В начале войны (декабрь 1941 года) в постройке находились сорок подводных лодок по программе 1939 и 1940 годов. Из них пятнадцать крейсерских лодок, десять типа "Kaidai", остальные лодки были среднего тоннажа. Кораблестроительные программы последующих лет включали постройку лодок других конструкций. Не считая пятнадцати подводных крейсеров, все они являлись кораблями новых типов, разработанных еще в 1939 году. Если в этот период на японских инженеров и оказывали влияние немецкие конструкции лодок, однако, нельзя сказать, что японцы копировали проекты лодок, утвержденные немецким командованием, и японские подводные лодки 1942-45 годов имели совершенно отличные от немецких тактико-технические данные. В 1943 году японцы купили две немецкие подводные лодки типа U-VII. Первая из них U-511 была передана Японии ее экипажем в августе 1943 года и получила новое наименование Ro-500. Лодка подверглась целому ряду испытаний для ознакомления с ней японских инженеров. Вторая лодка, названая Ro-501, была передана японскому экипажу прямо на верфи в Киле. Сам экипаж прибыл в Германию на японской крейсерской лодке I-8. 13 мая 1944 года, следуя в Японию, Ro-501 была потоплена в Атлантическом океане американским эсминцем.

Большую часть крейсерских лодок, заложенных в 1941 году и позднее, составили типы I-15 и I-16, вступившие в строй в декабре 1941 года Однако некоторые из них имели меньшую скорость в надводном положении (17,7 узлов вместо 23,6). но зато радиус действия у них был больше. В 1943 году было решено прекратить строительство этих лодок, так как опыт и особенности боев за Соломоновы острова показали, что они слишком легко обнаруживаются как в надводном положении (с помощью радара), так и в подводном (с помощью сонара). Оказалось также, что лодки такой конструкции сильно уязвимы для глубинных бомб из-за больших размеров а также из-за применения клепаных недостаточно прочных соединений Возможности уклонения от огня противника и ее маневренность в подводном положении были недостаточны для того чтобы отразить удары американских эсминцев действовавших в Атлантике против немецких лодок и получивших большой опыт борьбы.

По личному настоянию адмирала Ямамото японцы, однако, продолжали постройку нескольких крейсерских подводных лодок-авианосцев, которые должны были внезапно нападать на стратегически важные пункты и в частности на шлюзы Панамского канала. Два типа таких специальных кораблей были все же построены. Это лодки типов I-400 и I-13.

Подводные лодки типа I-400 являлись самыми крупными лодками в мире Было запланировано построить 18 таких лодок, но заложено было только пять Боевая рубка, имевшая форму горизонтально расположенного толстого цилиндра, соединена с прочным корпусом но не прочно, а только боком и удерживала в равновесии цилиндрической формы ангар длиной 34 метра имевший ход изнутри и вмещавший три гидросамолета-бомбардировщика или торпедоносца, принимавших на борт по четыре торпеды каждый или по три бомбы весом 800 кг, или двенадцать бомб по 250 кг. На носу подводной лодки у правого борта имелась катапульта длиной 35 м, а у левого борта поворотный кран для подъема гидросамолетов на борт Для того чтобы существовало соответствие между ограниченной осадкой лодки и необходимой для ее мореходных качеств шириной прочный корпус лодки состоял из двух, соединенных вместе в форме восьмерки. цилиндров. В целях маскировки лодки в надводном положении, она могла оснащаться ложными трубами.