На следующий день после захвата американцами Кавите в их руки попал уникальный документ - карта минных постановок с указанием количества поставленных мин и интервала между ними. По ней выходило, что был минирован пролив Чика и выставлена банка у острова Сан Николас. Однако впоследствии, в договоре о капитуляции, подписанном губернатором Коррехидора, говорилось о минной опасности пролива Гранде. После падения Манилы во время допросов пленных испанских офицеров последнее подтвердилось. Тем не менее, в литературе встречается информация (например, в работах П. Олендера), что было выставлено две банки: в проливе Гранде (разделенная островом Эль Фраиль) и северо-западней острова Сан Николас. Однако, как сообщают американские и испанские рапорты, имелась еще одна банка из двух мин у Кавите, которая была взорвана непосредственно перед самым боем. Скорее всего, взрыв этой банки был вызван стремлением Монтехо обеспечить себе свободу маневра при сближении с американцами, но не исключена и возможность, что с берега просто не смогли определить точное местонахождение кораблей Дьюи и взорвали мины преждевременно. Таким образом, о минах у Сан Николаса сообщает лишь обнаруженный план минных постановок. Если учесть тот факт, что заграждение в проливе Чика было лишь на бумаге, не следует ли из этого, что сей документ создавался специально для американцев? Может, зная, что сам факт постановки будет трудно скрыть, испанцы решились на проведение дезинформации: линия мин в проливе Гранде выдавалась за линию в проливе Чика, а одиночное минное заграждение у Кавите - за таковое у Сан Николаса? Надо сказать, что испанские спецслужбы (если это действительно была их акция) могли отметить успех: основываясь на их "дезе", коммодор Дьюи повел свою эскадру именно по проливу Гранде. Кто же мог предполагать, что он сумеет пройти прямо по минам? Впрочем, если речь действительно идет об испанских спецслужбах, то они просчитались по вине морского штаба, который также возлагал на эти заграждения большие надежды. В этой связи примечателен факт, что в проливе Чика (не минированном) с начала войны постоянно, и особенно тщательно в ночное время, несли дозорную службу малые канонерки «Арайят», «Лейте» и несколько небольших баркасов, тогда как пролив Гранде (минированный) оказался без присмотра. Следующая, самая сильная группа укреплений располагалась в самой Маниле. Река Пасик разделяла город на две части: северную торговую и южную военную и официальную. Последняя была окружена живописной средневековой крепостной кирпично-земляной стеной 15-метровой высоты и 6-метровой ширины, окруженной глубоким крепостным рвом. Крепость, по видимому называвшаяся в испанских рапортах «форт Сантьяго», представляла в плане правильный треугольник с шестью равелинами: по одному в каждой вершине и примерно посередине стены.

Со стороны берега крепостная стена шла параллельно береговой кромке. В северном и и южном равелинах стояло соответственно пять и восемь старых 160-мм дульнозарядных бронзовых пушек, а в центральном - пять 210-мм дульнозарядных мортир. Непосредственно на самой стене располагалось большое количество старых дульнозарядных орудий, которые, даже по признанию самих испанцев, были совершенно устаревшими. На холме у южного берега устья реки Пасик располагался круглый в плане редут, на котором имелось два 160-мм бронзовых орудия.

После Каролинского кризиса на берегу перед цитаделью началось создание нескольких батарей. Одна батарея (240-мм крупповское казнозарядное орудие) была установлена перед северным равелином, еще одна такая же - перед южным. Четыре 140-мм переделанных в казнозарядные орудия Палисьера установили перед центральным равелином, еще четыре 210-мм мортиры - сбоку от южного равелина. Дополнительно два 240-мм крупповских орудия находились немного к югу от цитадели, недалеко от предместья Эрмите, и были ориентированы для стрельбы по целям в центре бухты. Далее к юго-востоку располагались пригороды Манилы: Малате и Пако, усиленные фортом «Сан Диего» (в американских сводках проходивший как «равелин Люнета»). Форт был вооружен шестью старыми бронзовыми 160-мм дульнозарядными орудиями, расположенные так, что могли вести огонь лишь по сухопутному фасу. Впоследствии имя этого форта стало известно тем, что на нем был выброшен белый флаг, означавший капитуляцию Манилы.

Южнее находился сравнительно узкий перешеек между Манильской бухтой и заливом Лагуна. К моменту общего штурма на этом перешейке располагался основной оборонительный фронт испанцев, усиленный линией блокгаузов и траншеями. Ближе к правому флангу пиния обороны опиралась на "Пороховой погреб Сан Антонио Абада" ("Polvorin de San Antonio Abad") или «форт Сан Антонио», хотя фортом в обычном смысле этого слова его назвать трудно. Он находился на "Королевской дороге" ("Calle Real"), соединявшей Манилу с Кавите. Эта дорога была главным путем к Маниле с южного направления. Сан Антонио, часто фигурировавший в американских военных сводках как «сильный укрепленный пункт», на деле представлял средневековую крепость, слишком старую для установки в нее современной артиллерии. На вооружении его находилось 9 старых бронзовых 160-мм дульнозарядных орудий, не имевших практически никакой ценности. А их дальности хватало лишь на то, чтобы вести огонь в непосредственной округе. Впоследствии именно благодаря этим орудиям американцы подвергнут форт жесткому обстрелу с моря.

Все оборудованные батареи находились в мощных земляных укреплениях, хорошо замаскированных кустарником и дерном, но открытых сверху, а потому прислуга их была очень уязвима от огня скорострельной артиллерии. Все они были оборудованы ходами сообщения, блиндажами для укрытия личного состава и размещения боеприпасов, а также снабжены телефонной связью. На подступах к ним была проведена тщательная топографическая съемка местности, выработаны точные ориентиры для стрельбы, а орудия тщательно пристреляны на разных дистанциях. Прислуга этих батарей была самая обученная, так как постоянно проходили различные тренировки, отличавшиеся, по мнению наблюдателей "большим энтузиазмом".

Поход испанской эскадры в бухту Субик. В центре - флагманский крейсер «Рейна Кристина», крайний слева - «Дон Хуан де Аустрия», по бокам от флагмана - крейсера «Исла де Куба» и «Исла де Лусон». Далеко позади - крейсер «Кастилья». имевший проблемы в машинах (на обратном пути его вели на буксире», (репродукция с картины)