В январе 1906 года группа морских офицеров решила создать объединение с целью содействия возрождению российского флота. Так возник Петербургский военно-морской кружок, председателем которого стал лейтенант А.В.Колчак. Именно этим кружком, в частности, было разработано предложение создать Морской генеральный штаб (МГШ) — специальный орган, который ведал бы стратегией и подготовкой флота к войне. (Такого органа в ту пору не было. Существовавший морской штаб ведал только личным составом флота). Морской министр согласился с изложенными аргументами, и такой штаб весной 1906 года был создан. Одним из первых в его состав включили Колчака, назначенного на должность начальника организационно-тактического отдела.
"Первая работа, которая было выполнена Морским генеральным штабом, заключалась в изучении военно-политической обстановки. Это был именно тот период, когда Морской генеральный штаб работал совместно с сухопутным... еще в 1907 году мы пришли к совершенно определенному выводу о неизбежности большой европейской войны ... начало которой мы определяли в 1915 году ... Мы знали, что инициатива в этой войне, начало ее, будут исходить от Германии ... Надо было решить вопрос, как мы должны на это реагировать".
(Допрос Колчака, заседание 1-е).
Одним из самых главных направлений работы МГШ стало создание кораблестроительных программ. Причем Колчаку пришлось неоднократно выступать в Государственной Думе, отстаивая точку зрения МГШ. Вот что отмечают современники:
"Речи его были замечательны. Своей убежденностью, искренностью, логичностью и красотой изложения он производил сильное впечатление на слушателей, и скептическое отношение общества и членов Государственной Думы к флоту сменилось полным сочувствием".
/Контр-адмирал Смирнов. "Зарубежный морской сборник", М> 9, 1930, ее. 8-91.
К сожалению, прогрессивная деятельность МГШ со временем начала давать сбои. Морской министр Воеводский, преемник генерал-адъютанта Дикова, начал борьбу с Думой, одновременно перекраивая тщательно сбалансированную судостроительную программу. В этой обстановке капитан-лейтенант Колчак в 1908 году решает оставить свой пост. Несколько месяцев он читает лекции в только что созданной морской академии, а затем вновь возвращается к научной работе.
Тяжелейший переход через три океана 2-й Тихоокеанской эскадры стал стимулом к дальнейшему освоению Северного морского пути. С этой целью была организована серьезная научная экспедиция, и начальник главного гидрографического управления А.И. Вилькицкий предложил Колчаку стать ее участником. Еще работая в МГШ, Александр Васильевич начинает активно сотрудничать с организаторами экспедиции, его голос часто становится решающим при обсуждении программы исследования. Колчак вместе со своим товарищем по первой полярной экспедиции Ф.А. Матисеном наблюдает за строительством на Невском заводе ледокольных транспортов "Таймыр" и "Вайгач", и в 1908 году назначается командиром последнего. Оба судна представляли собой удачный компромисс между боевым и научно-исследовательским кораблем, имея и артиллерийское вооружение, и вместительные лаборатории с новейшим для того времени оборудованием.
Ледокольный пароход "Вайгач"
27 октября 1909 года "Таймыр" и "Вайгач" ушли из Петербурга на Дальний Восток — через Индийский океан. На всем пути проводились научные наблюдения и эксперименты. 3 июля 1910 года корабли прибыли во Владивосток и до конца навигации совершили плавание к Берингову проливу и в Чукотское море, где выполнили комплекс гидрологических и астрономических исследовательских работ. По возвращении во Владивосток "Таймыр" и "Вайгач" были поставлены на ремонт, имея цель в следующем году с началом навигации отправиться по Северному морскому пути. Эта экспедиция состоялась, совершила несколько открытий и внесла огромный вклад в дело исследования Севера. Правда, А.В. Колчак лично в ней не участвовал: в конце 1910 года его вызвали в Петербург.
"После 1910 года Колчак не выходил в арктические моря, но оставался полярным авторитетом, с мнением которого считались. 12-13 мая 1912 года он заседал в комиссии, рассматривавшей план экспедиции Г.Я. Седова к Северному полюсу. Вместе с А.Л. Бирулей и Л.Л. Брейтфусом раскритиковал существенные недостатки плана: выбор исходного пункта, расчеты скорости движения по льду на собаках, намеченный запас продовольствия и корма ... В итоге план Седова был признан непродуманным. (В том же году Седов все же поспешил двинуться в путь, сохранив уязвимые места своего плана. Это в сочетании с исключительно трудными ледовыми условиями навигационных сезонов и с моральной невозможностью для Седова вернуться, не достигнув полюса, привело его к гибели)".
[К. Громов, С. Боголепов. Комментарии к "Фрагментам воспоминаний" А.В. Книпер.)
По прибытии в столицу капитан 2 ранга Колчак вновь работает в МГШ — в должности начальника Балтийского оперативного отдела и занимается, в основном, реализацией судостроительных программ. Ему доводится решать и чисто инженерные задачи — в частности, разрабатывать детали проекта линейных крейсеров типа "Измаил". Однако штабная работа, в значительной мере бюрократическая, все-таки оказалась не по душе талантливому морскому офицеру и исследователю. Поэтому когда адмирал Н.О.Эссен, с которым Колчак тесно сотрудничал в последнее время, предложил ему перейти в действующий флот, он согласился. В 1912 году Александр Васильевич Колчак стал командиром эсминца "Уссуриец". Год спустя его производят в капитаны 1 ранга, а Эссен назначает флаг-капитаном своего штаба и одновременно командиром эсминца "Пограничник", являвшегося посыльным судном адмирала.
