Через полтора столетия, в 1328 году, династия Капетингов во Франции пресеклась. Наиболее достойным претендентом (по родству) оказался английский король из династии Ланкастеров Эдуард III, приходившийся внуком Филиппу Красивому. Однако французские феодалы избрали своим королем принца Филиппа II Валуа, и этот вполне естественный выбор послужил одним из поводов к началу знаменитой Столетней войны. В 1335 году Эдуард III в знак того, что не отступит от своих претензий, изменил символ англичан — теперь им стал красный крест на белом поле, известный как крест св. Георга (рис.-), а в королевском гербе появились золотые лилии французских королей. Английский флот сражался с французами под их же эмблемами: ведь на королевском штандарте, который несли боевые корабли британцев, рядом с золотыми леопардами Плантагенетов находились эмблемы Франции! Окончание Столетней войны стало в Англии началом войны гражданской, известной под названием войны Алой и Белой розы (по эмблемам соперников — Йорков и Ланкастеров). Однако в результате ее английский престол занял в 1485 году другой род — Тюдоров, положивший первые "кирпичи" в основание морской мощи Британии. Началось решительное строительство флота. Корабельные флаги получили цвета Тюдоров — белый и зеленый. Первые военные корабли Англии (а было их немного) украшались с излишней роскошью. Так спущенный на воду в 1514 году "Гарри-Грас-а-Дью" (более известный как "Грейт Гарри"), считающийся родоначальником линейных кораблей, нес в качестве кормового флага полотнище из белых и зеленых горизонтальных полос с флагом св. Георга в крыже (рис.-), а вымпелы, имевшие в длину 51 ярд (т.е. 46,6 метра!) имели бело-зеленое полотнище и все тот же флаг св. Георга в головке (рис.18). Когда Генрих VIII совершал на нем плавание в Тулон, паруса корабля были парчевыми, а мачты и реи украшали бесчисленные флаги, гвидоны и вымпелы. Но наибольший вклад в строительство военного флота в роду Тюдоров внесла последняя королева этой династии — великая Елизавета (1558—1603 гг.). Во время ее правления на долю английского флота выпало первое тяжелое испытание — испанский король Филипп II послал на завоевание Британии огромный флот — "Непобедимую Армаду". Небольшой же регулярный королевский военный флот Англии имел в то время только 19 боевых судов и не смог бы защитить берега Туманного Альбиона. Корабли его несли в это время флаги св. Георга (рис.-). Если же на борту находился адмирал, то на корме поднимался бело-зеленый флаг с флагом св. Георга в крыже. В помощь маленькому военному флоту королева призвала всех "добрых англичан". В итоге в проливе Ла-Манш собралось 115 вооруженных кораблей английских купцов и авантюристов. В то время в момент боя было принято поднимать все флаги, вымпелы и знамена, имевшиеся на корабле. А флагов было много: с горизонтальными зелеными полосами на белом поле_; с синими и белыми полосами и прямым красным крестом; красно-бело-синие с флагом св. Георга в крыже. На других знаменах и флагах изображались геральдические знаки, соколы, львы, девицы и выполненные золотом или серебром королевские монограммы. Военное столкновение закончилось полным разгромом испанского флота, что заставило Елизавету обратить на флот самое пристальное внимание, как на самую надежную защиту Британии. Своему наследнику, сыну казненной ею же шотландской королевы Марии Стюарт Якову I , Елизавета передала военный флот уже из 42 боевых кораблей.

С приходом на английский престол шотландской династии Стюартов происходит объединение двух королевств на основе личной унии короля.

