В поисках оставшихся в живых к месту затопления тут же устремились шлюпки и лодки, и все семеро вскоре были доставлены на борт "Reina Mercedes", где их одели и накормили.

Впоследствии лейтенант Хобсон заявил, что огонь "Reina Mercedes" поперек канала стоил жизни 14 испанцев на форте Морро и еще 37 были ранены. Однако данное утверждение выглядит крайне спорным, так как, во-первых, испанцы не могли заметить "Merrimac" на большом удалении, а когда он подошел, то вероятнее всего по нему открыли огонь лишь мелкокалиберные орудия. Во-вторых, эти потери не подтверждаются ни дневниками консула Рамсдена, ни сообщениями лейтенанта Мюллера о блокаде. Так что, по всей вероятности, Хобсон был попросту введен в заблуждение [4, стр.253].

Как уже было сказано, для защиты эскадры Серверы от подобного рода неприятностей, "Reina Mercedes" стояла на четырех якорях у мыса Пунтилья, недалеко от Сокапа, чтобы своими орудиями держать на прицеле вход в бухту. Подобное расположение вскоре сослужило ей плохую службу, так как со стороны моря крейсер слишком выделялся из-за мыса, и представлял отличную мишень. Если во время первой бомбардировки 31 мая все обошлось, то уже 6 июня, в ходе второй, крейсер сильно пострадал [6, стр.193].

В этот день рано утром основные американские силы подошли к Сантьяго. Против более сотни орудий крупного и среднего калибра, а также большого количества мелких орудий испанцы могли противопоставить лишь три 6,3-мм (так в тексте, прим. ВВС) пушки. Но огонь с фортов был поддержан испанскими кораблями: "Reina Mercedes", одним миноносцем, находившимся недалеко от этого крейсера, и еще одним в бухте Ниперо. "Infanta Maria Teresa" и "Vizcaya" заняли позицию в глубине бухты и были готовы поддержать артиллерию входа. "Cristobal Colon" и "Almirante Oquendo", расположившиеся севернее Расонес Кей, сформировали вторую линию обороны [4, стр.254-255]

В восемь часов американцы открыли огонь. Испанские батареи сперва отвечали довольно интенсивно, но шквал разрывов и недостаток в боеприпасах умерили их пыл. Больше всего в этот день пострадал крейсер "Reina Mercedes". Несколько бомб попали в его корпус и такелаж. На корабле два раза вспыхивал интенсивный пожар. Во гремя борьбы с огнем на полубаке был ужасно искалечен исполняющий обязанности командира крейсера старший офицер Acosta-y-Eyerman. Снаряд большого калибра оторвал ему правое бедро и правую руку. Но смертельно раненый офицер не покинул свой пост до тех пор, пока пожар не был ликвидирован, после чего он приказал продолжать бой. В этот день были убиты также еще пять моряков, а один офицер и двенадцать матросов ранены, причем трое из них тяжело [6,стр.195 и 4,стр.257].

Всего за время бомбардировки американцы выпустили около 1500 снарядов, но кроме "Reina Mercedes" практически никто не пострадал. Поэтому почти сразу же крейсер отвели немного вглубь бухты, чтобы он был не так сильно заметен со стороны моря. Результаты не заставили себя долго ждать, и, начиная с третьей бомбардировки, крейсер несет гораздо меньшие потери, чего нельзя сказать о его орудиях, установленных на берегу. Так, 16 июня во время полутора часовой бомбардировки, в ходе которой было выпущено около тысячи снарядов, разорвавшаяся в земляном бруствере бомба засыпала оба орудия крейсера на батарее Сокапа. При этом одно из них было приведено в полную негодность [6, стр.196].

А 2 июля, во время трехчасового обстрела, было выведено из строя еще одно орудие крейсера на Пунта Горда. Несколько снарядов досталось и крейсеру. Три матроса на нем были убиты и еще трое ранено [6, стр.215]. Всего же, во второй половине июня - начале июля "Reina Mercedes" была поражена восемь раз [2]. В свою очередь, крейсер все-таки оказывал посильную помощь. Он охранял вход в бухту, поддерживал огнем свои войска во время сражения на Сан-Хуанских холмах и в других местах [1, стр.36].

На рассвете 3 июля, когда уже стало ясно, что произойдет морское сражение, "Reina Mercedes" салютовала крейсерам Серверы, которые сыграв боевую тревогу, продефилировали мимо крейсера в пролив [1, стр.36].

После разгрома эскадры генерал Торал решил затопить потрепанный крейсер в узком месте пролива для предотвращения форсирования входа в бухту американскими кораблями. В это время адмирал Семпсон действительно дал генералу Шафтеру уже практически убедить себя сделать попытку прорваться через проливы в Сантьяго. Он лишь ждал, когда армия займет испанские укрепления на входе в бухту [4, стр.377].

Испанцы поспешно приготовили "Reina Mercedes" к бою и около 20 часов в ночь с 3-го на 4-е июля начали буксировку крейсера к входу в бухту. К 23.30 корабль достиг самого узкого места пролива, позади Сокапы. Но тут же в лучах поисковых прожекторов американцы заметили крейсер-брандер [4, стр.378]. Незамедлительно броненосцы "Texas" и "Massachusetts" открыли огонь по "Reina Mercedes" и причинили ей тяжелые повреждения [2]. Под огнем американцев экипажу удалось установить тонущий крейсер поперек прохода и практически без потерь покинуть его. Но поскольку случайным выстрелом была перебита якорная цепь, корабль течением отнесло за главный фарватер, после чего он затонул на мелководье, так что над водой виднелись все его надстройки [4, стр.378].

16 июля в осажденном городе собрался военный совет, обсудивший условия капитуляции. В качестве доводов за немедленную сдачу среди прочих прозвучал и тот, что практически закончились снаряды к орудиям крейсера "Reina Mercedes", установленным на берегу [6, стр.256]. Вместе с капитуляцией Сантьяго 17 июля 1898 года был сдан американцам и крейсер "Reina Mercedes" [2].

Флот САСШ решил спасти крейсер и для его подъема был заключен контракт с фирмой "Merritt & Chapman Co". Работы начались 2 января 1899 года и 1 марта того же года крейсер был поднят. Сильно текущий корпус отбуксировали к заводу Норфолка, куда он прибыл 27 мая для временного ремонта [2].