносцы отразили еще одну атаку самолетов и вскоре вошли в Коринфский канал. 24 сентября примерно в 20.40 они вошли в гавань Пирея. В целом, этот довольно сложный переход через контролируемые противником воды, прошел удачно. За успешное выполнение задачи командовавший отрядом капитан-лейтенант Ланге был награжден Золотым Крестом (Немецкий крест в золоте, если точно называть орден, прим. ВВС) (Deutsche Kreuz in Gold).
Несмотря на успешность перехода, выполнение минно-заградительной операции было отложено на неопределенное время, а миноносцы были задействованы для эскортирования транспортов. Уже 28 сентября ТА-37 и ТА-38 отконвоировали в Салоники пароходы «Zeus» и «Lola». ТА-38 нес флаг Начальника 9-й флотилии капитана 2-го ранга Доминика (Fregattenkapitan Dominik).
Миноносцы и в дальнейшем продолжали выполнять задачи сопровождения, но, как показали дальнейшие события, недолго. В первой половине октября 1944 года все три миноносца погибли в боях.
6 октября, во время одного из переходов в южной части Салоникской бухты, миноносец ТА-37 неожиданно был застигнут несколькими британскими эсминцами и потоплен в коротком и жестоком бою. С кораблем погиб почти весь экипаж.
9 октября началась эвакуация последних немецких судов из Пирея и Афин, а также и из других портов Южной Греции. Миноносцы ТА-18, ТА-38 и ТА-39 обеспечивали охрану и переходы этих судов. При этом два последних находились в дальнем прикрытии большого конвоя, шедшего в Chalkis. В тот же день, 9 октября, в районе Volos'a ТА-38 был атакован 9 бомбардировщиками «Mitchel» и во время боя сильно поврежден. Миноносец был доведен до порта, но так как боевая обстановка не позволяла произвести ремонт корабля, он был 13 октября взорван на фарватере гавани Volos.
В том же бою ТА-39 вместе с двумя катерами R-Booten и пароходом «Lola» смог избегнуть повреждений и дойти до порта Салоники. При этом ТА-39 принял на борт большую часть экипажа ТА-38, включая 10 раненых. А пароход доставил 273 человека из состава различных соединений, включая штаб 21-й флотилии ПЛО (21 U-Jagdflottille).
Примерно в 20.50 вечера 15 октября ТА-39, вместе с R-185 и R-195 под командованием Начальника 12-й R-флотилии, вышли из Салоников с целью совершить переход в Volos для эвакуации с прибрежных островов небольших немецких гарнизонов. Однако вскоре после полуночи 16 октября, примерно в 01.35, миноносец подорвался на мине. Взрывом оторвало кормовую часть вплоть до надстройки. R-185 и R-195 взяли на борт весь экипаж (недосчитались только 1 человека) и секретные документы. Примерно в 01.46 миноносец ТА-39, успевший совершить в Эгейском море 13 боевых походов, погружаясь кормой, скрылся под водой.
После гибели трех миноносцев ТА-37, ТА-38 и ТА-39, вновь, по странной иронии судьбы, единственным боеспособным кораблем 9-й флотилии оказался ТА-18. Этот корабль под командованием капитан-лейтенанта Гюнтера Шмидта (Kptlt. Gunther Schmidt) только в июле 1944 года вышел из восстановительного ремонта. После завершения сильно укороченной программы боевой подготовки миноносец к сентябрю удалось ввести в боевой состав, и он успел принять участие в нескольких эскортных операциях в сентябре и октябре 1944 года.
Вечером 19 октября миноносец вновь вышел из Салоников. Боевое состояние корабля даже с большими натяжками нельзя было назвать даже удовлетворительным. Достаточно сказать, что полная скорость едва доходила до 15 узлов - во время нахождения на верфи не удалось капитально отремонтировать сильно изношенные механизмы. К тому же, во время недавних выходов миноносец получил ряд повреждений, которые могли бы и не повлиять на его боеспособность - если бы ТА-18 был в нормальном состоянии. Но в данном положении и они требовали к себе непрестанного внимания.
ТА-18 получил приказ следовать к заграждению «Skiathos-Sperre», где была обнаружена подводная лодка противника. Из этого похода миноносец не вернулся. Морское командование только через некоторое время смогло узнать, что произошло с кораблем?