Для разделения дорожной и автомобильной служб Постановлениями ГКО № 3543с и 3544с от 9.6.43 (приказ НКО № 0380 от 17.6.43) автотранспортное управление ГУАДС передано в Главное автомобильное управление, а из остальной его части создано Главное дорожное управление. Во фронтах и армиях - управления и отделы. При этом первые отделы фронтовых управлений и армейских отделов перешли в автомобильные управления фронтов и автомобильные отделы армий. Кроме того, в Главное автомобильное управление переданы "начсостав автомобильной специальности, автотранспортные части фронтов, армий, округов, РВГК, авторемонтные средства и автоимущество".
В состав ГДУ перешли - "дорожно-строительные части, мосто-строительные части, дорожно-эксплуатационные части, военно-автомобильные дороги с дорожно-комендантскими участками, военно-дорожные управления с военно-дорожными участками и отдельными строительными батальонами, центральная база ГУАДС, головные базы управлений АДС фронтов, курсы переподготовки командного состава дорожных частей, 1-ый учебно-дорожный полк". Для обеспечения строительства, ремонта и восстановления дорог, ремонта техники в ГДУ оставлены: 863-й отдельный транспортный батальон (для изготовления дорожно-мостового и строительного оборудования), 21-й отдельный автотранспортный батальон (на восстановлении дорог Москва-Брест, Москва-Минск, Москва-Харьков), гужетранспортные роты фронтов, армий и РВГК.
Управление военно-дорожных работ тыла Гушосдора НКВД передано передано в полное подчинение НКО. Начальник Гушосдора стал заместителем начальника ГДУ. При этом Мостотрест Гушосдора, переданный в НКО постановлением ГКО № 1711с от 8.5.42 включён в ГДУ с переименованием в Военно-мостовое управление.
По штату 1/381 от 8.7.43 ГДУ состояло из:
Численность ГДУ - 197 человек (110+87).
Дорожное управление фронта состояло из:
По штату 01/631-1945 ГДУ состояло из:
Численность ГДУ - 292 человека (169+123).