На самолете установлена аппаратура автоматической защищенной системы обмена данными о целях, позволяющая лучше координировать действия нескольких истребителей, ведущих групповой воздушный бой. Имеется система спутниковой связи и спутниковое навигационное оборудование.

Комплексная система РЭП включает оптические датчики предупреждения об атакующих ракетах противника, средства радиотехнической разведки, работающие в различных диапазонах, а также средства постановки пассивных радиолокационных и ИК помех.

В отличие от Су-27, истребитель Су-35 оснащен цифровой, а не аналоговой электродистанционной системой управления (ЭДСУ) самолетом. Она выполнена по четырехканальной схеме резервирования в продольном канале и трехканальной схеме — в каналах бокового движения. Степень собственной продольной неустойчивости истребителя составляет 2% САХ (по сравнению с 5% на Су-27); в сочетании с использованием ПГО и автоматической системы улучшения устойчивости и управляемости в канале рыскания это позволяет сохранить управляемость на очень больших углах атаки.

БРЭО самолета Су-35 включает системы, использующие элементы искусственного интеллекта и обеспечивает упреждающее поражение воздушных целей на дистанциях, гарантирующих от возможности ответного удара противника. Предусмотрено автоматическое целеуказание при действиях как по воздушным, так и по наземным целям. Управление полетом автоматизировано на всех режимах (в том числе и в режиме полета с огибанием рельефа местности).

Кабина самолета Су-35 значительно усовершенствована по сравнению с другими отечественными истребителями. Она выгодно отличается и от кабин перспективных зарубежных самолетов.

Впервые в отечественной и мировой практике серийный истребитель будет оснащен не только тензометрической боковой ручкой управления самолетом, но и аналогичным РУД. Это повысит точность пилотирования и облегчит летчику управление истребителем при больших перегрузках (на опытных самолетах Су-35 применена обычная центральная ручка и РУД традиционного типа). Для ведения боя с большими установившимися перегрузками (до 10 единиц) без ухудшения зрения летчика, а тем более его временной потери (появления «черной пелены») на Су-35 установлено усовершенствованное катапультное кресло типа К-36 с увеличенным до 30 град, углом наклона спинки. Летчик Су-35 облачен в новый, более эффективный противоперегрузочный костюм ППК-15, так же, как и катапультное кресло К-36, созданный в НПО «Звезда» под руководством Г. И. Северина..  На приборной доске серийного Су-35 размещено четыре жидкокристаллических цветных многофункциональных дисплея, выдерживающих в отличие от ЭЛТ, прямую солнечную засветку высокой интенсивности.

Использование цифровой системы управления открывает возможность применения на экспортном варианте Су-35 ряда западных систем, совместимых с отечественной цифровой техникой, что значительно повышает экспортный потенциал самолета.

Как и другие новые самолеты ОКБ им. П. О Сухого, истребитель Су-35 оснащен убирающейся штангой топливоприемника системы дозаправки топливом в полете.

В полете F-15 SMTD

Экспериментальный самолет Х-31

В полете опытный истребитель YF-22