Первой акцией вновь сформированного флота стала поддержка десанта в бухте Бакор, целью которой был захват населенного пункта Старый Кавите и небольшого испанского склада пороха и боеприпасов, с гарнизоном около 300 человек. Силы десантников насчитывали примерно 600 человек, а с моря их поддерживали корабли "Москитного флота". Американцы в этой акции проявили нейтралитет. В ходе небольшого боя испанцы отступили и Старый Кавите со складом достались инсургентам.

В дальнейшем корабли в основном использовались как посыльные суда для связи между подразделениями инсургентов, как транспорты для подвоза продовольствия, вооружения и перевозки войск, а также как патрульные и корабли артиллерийской поддержки. Естественно, что американцы с большой тревогой смотрели на зарождающийся флот своих потенциальных врагов. Однажды Дьюи приказал снять с «Булусана», курсировавшего в районе Кавите, филиппинский флаг. Капитан корабля Ороса отказался это сделать, справедливо полагая что подобный приказ может отдать лишь сам Агинальдо. Узнав об этом американцы решили пока проявить сдержанность, а Агинальдо объявил Оросе благодарность. Активные действия против флота инсургентов начались лишь по окончании испано-американской войны. Первоначально все проходило мирно и в октябре 1898 года, например, удалось без лишнего шума захватить пять филиппинских пароходов (по иронии судьбы, это были те самые суда, которые американцы помогли вооружить на Кавитском арсенале). Лишь после того, как Морскому Департаменту удалось договориться с испанцами о продаже оставшихся на островах испанских канонерок, американцы начали действовать уже не останавливаясь ни перед чем.

Две фотографии транспорта «City of Peking», с войсками на борту покидающего Сан-Франциско 25 мая 1898 года. (HNC. Из коллекции военно-морского музея в Сан-Франциско)

Пароход «City of Peking» (SAW)	Сан-Франциско. Погрузка бойцов 1-го Калифорнийского пехотного полка на борт парохода «City of Peking» перед отправкой на Филиппины. (SAW)

Но это все будет в будущем, а пока после длительных задержек подкрепление для адмирала Дьюи наконец покинуло Соединенные Штаты. Еще 3 мая стало известно, что в Сан-Франциско зафрахтован почтовый пароход «Сити оф Пекин», который начали переоборудовать в госпиталь и плавучую мастерскую. Вместе с двумя угольщиками под конвоем крейсера «Чарльстон» его предполагалось уже 15 мая отправить в Манилу. Но 9 мая планы переменились. Из-за незначительных потерь эскадры от оборудования госпиталя на «Пекине» отказались, а вместо этого загрузили на пароход больше запасов различных материалов и боеприпасов, а также послали на его борту запасных матросов и машинистов с мастеровыми из адмиралтейства в Маре-Айленде. На борту двух других пароходов «Сити оф Сидней» и «Австралия» предполагалось послать в Манилу десантные партии, но из первоначальных 5 тысяч человек удалось разместить лишь 2500. Из-за поломок в машинах «Чарльстона» выход его несколько раз откладывался, пока 18 мая он, наконец, не вышел из Сан-Франциско с грузом боеприпасов. Но и на этот раз на нем обнаружились неисправности в холодильниках, и 19-го крейсер вынужденно возвратился. Исправление поломок заняло около двух суток, и он снова вышел в море, направившись в Гонолулу. 28-го транспорты «Сити оф Пекин», «Австралия» и «Сити оф Сидней», с десантниками под командованием бригадного генерала Андерсона на борту, наконец вышли в море.