Гибель "Уссури" нанесла чувствительный удар пароходству КВЖД. Чтобы выполнить соглашение, заключенное в 1899 году с Военным ведомством на перевозку войск и материалов в Порт-Артур, обществу пришлось зафрахтовать три парохода: русский пароход "Дальний Восток", принадлежавший владивостокской фирме "Демби и К°", и два германских судна "Милос" и "Пиччиола". В том же году пароход "Нингута" дважды терпел аварии в Татарском проливе. Из-за туманов и неточности морских карт от посадки на грунт имели значительные повреждения "Аргунь" и "Бурея", крупные повреждения получил "Амур" при столкновении с пароходом "Малайя" русского Восточно-Азиатского пароходства.
В 1900 году для перевозки рабочих и служащих строящейся дороги и военнослужащих русской армии и строительных грузов между европейской частью России и Дальним Востоком были куплены два океанских парохода: "Харбин" у Голландско-Американского пароходства и "Хайлар" у английской пароходной компании "Кунард", быстроходный колесный пассажирский пароход "Нагадан" для плавания по мелководью реки Ляохе и по Бохайскому заливу, а также несколько речных буксиров и барж.
В 1901 году в Триесте построили большие и комфортабельные грузопассажирские пароходы "Монголия" и "Маньчжурия", которые прибыли на Дальний Восток к концу года. Суда стоили дорого - до миллиона рублей каждый.
В 1902 году эти суда эксплуатировали на линии Владивосток - Нагасаки - Шанхай, а в 1903 году с открытием порта Дальний они были поставлены на новую линию Дальний - Шанхай - Нагасаки.
На германских верфях в 1901 году были построены грузопассажирские пароходы "Аргунь", "Нонни", "Шилка" и "Амур". Эти суда, как и "Монголия" и "Маньчжурия", строились по русским проектам, разработанным особой комиссией, состоявшей из известных русских специалистов, под руководством опытного судостроителя главного корабельного инженера Д.В.Скворцова. По отзывам русских и иностранных пассажиров, пользовавшихся пароходами общества КВЖД постройки 1901 года, суда поражали своим комфортом и удобствами. Они успешно конкурировали с аналогичными судами японского пароходного общества "Ниппон-Юзен-Кайша".
Несмотря на ряд недостатков в работе пароходства, связанных со случаями невыполнения расписания, пропусков заходов в отдельные пункты и несколько несчастных случаев от плохо организованной высадки людей, пароходство сыграло положительную роль в общем развитии отечественного торгового мореплавания на Дальнем Востоке. В 1903 году по объему грузоперевозок Морское пароходство КВЖД вышло на 3-е место среди пароходных компаний царской России.
Все говорило за успех этого широко задуманного дела, но начавшаяся русско-японская война нанесла Морскому пароходству КВЖД непоправимый ущерб.
Первые военные потери пароходства: пароход "Аргунь" захвачен 25 января 1904 года в корейских водах, "Мукден" - захвачен днем 24 января на рейде корейского порта Фузан (Пусан). 4 февраля пароход "Маньчжурия", стоявший на ремонте в Нагасаки, конфискован японцами как военный приз, и как вспомогательный крейсер под названием "Мансю" включен в состав японского военно-морского флота.
Находившийся в Чемульпо пароход "Сунгари" разделил судьбу крейсера "Варяг" и канонерской лодки "Кореец": экипаж затопил свое судно 27 января на рейде порта Чемульпо.
Остальные суда Морского пароходства КВЖД к началу военных действий находились в Дальнем и в Порт-Артуре. Пароходы "Монголия", "Нонни", "Гирин", "Инкоу", "Нагадан", "Харбин", "Хайлар", "Зея", "Бурея", "Цицикар" и "Сибиряк" стояли в Дальнем, а "Шилка", "Новик", "Амур" и "Артур" в Порт-Артуре.
15 февраля 1904 года военно-морское ведомство мобилизовало в состав 1-й Тихоокеанской эскадры пароходы: "Монголия" - в качестве госпитального судна, "Новик", "Сибиряк", "Инкоу" и "Нингута" - в качестве вспомогательных судов. Остальные остались в ведении Морского пароходства КВЖД.
19 февраля по указанию командующего флотом вице-адмирала Старка пароходы "Гирин", "Цицикар", "Харбин" и "Хайлар" были переведены в Порт-Артур, где 25 февраля "Харбин" и "Хайлар" были затоплены по обе стороны охраняемого фарватера, чтобы помешать прорыву японских миноносцев на рейд Порт-Артура. 28 февраля в этих же целях был затоплен пароход "Шилка".
12 апреля при подходе к Порт-Артуру пароход "Нонни" подорвался на японской мине и затонул. Экипаж, за исключением 2 убитых кочегаров, был спасен сопровождающим катером.
В связи с угрозой захвата японцами порта Дальний управление пароходства перевело оставшиеся суда в Порт-Артур. Только пароход "Нагадан" был затоплен у входа в сухой док порта Дальний, чтобы не дать возможности неприятелю использовать его в своих целях.
Переведенные из Дальнего и уже находившиеся в Порт-Артуре пароходы КВЖД были расставлены в Западном бассейне - в канале между Минным городком и Новым городом.
Берег западного бассейна Порт-Артура с мастерскими морского пароходства К. В.Ж. Д. Слева - пароход "Нагадан"