Система управления полетом на активном участке траектории ракеты «Поларис А-2» и наведения головной части на выбранную перед стартом цель, включая и навигационную корабельную систему SINS, значительных изменений не претерпела, хотя отдельные усовершенствования в нее внесли. Так, появилась дополнительная система контроля SLAG (Safe Launch Angl Gate), обеспечивавшая повышенную безопасность пуска ракет с борта корабля.

Эта аппаратура предназначалась для визуальной индикации углов крена корабля и определения относительной амплитуды бортовой качки при опасных параметрах качки подводной лодки. В целях самоконтроля все блоки аппаратуры SLAG дублировались. При подобной системе контроля неисправность хотя бы одного комплекта аппаратуры исключала возможность пуска ракеты до момента устранения дефекта.

Аппаратура контроля SLAG имела три выносных индикатора, которые размещались в боевом и в телеметрическом постах подводной лодки.

Ограничение возможности стрельбы при сильной качке осуществлялось специальной гировертикалью, вырабатывавшей опорный сигнал, относительно которого отсчитывались углы крена. Далее при помощи следящего привода эти углы крена преобразовывались в сигналы, которые не позволяли сработать системе пуска в тех случаях, когда углы крена корабля превышали допустимые. Опытными замерами было установлено, что данная аппаратура обеспечивала точность замера углов крена подводной лодки ±20' в диапазоне до 15°.

По утверждениям американских источников, испытания стрельбой ракет этой модификации показали сравнительно высокую точность. Так, во время одного из пусков, произведенного в 1962 г. с подводной лодки «Этен Аллен» из неизвестного положения на дистанцию 1400 км, головная часть ракеты «Поларис А-2» упала с отклонением 1,6 км по отношению к цели при заданной точности стрельбы (КВО) 1,2 км. По мнению американских специалистов, такая точность для ракет с зарядом 0,5 Мт являлась достаточной для поражения цели.

Тем не менее для моноблочной головной части разработали несколько модернизированных термоядерных устройств. Так, мощность ядерной головной части Mk-1 mod. 2 составляла около 600 кт, a Mk-1 mod. 3 — около 800 кт. Впрочем, в случае необходимости можно было устанавливать ГЧ от БРПЛ «Поларис А-1» Mk-1 mod. I (500 кт).

Бортовая СУ БРПЛ — инерциальная. Ее основу составляла система наведения Мк-2, состоявшая из гиростабилизированной платформы (ГСП) и электронно-вычислительного блока.

ГСП представляла собой трехосный гироскопический стабилизатор. Его внешняя рамка имела специальные отверстия для прохода охлаждающего воздуха. На ней устанавливался уголковый отражатель для азимутальной выставки ГСП. Стабилизация углового положения ГСП осуществлялась тремя гироблоками — двухстепенными поплавковыми гироскопами, роторы которых имели шарикоподшипниковый подвес. В качестве датчиков угла и момента использовались датчики типа «микросин». На платформе устанавливались также два компенсационных акселерометра и один гироскопический интегратор продольных ускорений. Выходными сигналами акселерометров и гироинтегратора являлись импульсы приращения скорости по осям их чувствительности.

Электронно-вычислительный блок (ЭВБ) состоял из двух секций, закрепленных на охлаждаемой платформе, и преобразователя поступающего электропитания в требуемые напряжения и частоты для работы всех элементов системы наведения. Другая секция являлась бортовой цифровой вычислительной машиной (БЦВМ) с последовательной записью и обработкой информации, в ее состав входили 12 функциональных блоков. Ячейки памяти БЦВМ и все вычислительные схемы построены на 17-разрядных сдвиговых регистрах, выполненных на магнитных сердечниках.

Поддержание нормальной рабочей температуры ГСП и ЭВБ осуществлялось системой термостатирования, основные компоненты которой размещались на ПЛАРБ. Ее чувствительными элементами являлись датчики температуры (терморезисторы), установленные в гироблоках, в акселерометрах и рамках ГСП. Поддержание требуемого температурного режима этих узлов обеспечивалось электрообогревателями, расположенными в торцах инерциальных приборов. Для отвода тепла от ГСП и ЭВБ использовалось двухконтурное воздушно-жидкостное охлаждение. В жидкостном контуре циркулировала вода, подававшаяся через штуцеры отрывных штекерных разъемов, расположенных на приборном отсеке и служащих для подачи на борт ракеты корабельного электропитания до задействования бортовой ампульной батареи. Эти разъемы расстыковывались при старте БРПЛ ходом ракеты. Вода проходила через полости ЭВБ и теплообменник. Воздушный контур состоял из внутреннего и, внешнего каналов. Внутренний канал служил для отвода тепла от элементов, расположенных на платформе. При этом циркуляция воздуха обеспечивалась по вентиляционным каналам специальным вентилятором. Внешний канал предназначался для отвода тепла от промежуточной рамки ГСП к теплообменнику. Циркуляция воздуха осуществлялась вентилятором, установленным на корпусе ГСП.

Система термостатирования подключалась к системе наведения при ее установке на борт ракеты. Включение вентиляторов ГСП и водяного насоса системы термостатирования осуществлялось с началом раскрутки гироскопов. В ходе полета БРПЛ температура приборов системы наведения не регулировалась.

Угловая стабилизация БРПЛ в полете выполнялась системой стабилизации — второй важнейшей подсистемой бортовой СУ ракеты. В состав системы стабилизации входили блок датчиков угловой скорости (ДУС) и ЭВБ, размещенные в приборном отсеке, а также приводы управления.

Первичным источником электропитания служила бортовая ампульная серебряно-цинковая батарея. Батарея задействовалась газом газогенератора: в отсек электродной массы батареи под давлением подавался электролит (раствор гидроокиси натрия).

Уже в то время американские специалисты задумывались о создании средств противодействия системам противоракетной обороны (ПРО) вероятного противника. Поэтому в головной части, разработанной фирмой «Локхид», размещались система «приманок» и активные средства преодоления ПРО (тип и конструктивные особенности не указывались) .

Сообщалось, что стоимость изготовления одной ракеты «Поларис А-2» (без боевой головки) составила 1 млн. долл.