Во взглядах на предстоящую войну и подготовку флота Эссен и Колчак были единомышленниками, поэтому весной 1914 года адмирал приказал своему флаг-капитану сдать "Пограничник" и перейти в штаб непосредственно на флагманском крейсере "Рюрик", для того, чтобы сосредоточить все свои силы на оперативной работе

В первые дни начала войны с Германией Балтийский флот успешно осуществил первую стратегическую операцию, разработанную при непосредственном участии Колчака, — создал минно-артиллерийскую позицию, преградившую неприятелю доступ в Финский залив. Затем Колчак, являясь флаг-капитаном оперативной части флота, в той или иной степени руководит практически всеми активными действиями морских сил на Балтике, участвует в них сам, проявляя при этом личное мужество и отвагу.

" ... в феврале 1915 года Колчак вступил в командование четырьмя эскадренными миноносцами типа "Пограничник", имевшими на палубе по 40 мин каждый, которые решено было поставить на подходах к Данцигу. Операция была рискованной, и для прикрытия миноносцев была послана в море бригада крейсеров под командованием контр-адмирала Бахирева. Ночью флагманский крейсер "Рюрик" перескочил через камни севернее острова Готланд. Крейсер получил большую пробоину в дне, положение его стало критическим ... и адмирал Бахиреа приказал всем судам возвращаться. Колчак по радиотелеграфу испросил разрешение командующего флотом миноносцам продолжать операцию без прикрытия крейсеров. Разрешение было получено, и подходы к Данцигу заграждены минами. Несколько крейсеров, миноносцев и транспортов германского флота взорвались на наших минах, и командующий германским флотом в Балтийском море Генрих Прусский был вынужден приказать кораблям своего флота не выходить в море..."

(Контр-адмирал Смирнов. "Зарубежный морской сборник", № 9, 1930, с. 121

В 1915 году А.В.Колчак зарекомендовал себя как мастера минного дела, и Эссен назначает его с сентября временно, а в декабре окончательно командующим минной дивизией и начальником обороны Рижского залива. Помимо успешного заграждения подходов к заливу, Колчак организует и лично участвует в нескольких смелых набегах на коммуникации противника, осуществляет десант на Рижское побережье в тылу немцев. За последнюю операцию он получает георгиевский крест 4-й степени.

24 декабря 1915 года А.В.Колчак, держа флаг на эсминце "Новик", вышел из Ревеля с отрядом миноносцев для постановки заграждения у Либавы и Мемеля. Но на выходе из Финского залива новейший эсминец "Забияка" подорвался на вражеской мине и лишился хода. Корабль удалось отбуксировать в базу, но задуманная операция сорвалась. По словам Колчака, это было первое в его жизни "предприятие, не увенчавшееся успехом".

После необычно суровой зимы 1915—1916 гг., сковавшей Балтику непреодолимым льдом, капитан 1 ранга Колчак вновь выходит в море — с помощью ледоколов через Моонзунд в Рижский залив. 10 апреля его производят в контр-адмиралы. Затем — дерзкая, хотя и не совсем удавшаяся операция против немецкого конвоя у берегов Швеции, итогом которой стало потопление кайзеровского вспомогательного крейсера Терманн" (4000 т, четыре 105-мм орудия).

Эсминец "Новик".            Архив "Наваль"

"... 13 июня 1916 года ... Впереди в строе фронта двигались миноносцы 7-го дивизиона, за ними шли в кильватерной линии эсминцы 1-го дивизиона: "Новик" под флагом контр-адмирала Колчака, "Победитель" и "Гром", а затем - крейсера "Богатырь", "Олег" и "Рюрик" под флагом контр-адмирала Трухачева. Эсминцы 6-го дивизиона разделились на два полудивизиона, по 4 единицы, и шли слева и справа от крейсеров...

Немецкий конвой двигался на юго-западном направлении, тем временем с северо-востока с ним сближались российские миноносцы: "Новик", "Победитель" и "Гром". На русских кораблях уже в 23.15 обнаружили немецкие суда, а через 15 минут противники сблизились на дальность артиллерийского выстрела. Русские корабли, имея троекратное преимущество в скорости, могли легко обойти конвой, отсечь ему путь к шведским территориальным водам и атаковать его со стороны берега. Впрочем, такой маневр рекомендовал Колчаку еще во время перехода морем командир отряда специального назначения контр-адмирал Трухачев... Колчак не послушал советов командира... Вероятно, он был введен в заблуждение тем, что суда конвоя двигались с зажженными ходовыми огнями: опасаясь, как бы обнаруженные суда не оказались ненароком шведскими, ибо те тоже ходили в конвоях. Чтобы выяснить государственную принадлежность найденного конвоя ... рекомендовалось выпустить несколько снарядов перед носом последнего судна...

Едва перед носом последнего судна ... разорвался второй снаряд, немецкие эскортные корабли открыли огонь по русским эсминцам и начали смело сближаться. Одновременно темноту ночи рассеяло множество сигнальных ракет, означавших для германских судов приказ двигаться в шведские территориальные воды. Контр-адмирал Колчак уже не сомневался в национальной принадлежности судов и приказал открыть по ним огонь. В конвое произошло замешательство ... В то же время немецкие эскортные корабли сблизились на малое, небезопасное для русских эсминцев расстояние. Не желая ввязываться с ними в бой, поскольку важнее было уничтожить транспорты, контр-адмирал Колчак повернул свой отряд на северо-запад, не прекращая огня. "Новик" выпустил вслед уходящим судам две торпеды, но те не достигли цели. Зато артиллерийский огонь был метким. На нескольких транспортах вспыхнули пожары. Однако вскоре эсминцам пришлось прекратить обстрел судов, поскольку те вошли в шведские воды. Русские корабли развернулись и приступили к обстрелу немецкого эскорта, добившись накрытия уже вторым залпом. Но германские миноносцы не приняли боя - поставили дымовые завесы и также укрылись в водах Швеции. Не смог так поступить только вспомогательный крейсер "Германн", который уже первыми залпами был так поврежден, что лишился хода. Вскоре, засыпаемый градом снарядов, он вообще перестал сопротивляться. "Новик" с небольшой дальности выстрелил по нему двумя торпедами, но они не взорвались. То же самое с дистанции 200 метров сделал "Гром", но и его торпеды не взорвались. Вероятно, дальность между кораблями была настолько мала, что предохранители торпед не успевали взводить взрыватели, поскольку когда "Гром" отошел на 500 метров и пустил третью торпеду, та сработала. Пораженный в корму "Германн" начал медленно погружаться. Из команды, составлявшей около 50 человек, спаслось только 9 моряков".

(E.Kosiarz. Pierwsza wojna swiatowa na Baltyku. Gdansk, 1979. s. 245-248)