Надо сказать, что до этого момента Шотландия, так же как и Англия, уже имела свой военный флот, корабли которого плавали под красным прямоугольным флагом, в крыже которого находился символ Шотландии — белый диагональный андреевский крест на синем поле. Гюйс повторял рисунок крыжа. Вымпел был красным с двумя косицами, в синей головке которого помещался белый андреевский крест. Новая династия соединила воедино два военных флота — английский и шотландский. Указ Якова I от 12 апреля 1606 года гласит: "После больших волнений между нашими возлюбленными подданными Севера и Юга мы приняли за благо соединить в одно изображение оба национальных флага". Так был объявлен народу появившийся еще год назад "Юнион Джек" — "Союзный флаг", более известный тогда как флаг "королевских цветов" Он включил в себя эмблемы соединенных королевств - синее полотнище с белым диагональным крестом — символ Шотландии, и наложенным на него прямым красным крестом св. Георга на белой подкладке — символом Англии Военные корабли подняли его на грот-мачте, а с 5 мая 1634 года "Юнион Джек" стали поднимать в качестве гюйса.

Изменились и кормовые флаги. В 1620 году флагом военных кораблей стало красное полотнище с флагом св. Георга в крыже (рис.1). Увы, данный крыж подчеркивал неравноправие англо-шотландского союза, где главенствовала Англия. В 1630 году к красному кормовому флагу были добавлены еще два — с синим (рис.2) и с белым (рис.3) полотнищами, символизирующие королевства Шотландия и Ирландия. В соответствии с этим корабли шотландцев плавали под синими флагами. Однако поднимали они в XVII веке и другой флаг — красное полотнище, в крыже которого помещался все тот же символ Шотландии — белый диагональный крест св.Андрея на синем поле. Флот шотландцев управлялся по своему уставу, имел свои гербы и привилегии.

Появились и три цветных вымпела: красный, белый и синий с флагом св. Георга в головке (рис.20, 21, 22). В 1661 году учреждается и общий вымпел (в русском флоте его называли "ординарным"), имевший красно-бело-синие косицы (рис.19) и просуществовавший до 1850 года. Описанной выше системе флагов и вымпелов и подражал русский император Петр I, создавая военно-морские флаги России. До ее принятия, при Якове I, кормовые флаги, в отличие от времен Елизаветы, сменили только цвет полос: они были красными или многоцветными.

Гражданская война, разразившаяся в 1642 году и закончившаяся победой молодой английской буржуазии, изменила весь уклад английского общества и разрушила столь трудно сохраняемый союз: после казни Карла I Стюарта Шотландия отошла от Англии. Гюйс, "Юнион Джек" — символ распавшегося союза, был заменен в феврале 1649 года на флаг св. Георга (рис.-) — через 7 лет после начала войны и одновременно с провозглашением республики. Через месяц, в марте, на гюйсе появилась эмблема второй части республики, о которой первоначально видимо "забыли" — Ирландии. Теперь на носовом флагштоке поднимали полотнище, сшитое из двух флагов: английского белого с красным крестом и синего ирландского с золотой арфой Давида (рис.4). На кормовом флагштоке ирландские военные корабли использовали иногда красный английский флаг с золотой арфой на полотнище. Все это не мешало в первое время военным столкновениям между английскими и ирландскими кораблями, которые еще недавно имели независимую родину, покоренную англичанами. В 1650 году началась война за возвращение Шотландии в состав Великобритании. В результате ее в мае 1658 года гюйсом вновь стал "Юнион Джек", да еще с эмблемой Ирландии в центре полотнища в виде синего щита с золотой арфой (рис.5). Впрочем, этот щит исчез с гюйса уже с мая 1660 года — Ирландия считалась тогда колонией, а не равноправным членом союза. Не была равноправной с Англией и Шотландия.

Существовали в английском флоте и специальные флаги для адмиралов, которые довольно часто менялись. Так, во время Первой Датской войны 1652—54 гг. это были красные полотнища с гербами Англии и Ирландии, а в период с 1654 по 1658 год адмиральским флагом являлся "Юнион Джек". В 1658 году флагами адмиралов стали чистые красные, белые или синие полотнища, поднимаемые на мачтах в соответствии с чином адмирала и просуществовавшие с незначительными изменениями вплоть до середины XIX века.