Здесь следует сделать небольшое пояснение. После всестороннего анализа действий сил и средств флота и авиации во время операции Desert Storm Комитет начальников штабов ВС США рекомендовал разработать и установить на авианосцах боевую информационную систему, совместимую с аналогичными системами, принятыми на вооружение военно-воздушных сил. Новая флотская система получила обозначение Link 16/Joint Tactical Information Distribution System (JTIDS, «объединенная система распределения боевой информации»). Таким образом, авианосцы постепенно стали многопрофильной боевой единицей, возможности которой выходят уже за рамки военно-морских сил.
28 июня 1996 г. АВМА «Энтерпрайз» вышел в свое первое после модернизации и пятнадцатое за всю службу дальнее плавание. В течение этого похода «Большой Э» принял участие в операции Joint Endeavor, проводившейся в Боснии, и в уже известной операции Southern Watch, направленной против Ирака. В последнем случае кораблю пришлось совершить стремительный переход из северной части Средиземного моря в воды Персидского залива через Суэцкий канал. Преодоление такого сравнительно большого расстояния заняло у атомохода менее шести суток.
По официальным данным ВМС США, на 26 сентября 1996 г. группировка военно-морских сил Соединенных Штатов в районе Персидского залива включала две АМГ во главе с АВМА «Карл Винсон» и АВМА «Энтерпрайз». На борту первого находились командиры 3-й крейсерско-миноносной группы (Cruiser Destroyer Group 3), 5-го дивизиона эскадренных миноносцев (Destroyer Squadron 5) и 14-го корабельного авиакрыла (Carrier Air Wing 14, CVW-14). На борту другого — командиры 12-й крейсерско-миноносной группы (Cruiser Destroyer Group 12), 20-го дивизиона эскадренных миноносцев (Destroyer Squadron 20) и 17-го корабельного авиакрыла (CVW-17).
В состав авианосных многоцелевых групп входило в общей сложности 26 кораблей и судов обеспечения (в том числе девять — носители КР Tomahawk), из них: пять крейсеров УРО, две атомные многоцелевые ПЛ, пять эсминцев, пять фрегатов УРО, два минно-тральных корабля, шесть судов обеспечения (в том числе и из состава командования морских перевозок), один корабль Береговой охраны США. Авиационная группировка насчитывала около 140 самолетов и вертолетов различного назначения.
АВМА «Энтерпрайз» и французский АВМА «Шарль де Голль» в совместном плавании. Задача — борьба с терроризмом!
Эта боевая служба примечательна еще и тем, что последний раз в составе 75-й штурмовой авиаэскадрильи (VA-75) находились штурмовики А-6Е «Интрудер». После возвращения 20 декабря 1996 г. авианосца на ВМБ Норфолк из похода данные самолеты были выведены из состава авиакрыла.
Кроме того, в том же году корабль принял участие в совместных американо-британских военно-морских учениях под кодовым наименованием Joint Task Forcer96 Exercise.
В феврале 1997 г. «Энтерпрайз» в очередной раз вернулся в свою «альма матер» — компанию «Ньюпорт ньюс шипбилдинг» — для проведения ремонта ограниченного объема (Selected Restricted Availability), продлившегося более четырех месяцев. Основные работы были направлены на улучшение условий обитания экипажа и авиагруппы корабля и модернизацию некоторых систем.
В течение лета и осени «Энтерпрайз» проводил интенсивную подготовку к предстоящему походу в районы Средиземного и Аравийского морей. Так, 11—20 августа на полигоне ВМС в районе Виргиния Кейпс (Virginia Capes) он отрабатывал задачи в рамках так называемой программы «Сертификация полетной палубы» (Flight Deck Certification), основной целью которой является всесторонняя проверка полетной палубы корабля и ее разнообразного оборудования, а также слаженности работы авиагруппы и экипажа. Кроме того, авианосец принял участие в проведении таких мероприятий, как Joint Forces Exercises и Composite Unit Exercises.
6 ноября 1998 г. корабль вышел на шестнадцатую боевую службу. В этот раз на его борту было размещено 3-е корабельное авиакрыло (Carrier Air Wing3, CVW-3).
Эсминцы УРО «Коул» (USS Cole, DDG 67) и «Гонзалес» (USS Gonzalez, DDG 66), а также эсминец «Торн» (USS Thorn, DD988), входящие в состав авианосной группы во главе с АВМА «Энтерпрайз», проводят отработку элементов совместного плавания перед выходом на очередную боевую службу. Атлантический океан, 5 сентября 2003 г.