Наконец, 26 октября 1963 г. был осуществлен первый запуск БРПЛ «Поларис А-3» с подводной лодки «Эндрю Джексон». В этот момент ракетоносец находился на глубине 12 м примерно в 50 км к юго-востоку от мыса Кеннеди (б. Канаверал). При запуске ракеты впервые использовалась система управления ПУРС Мк-84. После выхода ракеты из воды по сигналам бортового акселерометра и барометрического датчика был включен двигатель первой ступени, который работал в течение 62 с. Двигатель второй ступени функционировал 58 с. Ракета преодолела 3700 км, при этом максимальная высота траектории составила 645 км. Носовой конус упал в заданном районе. Точка падения носового конуса была определена с помощью гидрофонов по взрыву глубинного заряда «зофар», помещенного в конус.

На борту ракеты находилось устройство для самоликвидации, приемоответчик системы AZUZA, радиолокатор, работавший в диапазоне С, и блок телеметрической аппаратуры, который включал в себя ленточный самописец, записывавший ускорение и угловые отклонения ракеты на подводном участке траектории. Самописец был включен за 1 мин до выброса ракеты из пусковой трубы. Данные от самописца передавались по телеметрическим каналам на корабль «Обзервейшн Айленд», курсировавший примерно в 1 км от подводной лодки «Эндрю Джексон». Эта информация использовалась для оценки системы выбрасывания ракет «Поларис А-3» из пусковой трубы подводной лодки.

Тем не менее программа испытательных пусков продолжалась. 9 декабря с наземной пусковой установки произвели успешный запуск БРПЛ. Но через два дня, когда 11 декабря в районе мыса Кеннеди (б. Канаверал) с испытательного корабля «Обзервейшн Айленд» стартовала очередная ракета «Поларис А-3», разработчиков вновь подстерегла неудача: БРПЛ отклонилась от расчетной траектории и через 53 с после старта была ликвидирована по команде с земли.

Наступил следующий, 1964 г. 7 января с наземной пусковой установки на мысе Кеннеди запустили ракету «Поларис А-3» на полную дальность. Запуск считался успешным. Этот запуск стал 23-м, из которых 14 считались успешными.

11 марта 1964 г. по программе летно-конструкторских испытаний с наземной пусковой установки запустили ракету «Поларис А-3» на дальность 1600 км. После отделения первой ступени ракета отклонилась от расчетной траектории и упала в океан на большом расстоянии от заданного района. Сообщалось, что к этому дню произведено 33 запуска ракет «Поларис А-3», из которых 13 оказались неудачными.

Старт БРПЛ «Поларис А-3» из-под воды.

25 мая 1964 г. с подводной лодки «Дэниэл Вэбстер», находившейся в погруженном положении примерно в 30 км от мыса Кеннеди, были успешно запущены две экспериментальные ракеты «Поларис А-3». Ракеты пролетели 4600 км. Это были первые экспериментальные БРПЛ, которые по своей конфигурации соответствовали боевому варианту.

В конце июля 1964 г. новую ракету приняли на вооружение.

Дальше началась программа испытательных пусков с подводных лодок, вступавших в состав ВМС США. 20 августа 1964 г. с атомной подводной лодки «Текумсе», находившейся в районе мыса Кеннеди, была запущена ракета «Поларис А-3» на дальность 3200 км. Этим завершилась программа испытаний подводной лодки.

21 сентября 1964 г. с погруженной подводной лодки «Юлиссис Грант», находившейся в Атлантическом океане примерно в 50 км от мыса Кеннеди, успешно стартовала ракета «Поларис А-3». По состоянию на это число с подводных лодок произвели 14 запусков БРПЛ «Поларис А-3» (13 успешных).

31 октября 1964 г. с погруженной подводной лодки «Казимир Пуласки», находившейся в Атлантическом океане примерно в 50 км от мыса Кеннеди, состоялся запуск ракеты «Поларис А-3». К этому моменту с подводных лодок было осуществлено 17 запусков этих БРПЛ, в том числе 16 успешных.

11 сентября 1964 г. в Бангоре (шт. Вашингтон) вошел в строй завод сборки «Поларисов А-3», которыми оснащались подводные лодки, патрулировавшие в Тихом океане. Ракеты для ПЛАРБ, действовавших в Атлантическом океане и Средиземном море, собирались на заводе в г. Чарльстоне (шт. Южная Каролина).

Сообщалось, что до конца 1964 г. прямые расходы на программу «Поларис» (расходы, связанные с созданием 41 атомной подводной лодки, предназначенной для вооружения ракетами «Поларис», с запусками некоторого количества ракет «Поларис А-3», находившихся в стадии летных испытаний) составили 10600 млн. долл.

Пуски новых ракет с подводных лодок в рамках программы приемочных испытаний продолжались. Так, 23 января 1965 г. с подводной лодки «Сэм Рейберн» успешно запустили ракету «Поларис А-3». 16 марта того же года с подводной лодки «Натаниэл Грин» с интервалом 49 мин стартовали две ракеты. При запуске первой ракеты лодка находилась в погруженном положении, при запуске второй ракеты — в надводном положении. БРПЛ пролетели 3400 км и упали в заданном районе. 26 марта с этой же подводной лодки, а 20 декабря с подводной лодки «Бенджамин Франклин», находившихся в погруженном состоянии примерно в 50 км от мыса Кеннеди, были запущены ракеты «Поларис А-3», которые также достигли заданных районов.

В декабре 1965 г. после более чем восьмимесячного перерыва ВМС США возобновили запуск ракет «Поларис А-3» с атомных подводных лодок, находившихся в подводном положении. Целью являлась проверка подводных лодок и ракет на соответствие техническим требованиям, а также квалификации стартовых команд.

6 декабря 1965 г. БРПЛ «Поларис А-3» стартовала с подводной лодки «Бенджамин Франклин». На борту этой лодки находилось восемь ракет (без боеголовок), установленные в г. Чарльстоне (шт. Южная Каролина), где располагается сборочный завод фирмы «Локхид Миссайлз энд Спейс». Лодка с ракетами на борту прибыла в порт Канаверал (на мысе Кеннеди), откуда четверо суток подряд выходила в район стрельб, находящийся примерно в 50 км от мыса Кеннеди.

Запуск 6 декабря был приурочен к пролету над районом мыса Кеннеди пилотируемого космического корабля «Джеминай VII». В Т-300 мин (Т — момент запуска ракеты) на лодке началась одновременная предстартовая подготовка четырех ракет. В Т-15 мин предстартовая подготовка приостановилась. В состоянии 15-минутной готовности ракеты находились в течение часа, при этом имитировалось состояние готовности ракет, установленных на боевое дежурство. Затем предстартовая подготовка возобновилась и вторично приостановлена в Т-3 мин. В состоянии трехминутной готовности ракета была в течение 42 мин (в ожидании появления над районом запуска космического корабля «Джеминай VII»). При появлении этого корабля одна из ракет была запущена. Среди наблюдателей на корабле присутствовали астронавты Фрэнк Борман и Джеймс Ловелл, причем последнему этот запуск удалось сфотографировать. Астронавты видели разделение ступеней ракеты и сообщили об этом даже раньше, чем специалисты, находившиеся на борту лодки «Бенджамин Франклин». Для слежения за ракетой использовался и испытательный корабль «Обзервейшн Айленд».