Зато чуть позже лейтенант Колчак все же заявил о себе. Минная банка, выставленная "Сердитым" на подходах к Порт-Артуру, для новейшего японского крейсера "Такасаго" оказалась роковой: 30 ноября он подорвался и затонул, унеся с собой на дно 274 матроса и офицера. (Примечательно, что миноносец "Сердитый" вообще стал самым результативным русским кораблем войны 1904— 1905 гг. Помимо "Такасаго", он в декабре уничтожил японский 102-тонный миноносец № 42 — правда, уже без участия А.В.Колчака. Итого — два "лично" потопленных корабля неприятеля — на общем трагическом для России фоне этот результат просто великолепен! И тем не менее, в списках кораблей-героев русско-японской войны "Сердитый" не значится и по сей день...).
Небезынтересный факт: в осажденном Порт-Артуре в лейтенанте Колчаке вновь уживаются отважный строевой офицер и ученый — на сей раз, будущий военный стратег и теоретик. Он ведет дневник, исписывая своим неразборчивым почерком по несколько страниц ежедневно. Но тщетно искать в этих записях личные переживания, эмоции ... Нет, здесь присутствуют исключительно анализ боевого опыта, рассуждения о тактике, технике морского боя: подробности о ремонте броненосца "Ретвизан", эффективности артиллерийской стрельбы с разных дистанций, минном оружии. Вот, к примеру, весьма любопытное мнение Колчака об идеальном боевом корабле на основе опыта первых сражений:
"Некоторые выводы из практики войны.
Типы боевых судов и артиллерийское вооружение.
1ЦГА ВМФ, ф.763, оп. 1, д. 191-192.)
Осенью у Колчака обострился заработанный на севере суставный ревматизм, его состояние становилось все хуже, и в конце концов вновь привело лейтенанта в госпиталь. Правда, до этого он успел принять участие в войне на суше. 2 ноября его назначили командиром батареи морских орудий на северо-восточном рубеже обороны крепости (батарея была приписана к броненосцу "Ретвизан"). Там А.В.Колчак получил легкое ранение. Незадолго до этого, 15 ноября, его наградили орденом Св Анны 4-й степени и Георгиевским оружием с надписью " За храбрость".
К моменту сдачи Порт-Артура тяжело больной Колчак находился в госпитале; из-за своего состояния он даже не был эвакуирован из крепости до апреля 1905 года, и лишь затем его отправили через Дальний в Японию.
"В Нагасаки партия наших больных и раненых получила очень великодушное предложение японского правительства, переданное французским консулом, о том, что правительство Японии предоставляет нам возможность пользоваться, где мы захотим водами и лечебными учреждениями Японии, или же, если мы не желаем оставаться в Японии, вернуться на родину без всяких условий. Мы все предпочли вернуться домой. И я вместе с группой больных и раненых офицеров через Америку отправился в Россию. Это было в конце апреля 1905 года". (Допрос Колчака, заседание 1-е).
Вернувшись в Петербург, А.В.Колчак после освидетельствования медицинской комиссией был отправлен в 4-месячный отпуск для лечения на водах, где и провел все лето* 1905 года.
Осенью он занялся научной работой, обобщая материал полярной экспедиции. Две карты восточной части Карского моря, планы якорных стоянок, описания берегов, многочисленные статьи — вот далеко не полный перечень публикаций Колчака Тогда же им была написана и основная часть капитального труда "Лед Карского и Сибирского морей", вышедшего в свет в 1909 году. О научном значении этой книги можно судить по тому факту, что в 1928 году она была переиздана на английском языке Американским географическим обществом...