В Государственном архиве Военно-Морского Флота хранится рапорт Александру II о том, как от коменданта крепости генерала Корсакова был "принят ботик Петра Великого для торжественного перевоза его в здание Политехнической выставки в Москве", а ему была выдана соответствующая расписка с подписями членов Адмиралтейств-совета. В 12.30 ботик вынесли "нижние чины Гвардейского и флотских экипажей" и поставили его на .баржу в окружении почетного караула. Когда баржа с ботиком взятая на буксир яхтой "Голубка", отошла от крепости на ботике был поднят судовой Штандарт, раздался салют с крепости и военных судов стоящих на Неве. В ответ ботик салютовал тремя выстрелами из своих пушек. На ботике, как и в 1836 году на корме был разложен Штандарт Петра I. Торжественная процессия направилась вниз по Неве к пристани, устроенной напротив Медного всадника. Здесь был совершен торжественный молебен с окроплением ботика святой водой, затем провозгласили Вечную память Петру I, войска отдали честь, а с Петропавловской крепости прозвучал артиллерийский салют в 101 выстрел. Затем процессия отправилась вниз по Неве до Горного института, подошла к Черной речке и остановилась у так называемой Путиловской пристани. Матросы Гвардейского экипажа пронесли ботик через эллинг к обшитой красным сукном платформе стоящей на железнодорожной ветке. Эллинг внутри был украшен зеленью и цветами, а установленный там же бюст Петра I окружали портреты его сподвижников. Ботик торжественно передали капитану 1-го ранга А.Б. Асланбекову, члену Выставочного комитета, участнику Севастопольской обороны, и установили на железнодорожной платформе. У "обновленного, расцвеченного и позолоченного "дедушки русского флота" - писал газетный хроникер - стояли на часах два юных депутата Морского училища, гренадер золотой роты в меховой шапке и два солдата в одежде петровских солдат". Платформу с ботиком присоединили к паровозу, который, "при кликах тысяч рабочих завода Путилова и присутствующей публики", отправился к Николаевскому железнодорожному вокзалу. В тот же день платформа с ботиком специальным поездом была отправлена в Москву.

Не менее торжественно был встречен ботик на Курском вокзале в Москве, куда он прибыл 29 мая в 11.45 вечера. При появлении поезда зажглись бенгальские огни и раздались звуки Преображенского марша. Несмотря на поздний час огромная толпа ожидала прибытии ботика. Среди встречавших был контр-адмирал Я. И. Рудаков, назначенный распорядителем церемониала следования ботика на выставку. Утром платформа с ботиком тронулась к реке Москве. Ее везли по конно-железному пути рабочие в рубахах цветов Андреевского флага. У спуска к реке матросы сняли ботик с платформы, перенесли его на пристань и спустили на воду. Раздался артиллерийский салют в 31 выстрел, на мачте ботика взвился Штандарт, на носу же подняли гюйс, а на корме - Андреевский флаг Ко времени прибытия ботика к морскому павильону, расположенному на набережной реки Москвы у стен Кремля, собралось более ста тысяч человек. Наконец появился паровой вельбот с ботиком на буксире, сопровождаемый шлюпками Петербургского и Московского речных яхт-клубов. Под звуки Преображенского марша ботик подняли на берег и установили в центре морского павильона. Вновь раздался артиллерийский салют. Так ботик найденный юным Петром в Измайлове, через 150 лет вновь появился в Москве и стал самым популярным экспонатом не только морского отдела, но и всей выставки.

За участие в выставке больших золотых медалей были удостоены 22 завода и учреждения, в том числе Кронштадтская шлюпочная мастерская, модельная мастерская Морского музея и др. Для награждения организаторов выставки была учреждена большая серебряная медаль, которую получили 22 человека от Морского ведомства "за содействие, оказанное ими по устройству морского отдела Политехнической выставки". Среди награжденных были генерал-адъютанты А. А. Попов и С.С. Лесовский, вице-адмиралы А. В. Воеводский, П. В. Казакевич, С.И. Зеленой, Н.А. Аркас, контр-адмиралы И.Ф. Лихачев и В.А. Стеценко, действительный статский советник, крупнейший историк флота Ф. Ф. Веселаго, капитаны 1-го ранга А.Б. Асланбеков,  А.А. Пещуров, К.В. Небольсин и другие.

Так же торжественно были устроены и проводы ботика после закрытия выставки. Его на специально сделанных носилках перенесли к железнодорожному отделу выставки и установили на платформу конно-железного пути. Затем ботик перевезли к Курскому вокзалу, и уже 1 сентября он оказался у Путиловской пристани в Петербурге. На той же барже с соответствующими почестями его доставили в Петропавловскую крепость. Это было последнее плавание "дедушки русского флота".

Во время проведения Политехнической выставки возникла полемика о происхождении ботика. Одни историки утверждали, что ботик построен в России, а другие - что его изготовили в Англии. Морской историк В Ф. Головачев, придерживающийся первой версии, в статье "Морской отдел Политехнической выставки", опубликованной в "Морском Сборнике", утверждал, что "ботик был заложен в селе Дединово при впадении Москвы-реки в Оку по голландским чертежам и выстроен нашими плотниками под руководством голландских мастеров". Затем ботик был перевезен в Москву, но перед ледоставом его подняли на сушу и больше на воду не спускали. Автор сделал это предположение на том основании, что Петр I нашел ботик "хотя и в ветхом состоянии, но еще в целости". С мнением В.Ф. Головачева не согласился известный историк русского флота Ф.Ф. Веселаго и, в свою очередь, опубликовал в "Кронштадтом вестнике" в 1873 году статью, в которой доказывал английское происхождение ботика. В ответ Головачев направил в редакцию "Кронштадского вестника" письмо-статью "Петровский ботик" в котором доказывал свою правоту. В 1888 году Ф.Ф. Веселаго издал свой труд "Сведения о ботике "дедушка русского флота" за 200 лет с 1688 по 1888 год". Это была уже четвертая его публикация, в которой как бы подводился итог его исследований. В нем историк основным доказательством своей версии считал упомянутую гравюру Зубова и опирался на то, что тексты надписей на постаменте для ботика "были сочинены самим государем". Следовательно, делал вывод Веселаго, и надписи на гравюре Зубова не могли быть сделаны без согласил царя. Он писал "невозможно предположить, чтобы такая гравюра издаваемая от казенной типографии, могла быть неизвестной и даже не просмотренной царем". Историк считал, что только сама записка Петра I и является основным документом, рассказывающим о происхождении ботика. Интересно, что в своем труде Ф.Ф. Веселаго приводит факсимиле собственноручной записки Петра, которая затем в переработанном виде вошла в качестве предисловия в Морской устав 1720 года. Да, действительно, записка Петра является единственным документом, поскольку нет никаких письменных свидетельств очевидцев, присутствовавших при находке ботика в Измайлове. Необходимо обратить внимание и на время составления этой записки. Ведь Петр писал ее спустя 30 лет. Можно предположить, что и в рассказе Петра не все может полностью соответствовать истине: прошло время, многое могло забыться или получить новую окраску. Но в записке Петра нет ни слова о самом происхождении ботика, и только на гравюре Зубова появилась фраза о том, что ботик подарен англичанами деду царя Никите Ивановичу Романову. Так сама петровская записка и гравюра Зубова стали основными источниками возникновения различных версий происхождения ботика.